Шофером служебной «Волги» у Чайки был некто Галькевич. У обычного «водилы» с собой всегда было удостоверение, где он значился… следователем областной прокуратуры. Его задерживали сотрудники милиции, находили в машине боеприпасы, но уголовные дела каждый раз затухали, не возникнув, — вмешивался шеф. Позднее Юрию Яковлевичу был задан вопрос — как же так вышло с его шофером? Ответ потряс «святой простотой»: дескать, сволочь он, конечно, порядочная — но водитель классный, вот и приходилось его выручать.
Между тем Галькевич, кроме служебных удостоверений, имел — и раздавал — оперативные путевые листы, при предъявлении которых машина не подлежит задержанию автоинспекцией. Также водитель получал без счета и документов кучу любых запчастей для своего «железного коня» — автомагнитолы, чехлы, зачем-то телефонные аппараты, мыло и даже веники. В этом ему способствовала весьма влиятельная сотрудница областной прокуратуры.
Сын прокурора, Артем Чайка, также не был обижен: областная прокуратура регулярно предоставляла ему служебный транспорт для личных целей и деньги «на бензин», конечно же, не спрашивая с него отчета за расход топлива. Причем это происходило уже тогда, когда сам Юрий Яковлевич пересел в высокое московское кресло: служебный пиетет зависит от расстояний не горизонтальных, а вертикальных.
По словам Виктора Прокопьева, Чайка фигурировал по меньшей мере в двух уголовных делах, возбужденных региональным управлением ФСБ по Иркутской области. В нервом из них речь шла о том, что Чайка, возможно, получил взятку в виде эксклюзивных золотых часов фирмы Longines.
Второе дело связано со строительством в Иркутске юридического института. Идею Чайки поддержало правитсльство Черномырдина и выделило деньги на строительство. Проведенная сотрудниками ФСБ проверка выявила банальные приписки, которые нанесли бюджету ущерб на сумму около миллиона долларов. Заместитель начальника регионального управления ФСБ Александр Николюк отправился к преемнику Чайки на посту областного прокурора Анатолию Мерзлякову. Увидев в деле фамилию Чайки, Мерзляков наотрез отказался выступить против предшественника, предложив попросту заныть о результатах проверки.
Информация об оперативном деле попала в Москву, откуда в Иркутск прибыла комиссия из трех работников центрального аппарата ФСБ и двух сотрудников Генпрокуратуры. Их работа подтвердила, что в местном ФСБ есть материалы не только на Юрия Чайку: к исчезновению средств имел отношение и начальник Юридического института Игорь Звечаровский. Материалы были ксерокопированы и ушли в столицу по линии Генеральной прокуратуры. Они легли на стол к Юрию Скуратову и тогдашнему директору ФСБ Николаю Ковалеву. Чекисты и надзирающий орган пришли к выводу, что оперативное дело огласке предавать не стоит. Вероятно, Юрий Скуратов теперь об этом жалеет — ведь Чайка, мягко говоря, предал своего шефа.
Скуратов за это время успел даже поработать в ЦК КПСС, а оттуда, после распада СССР, начал прыгать вверх по карьерной лестнице. Чайка упорно продвигался вверх в рамках Иркутской области. В 92-м он уже был прокурором этой области. И вот в 95-м году их пути снова пересекаются.
Скуратов в октябре был назначен Генеральным прокурором Российской Федерации. Буквально пару недель спустя он забирает Чайку в Москву и назначает его своим заместителем. В этот день он дает интервью газете «Коммерсант», цитирую: «Юрий Яковлевич Чайка — человек, которого я достаточно давно знаю по институту. Потом судьба нас развела, и когда я попал в институт прокуратуры и затем уже в аппарат, я обратил на него внимание как на человека очень энергичного, требовательного и жесткого в борьбе с преступностью».
Бывший генпрокурор в интервью вспоминал: «Через два дня после утверждения его СФ я получаю очень аргументированное, подробное письмо, где собраны все грехи Чайки. Правда, анонимное. Начали разбираться: написал письмо прокурор из аппарата прокуратуры Иркутской области. Там было и о злоупотреблениях Чайки, и о стиле его руководства (окружил себя подхалимами), и много всего. Что я должен был делать? Идти в СФ и просить все отыграть обратно? Я предпочел поверить Чайке…»
Отменить собственный указ Скуратов так и не решился, а когда пикантные факты из биографии Чайки начали всплывать, у него уже появились влиятельные защитники.
У Скуратова не сложилось с властью. С одной стороны, он хорошо показал себя в нелегкой борьбе за власть в 96-м году. Но потом, когда у него закрутилось расследование «кремлевских дел» совместно со швейцарской прокуратурой, он стал неудобен.