Последние восемь лет своего цаствования Баграт боролся с Алп-Арсланом. Когда сельджуки вторглись в Тао, Баграт, Мариам и вся семья только чудом избежали плена. Баграт не успел достроить укреплений Ахалкалаки[55]: Алп-Арслан взял город, в три дня перебил или поработил обитателей и потом отступил в Армению. По условию мирного договора Алп-Арслан потребовал, чтобы Баграт IV отдал ему свою племянницу Марехи. Баграт был не против, но по матери несчастная Марехи приходилась племянницей и лорскому царю Квирикэ: тот уперся. (Квирикэ был женат на Гурандухт, сестре Баграта[56].) Раздраженный отказом шурина, Баграт послал в Лоре войска под командованием близкого помощника Вараза-Бакура Гамрекели, который уговорил лорскую знать задержать и Квирикэ, и его брата Смбата. Как Липариту, так и Квирикэ угрожали казнью: в конце концов ему пришлось в виде наказания не только отдать Алп-Арслану Марехи, но и сдать картлийцам свою северную крепость Самшвилде. (Вскоре Алп-Арслан уступил Марехи своему визирю, мудрому Низаму ал-Мулку.)
В то же время, в 1065 году, Баграт добился равно полезного и совершенно добровольного союза, отдав свою дочь Марту в Константинополь: там ее назвали Мария Аланская и выдали замуж за Михаила VII Дуку, сына Константина X. В детстве Марта вместе с отцом была заложницей в Константинополе; тогда грузинский монах Гиорги Мцире предсказал, что она вернется императрицей. На самом деле императрицей она стала дважды, так как в 1078 году после свержения и пострижения в монахи Михаила Дуки Марта вышла за его врага, Никифора III. Последнюю часть своей жизни Марта-Мария посвятила всяким козням, чтоб ее сын Константин стал императорам, и набожной благотворительности, направленной на процветание грузинских монастырей на территории Византии. Судьбы Марехи и Марты показывают, что благосостояние Грузинского царства зависело настолько же от выгодно выданных замуж дочерей и племянниц, насколько от удач царских сыновей и племянников.
В отличие от византийских императоров, однако, Алп-Арслан, если ему казалось это политически выгодно, пренебрегал семейными узами. Когда Баграт IV успешно воевал на востоке против Кахетии, Алп-Арслан вторгся с востока и оттеснил его в Картли. Алп-Арслана поддерживал не только его вассал, кахетинский Агсартан, которому уже вернули крепости в Кахетии, но почти каждый, кого Баграт когда-нибудь оскорблял: униженный Квирикэ III; ал-Фадл ибн Мухаммад, который благодаря сельджукам стал эмиром и Кавказской Албании, и Тбилиси и командовал 33000 войск. Турки и союзники глубоко проникли в Картли, причинив огромный ущерб, и дошли до Свири, всего в шестидесяти километрах от Кутаиси. Царство Баграта спасла невыносимая для Алп-Арслана невиданно лютая зима, длившаяся с 10 декабря 1068 года по февраль 1069-го. Баграт IV послал к врагам прощенного мятежника Иванэ Багваша, чтобы договориться о мире. Сначала Алп-Арслан требовал дань, но морозы так его одолели, что он уехал, не дождавшись ответа. По пути на восток он заново захватил Тбилиси и Рустави и передал их во власть эмира ал-Фадла. Постепенно Баграт отвоевал потерянное: он вторгся в Тбилиси и изгнал ал-Фадла. Несчастного эмира тогда захватил кахетинец Агсартан, который, поощренный Алп-Арсланом, перепродал эмира Баграту в обмен на несколько крепостей. В Тбилиси посадили другого, более кроткого эмира.
Теперь Баграту пришло в голову попросить подкреплений у шурина, осетинского царя Дорголела Великого: брат царицы Борены прислал через Крестовый перевал десятки тысяч осетинских конных, которые помогли Баграту ограбить Гянджу и вернуть почти все потерянные города и крепости. Баграт даже осмелился перестать платить сельджукам дань: он утолил жадность Алп-Арслана одноразовой посылкой подарков. К счастью, Алп-Арслан уже наметил более богатую добычу, Византийскую империю, и потерял интерес к закавказским победам. Торжество Алп-Арслана наступило в 1071 году, когда в ходе битвы при Манцикерте он захватил в плен императора Романа IV: император умер в плену, и византийское господство в Малой Азии было обречено. 24 ноября 1072 года умер Баграт IV, уже давно болевший животом. (По иронии судьбы через три недели на берегах Амударьи Алп-Арслана заколол взбунтовавшийся военнопленный.) Баграта IV похоронили в Чкондидском монастыре. Царица Мариам пережила всех своих детей.