Вместе с Чайкой в следственной бригаде по делу Кулика работал Николай Небудчиков. Они дружили. Небудчиков дослужился до должности межрайонного прокурора и в 1991-м создал фирму «Партнер ЛТД», которая официально занималась сделками с недвижимостью, юридическими консультациями, нотариальными услугами. Но под крышей фирмы действовала организованная преступная группировка. Оружия и боеприпасов в «прокурорской банде», как ее называли, было достаточно для ведения локальной войны: в Ижевске, Екатеринбурге и Туле закупались вынесенные с оружейных заводов автоматы, в арсенале небудчиковцев были гранаты и даже две бочки с напалмом. Брал к себе Небудчиков в основном людей, прежде служивших в силовых ведомствах — КГБ или милиции. Прошедший особую проверку кандидат зачислялся в одну из групп — разведки, контрразведки, специальную «группу дискредитации». Была и «группа исполнителей» (киллеры).
Первой жертвой банды стал директор страховой фирмы «Мегарезерв» Усов: он, узнав, что «Партнер ЛТД» не собирается возвращать кредит, хотел рассказать об этом в прессе и был похищен, вывезен ночью за город и задушен удавкой лично Небудчиковым. «Прокурорская банда» промышляла в основном заказными убийствами и рэкетом, но затем у Небудчикова «поехала крыша», и он решил заняться «идейной» борьбой с инородцами. Им был составлен «Основной план», в котором говорилось: «…Сформировать группу особого резерва. Завербовать лучших работников КГБ. Задействовать для пробы «афганцев». Попались бандиты случайно (часть «бойцов» до сих пор в розыске), а процесс над Небудчиковым был закрытым для прессы. Все это, напомним, происходило в бытность Юрия Чайки прокурором области.
Дело банды Небудчикова вели иркутяне. Видимо, поэтому расследование затянулось. Хотя Чайка много говорил в СМИ о борьбе с бандитизмом, почти все дела по статье 77 УК при нем возвращались судом на дополнительное следствие и тихо разваливались.
В апреле 1995 года сотрудники Восточно-Сибирского РУБОПа около полуночи ворвались в одну иркутскую квартиру, где был устроен частный публичный дом. Обслуживали клиентов девочки разных профессий. Но были среди них и молодые работницы МВД и прокуратуры. Чайка, тогдашний областной прокурор, все же упросил начальника РУБОПа Александра Егорова не давать хода материалам.
За время руководства Чайки в областной прокуратуре сильно поменялся кадровый состав. И было отчего: некоторые следователи сбегали из областной прокуратуры в другие подразделения. Объясняли это примерно так: мы работаем, добываем информацию, но после доклада прокурору она почему-то утекает в криминальные структуры, и дело в результате рассыпается: свидетели исчезают, потерпевших запугивают. Может быть, все это и случайность — просто слишком уж часто такое происходит.
Бывшие коллеги Чайки по работе в сибирской глубинке оценивали его по-разному. «Следователь и юрист он средний, а вот по части «достать», «пробить», делегацию встретить, свозить на дачу, на Байкал — тут ему равных не было», — рассказал The New Times один из тех, кто знал Юрия Яковлевича еще по Тулуну и Тайшету. Заслуженный юрист РФ Николай Китаев отмечает, что у Чайки была «хорошая хватка». При этом, считает Китаев, он всегда выделялся чутьем и прекрасным знанием текущей политической конъюнктуры: понимал, что удачно отчитаться об успешном выполнении очередного постановления ЦК — это прежде всего. За понятливость его и любило начальство. «Хватка» же помогала делать профессиональную карьеру.
Продвижению по служебной лестнице не мешали даже близкие отношения Чайки с братьями Кодзоевыми — Темуром и Баширом. Братья промышляли «черным рейдерством», и репутация у них была дурная, но двери в областную прокуратуру они открывали ногами и были соучредителями нескольких коммерческих фирм с сыном Юрия Яковлевича, Артемом.
Чайка никогда не реагировал на критические публикации о себе, не опровергал их и не судился со СМИ. Однако когда в иркутской «Байкальской Открытой газете» в конце 1999 года появился материал о Кодзоевых, в квартиру редактора газеты Виктора Прокопьева вломился ОМОН и он был арестован по обвинению в… «изготовлении и сбыте порнографии»: соответствующие материалы были-де найдены в ходе проведенного ОМОНом обыска. После того как к делу подключились депутаты Госдумы и Фонд защиты гласности, оно было спущено на тормозах. Вскоре Башир Кодзоев прошел в парламент по списку блока «Медведь», а его брат Темур был расстрелян неизвестными в центре Иркутска. Покушались и на Башира: в него стреляли в Москве около Сандуновских бань. Затем интересы Кодзоевых и Артема Чайки разошлись, свой иркутский бизнес Кодзоевы свернули.