Анатолий Чубайс выступал противником коллективной собственности и безвозмездной передачи трудовым коллективам контрольного пакета акций предприятий в процессе их приватизации. Основными методами приватизации госсобственности, по программе Чубайса, стали акционирование предприятий, аукционные продажи их за ваучеры и, в меньшей степени, за деньги при предоставлении существенных льгот работникам предприятий.
Действовавшая программа приватизации резко критиковалась Верховным Советом (ВС) России, разрабатывавшим альтернативные варианты. ВС неоднократно пытался изменить программу Чубайса, признавал деятельность Госкомимущества неудовлетворительной. Она во многих случаях вызывала неодобрение не только оппозиции, но и некоторых министров. Периодически распространялись слухи о скорой отставке Чубайса, однако каждый раз они оказывались ложными. В большинстве конфликтов он получал поддержку президента Ельцина.
После того как в декабре 1992 года Гайдар вынужден был оставить пост главы правительства, Чубайс сохранил свой пост в правительстве Черномырдина. При этом Гайдар сам настаивал на том, чтобы Чубайс не подавал в отставку, мотивируя это необходимостью проведения подготовленной им приватизации.
В июле 1992 года Чубайс был одним из инициаторов и участников Форума демократических сил, на котором было создано объединение сторонников реформ «Демократический выбор».
В июне 1993 года принял участие в создании предвыборного блока реформистских сил «Выбор России». В октябре участвовал в учредительной конференции одноименного движения и вошел в список кандидатов в депутаты Государственной думы от избирательного объединения «Выбор России».
По данным активистов ДВР, Собчак говорил о наличии определенных перспектив у Чубайса на первый пост в государстве. Эти перспективы, по словам Собчака, обусловлены тем, что Чубайс хорошо зарекомендовал себя перед заокеанскими потенциальными участниками процесса приватизации российского госимущества тем, что для избранного и заранее намеченного круга покупателей были намеренно занижены цены на определенные объекты.
Этот процесс, по рассказу Собчака, оговаривался заранее во время визитов Чубайса за рубеж, а соответствующие контакты были предварительно установлены Дмитрием Васильевым — нынешним руководителем Федеральной комиссии по Фондовому рынку и ценным бумагам.
Собчак рассказывал, что Чубайс и Васильев «действуют в связке» и сегодня в борьбе «Плавного приватизатора» за президентский пост. Их «готовы поддержать 1000 брокерских фирм, большая часть оборота которых сосредоточена в Москве». Эти фирмы «смогут пропускать через себя любые объемы западного финансирования предвыборной кампании в России». По словам Собчака, выдвижение Чубайса кандидатом в президенты возможно и предрешено «американскими организациями, финансирующими предвыборные кампании некоторых блоков и их кандидатов в президенты» только в том случае, если в стране развернется активная критика блока НДР и лично Черномырдина, а блок Рыбкина «не будет подавать заметных признаков жизни».
Собчак считает, что кандидатура Чубайса «делается или МВФ особенно привлекательной в плане все активней просачивающейся информации относительно усилении интереса президентского окружения к Скокову».
В мае — июле 1995 года у одного из посольств Российской Федерации, предположительно в Швеции, Швейцарии или Бельгии, возникли проблемы с банком, обслуживающим счета посольства. Операции по счетам посольства по каким-то причинам были остановлены. И процессе урегулирования возникшей ситуации между банком и посольством сотрудниками посольства и служащими банка проводилась проверка банковских документов, в том числе по электронным базам данных. В ходе проверки сотрудники посольства якобы нашли 6 банковских счетов А.Б.Чубайса.
В настоящее время в правительстве «усиленно лоббируется разорительная и криминальная схема поставок сахара-сырца, уже опробованная в 1993 г.». В январе 1995 г. в правительство был внесен очередной проект постановления о закупках сахара-сырца на Кубе. Вскоре после этого финансово-промышленная группа «Альфа» в лице Генерального директора АО «Альфа-Эко» Александра Фаина обратилась в правительство с просьбой передать фирме «Альфа-Эко» права на продажу «на мировом рынке» 3 млн т. нефти, предназначенной для Кубы, и на закупку на том же «мировом рынке» сахара-сырца. Куба, таким образом, вообще должна остаться без российской нефти. Данное предложение получает поддержку первого вице-премьера А.Чубайса (одним из руководителей «Альфы» является Петр Авен, бывший министр внешнеэкономических связей и личный друг Чубайса).