Однако, несмотря на успешное завершение операции, в результате штурма погибли два сотрудника группы «А» — капитан Д. В. Волков и капитан Г. Е. Зудин. Ещё несколько бойцов получили тяжёлые ранения (так, В. П. Емышев потерял руку), что грозило им увольнением со службы по инвалидности. Однако занимавший должность начальника 7-го управления КГБ СССР А. Д. Бесчастнов добился того, чтобы этих сотрудников оставили в кадрах КГБ. 28 апреля 1980 года Указом Президиума Верховного Совета СССР звания Героя Советского Союза были присвоены бойцу спецгруппы «Зенит» Г. И. Бояринову (посмертно), а также оперативникам группы «Альфа» В. Ф. Карпухину и Э. Г. Козлову; эти награды, как и награды другим отличившимся бойцам, были вручены Карпухину и Козлову 21 мая из рук первого заместителя председателя Президиума Верховного Совета СССР В. В. Кузнецова, хотя изначально награждение собирался проводить Л. И. Брежнев.
Командировки в Афганистан и Московская Олимпиада: Группа «А» несла службу в Кабуле с января до 30 июня 1980 года. С 27 по 30 января она решала вопросы личной безопасности Ю. В. Андропова вовремя его конфиденциального визита, однако, прежде всего, занималась охраной высших должностных лиц Народно-демократической партии Афганистана и руководства Демократической Республики Афганистан. Группой руководил В. И. Шергин. Сотрудники группы «А» присутствовали на всех публичных выступлениях Бабрака Кармаля. В последний день пребывания группы состоялся торжественный банкет, на котором присутствовали почти все члены военно-политического руководства Афганистана. С 4 июля и до начала августа группа «А» занималась обеспечением безопасности XXII Летних Олимпийских игр в Москве, стремясь предотвратить повторение трагедии Мюнхенской Олимпиады. Помимо выполнения поставленных задач в столице, в Таллин и на побережье Эстонской ССР были командированы боевые пловцы группы «А» (старший — В. М. Панкин), которые периодически осматривали акваторию, где проходили соревнования по парусному спорту. В обеспечении безопасности на море участвовало специальное подразделение для борьбы с подводными диверсантами и террористами. Отличившиеся во время Олимпиады сотрудники были отмечены государственными наградами. Очередная командировка сотрудников группы «А» в Афганистан длилась с февраля по июль 1981 года: 15 сотрудников во главе с В. Н. Зорькиным в составе отряда «Каскад-2» обеспечивали силовое прикрытие оперативно-поисковых мероприятий и собирали информацию об отрядах, действовавших в Кабуле и его окрестностях, изымали оружие из тайников и обеспечивали безопасность агитационных отрядов, а также охраняли чрезвычайного и полномочного посла Ф. А. Табеева.
В 1980-е годы оперативникам группы «А» приходилось участвовать в обеспечении безопасности граждан во время массовых выступлений и беспорядков: с 27 октября по 4 декабря в Орджоникидзе во время массовых беспорядков безопасность обеспечивал отряд, которым руководил заместитель командира группы «А» Р. П. Ивон; в 1985 году во время XII Всемирного фестиваля молодёжи и студентов в Москве аналогичную работу выполняли люди А. Н. Савельева. Также оперативники участвовали в спасении захваченных в заложники людей или находившихся в опасности (так, в 1982 году им удалось поймать человека, который прыгнул с крыши американского посольства). Также с ноября 1982 по март 1987 года в Афганистан по приказу председателя КГБ СССР В. М. Чебрикова направлялись разные отряды группы «А»: всего там службу несли 125 офицеров и прапорщиков в составе мотоманевренных и десантно-штурмовых групп 47-го пограничного отряда. В порядке очерёдности командировок старшими были следующие оперативники: В. Н. Зорькин, В. И. Шергин, А. Н. Савельев, М. В. Головатов, О. А. Балашов, С. А. Гончаров, В. Н. Гришин, А. М. Лопанов, В. М. Панкин, А. Н. Савельев, О. А. Балашов, В. Н. Зорькин, В. Н. Зайцев и В. И. Шергин.