Бунт заключённых в Сухуми: 11 августа 1990 года в Сухуми семь уголовников во главе с Павлом Прунчаком и Мироном Дзидзарией устроили драку с дежурными офицерами и, избив их, забрали ключи и выпустили 68 преступников, содержавшихся в изоляторе временного содержания[30]: из 75 арестованных 73 совершили уголовные преступления (в том числе 15 арестованных за убийство, 8 за разбой и один за угон самолёта). Сотрудники изолятора были захвачены в заложники, а в руках преступников оказалось огромное количество оружия — в подсобке изолятора хранилось более трёх тысяч единиц огнестрельного оружия. Прунчак и Дзидзария потребовали предоставить им микроавтобус РАФ (изначально требовали БТР) для выезда из-за пределов изолятора и вертолёт для свободного вылета из Сухуми. 14 августа в Сухуми были направлены 22 сотрудника группы «А» во главе с полковником В. Ф. Карпухиным и 31 боец учебного батальона спецназа («краповых беретов») ОМСДОНа им. Ф. Э. Дзержинского (комбат Лысюк), которым предстояло освободить заложников.
Переговоры продлились двое суток, но результатов не принесли; несколько вариантов освобождения заложников были забракованы генералом МВД Стариковым, и в итоге Карпухин принял решение готовиться к штурму вопреки возражениям Старикова. Обдумывая план спасения заложников, оперативники выяснили, что бандиты собирались сесть с заложниками в микроавтобус РАФ и на нём выехать к площади Ленина, где уже стоял вертолёт. Группа «А» решила заминировать микроавтобус, установив там маломощные взрывные устройства (обычную пиротехнику), которые оглушили бы бандитов и остановили бы автобус, но не причинили вреда заложникам. В распоряжении «альфовцев» было три группы: первая (старший — М. Я. Картофельников) штурмовала автобус, вторая (старший — Михаил Максимов) взрывала боковую дверь изолятора, а третья проникала через люк с четвёртого этажа на третий в здание изолятора. Однако в ходе операции произошло несколько накладок: изначально снайперским огнём планировалось уничтожить главарей бандитов, ради чего Прунчака хотели вызвать на переговоры, но он выставил вперёд своих подчинённых, которые передавали его ответы. В момент, когда должен был прогреметь взрыв, автобус не остановился, а проехал ещё от 15 до 20 м, прежде чем устройства сработали; стрельбу по салону вести нельзя было, поэтому оперативники стреляли по колёсам автобуса, хотя и бандиты отстреливались. В ходе операции оперативники должны были застрелить из бесшумного оружия сторожевую собаку, которая могла своим лаем лишить группу фактора внезапности, но кто-то из солдат, не желая убивать животное, увёл собаку в безопасное место, сохранив ей жизнь и не позволив выдать группу звуками. Также был риск того, что при взрыве боковой двери изолятора может рухнуть всё здание, которое де-факто находилось в аварийном состоянии.
Тем не менее, усилиями «Альфы» удалось и освободить всех заложников, и обезвредить преступников в автобусе и в самом изоляторе. В ходе операции лёгкое ранение получили сотрудник «Альфы» И. В. Орехов (ранен в шею бандитом из пистолета Марголина) и один из бойцов «Витязя» Олег Лебедь, который рвался к люку на крыше изолятора (ранен в ногу, чтобы не подползти к люку и не нарваться на огонь бандитов). Операция стала редким отечественным и мировым примером, когда подразделения спецназа использовались для освобождения заложников, захваченных в пенитенциарных учреждениях. Через несколько месяцев в СССР с визитом прибыл бывший президент США Ричард Никсон, которому обеспечивали охрану двое бойцов «Альфы»: от одного из них, коим был Максимов, Никсон и узнал историю о бунте в Сухуми, однако не поверил в её подлинность, сказав, что при таком огромном количестве стволов в своём распоряжении заключённые должны были отбивать штурм без проблем. Полковник Карпухин же за удачное проведение операции по освобождению заложников был произведён в генерал-майоры.
События в Вильнюсе: Информация об участии группы «А» в вильнюсских событиях января 1991 года известна отчасти благодаря секретному отчёту, который по неизвестным причинам просочился в открытую печать — попав сначала в литовский еженедельник «Гимтасис краштас», а затем в «Независимую газету». 7 января 1991 года сотрудники группы «А» М. В. Головатов, А. И. Мирошниченко и И. В. Орехов занимались разведкой и подготовительными мероприятиями в Вильнюсе, рассчитывая, что в ближайшие дни для восстановления порядка в Литве понадобится задействовать группу «А». 11 января 1991 года 67 сотрудников группы «А» — 65 офицеров, заместитель командира группы «А» М. В. Головатови командир отделения подполковник Е. Н. Чудеснов — отправились на двух самолётах в Вильнюс, где получили приказ взять под контроль Комитет по телевидению и радиовещанию, телевизионную вышку и радиопередающий центр, чтобы не дать их взять под контроль сторонникам движения «Саюдис».