На какое-то время Гиоргадзе казался сильнейшим политическим игроком в Грузии, но в стране со многими конкурирующими кланами (в том числе и силовыми министерствами), где правит искушенный в политике «разделяй и властвуй» президент, такое положение было трудно сохранить. Гиоргадзе распрощался с властью наряду с лидером «Мхедриони» Джаба Иоселиани. После этого наступил черед верховенства МВД. Десантно-штурмовая бригада была переподчинена непосредственно руководству МВД, а потом стала частью внутренних войск, которые также входят в систему МВД.
Уже начиная с 1994 г. И. Гиоргадзе вступил в конфликт с Эдуардом Шеварднадзе. Сам Гиоргадзе объясняет свой конфликт так: «С 1994 года расхождения во взглядах на то, как должна строиться Грузия, между мной и Эдуардом Шеварднадзе достигли апогея. На ноябрь 1995 года были назначены президентские выборы. По рейтингам, проведенным в апреле — мае, я намного опережал Эдуарда Шеварднадзе — так же, как опережали его Аслан Абашидзе и бывший первый секретарь ЦК Компартии Грузии Джумбер Патиашвили.
Мои действия и высказывания свидетельствовали о том, что я как руководитель Службы Государственной Безопасности Грузии не буду способствовать фальсификации выборов. Легким выходом из этой ситуации было инсценировать покушение на Эдуарда Шеварднадзе и взять под одну гребенку всех его политических противников».
Поэтому, когда 29 августа 1995 года рядом с автомобилем Эдуарда Шеварднадзе, во дворе здания Парламента был подорван тротиловый заряд, Гиоргадзе был тотчас смещен с занимаемой должности и улетел из Грузии с российского военного аэродрома в Вазиани. Грузинские власти через СМИ объявили Гиоргадзе «террористом № 1» и он был объявлен в розыск по обвинению в организации этого теракта. Впоследствии он был также заочно обвинен в организации убийств политических деятелей и подготовке государственного переворота.
После покушения на Шеварднадзе было арестовано около 400 человек. Конечно, на волне этого поиска врагов и при поддержке административного ресурса Эдуарду Шеварднадзе удалось выиграть выборы». В то же время, по словам Гиоргадзе «покушение на Шеварднадзе организовали тогдашний министр внутренних дел Грузии Шота Квирая и те, кто руководил личной службой безопасности Эдуарда Шеварднадзе».
В связи с этим существует и другая версия покушения на Шеварднадзе. Шота Квирая, был назначен на пост министра МВД по протекции убитого в это время «вора в законе» Гиви Берадзе, известного под кличкой Гиви Резаный. Целью разгрома службы госбезопасности было устранение всех препятствий для наркоторговли и переход контроля над ней в руки Квирая. Для этой же цели были нейтрализованы и посажены в тюрьму Тенгиз Китовани и Джаба Иоселиани, а организация последнего «Мхедриони» — уничтожена.
Однако следствие утверждало, что Гиоргадзе вызвал к себе своего бывшего заместителя Темура Хачишвили и бывшего руководителя корпуса спасателей Грузии Гигу Гелашвили, командира «Альфы» и поручил им осуществить теракт. В 1997–1998 годах шел процесс над теми, кто покушение якобы совершал и организовывал. В течение двух лет перед судом предстали 14 обвиняемых, 168 потерпевших и 365 свидетелей. Ни один из них не дал показаний против И. Гиоргадзе и не представил ни одного вещественного доказательства.
Сам Шеварднадзе уже после своей отставки признавался: «Одна большая заслуга у него (Игоря Гиоргадзе) действительно есть. Я назначил его министром после падения Сухуми. В то время Китовани (бывший министр обороны) задумал новую атаку на Абхазию. Это могло обернуться огромной бедой. Тогда я попросил Гиоргадзе, чтобы он остановил эту авантюру, иначе в Грузии могла произойти большая беда. Он не только остановил, но задание выполнил на пятерку, всех вернул назад».
В июле 2001 года Гиоргадзе дистанционно организовал в Тбилиси Всегрузинский Патриотический Альянс «Самшобло» (Родина) и создал партию «Справедливость». К нему примкнули такие мало совместимые люди, как диссидентка 80-х годов и близкий к Шеварднадзе политик Ирина Саришвили (в убийстве ее мужа и лидера Национал-демократической партии Грузии Георгия Чантурии в 1994 году Гиоргадзе также обвиняли) и бывший министр МВД в правительстве Аджарии времен Абашидзе Джемалом Готиридзе.