После разразившегося в начале 1999-го скандала, связанного с делом «Мабетекса» и пресловутым видеокомпроматом, Чайка, как считает Юрий Скуратов, предал друга и покровителя и на посту и.о. генпрокурора вместе с тогдашним главой ФСБ Путиным активно работал над решением «проблемы Скуратова». С августа 1999 года Чайка — министр юстиции.
В результате Скуратова убрали с дороги — жестко и изощренно. Создали историю с секс-компроматом, сфабриковали парочку дел «в отношении костюмов» и квартиры. Администрация Президента хотела убрать Скуратова с политического поля и поставить на его место нового человека. И все это время за спиной у Скуратова стоял его верный, как казалось Юрию Ильичу, заместитель Чайка.
Замену Скуратову произвели механически — на его место пришел заместитель Юрий Чайка. Так Юрий Яковлевич впервые сел в кресло Генпрокурора России. Но просидел в нем немного — всего четыре месяца. Назначить генеральным прокурором его не успели. В начале 99-го года разразился скандал с машиной его сына. 29 июля Юрий Чайка уходит из Генпрокуратуры, а 9 августа — на пенсию. Имеет право — он отслужил в прокуратуре 20 положенных лет. Интересно, что на пенсии он находился всего восемь дней. 17 августа 99-го он получает пост министра юстиции в правительстве Владимира Путина. В то время как исполняющим обязанности Генпрокурора России становится Владимир Устинов.
Шесть лет прокурор Чайка руководил Министерством юстиции, а его земляк Владимир Устинов — Генеральной прокуратурой. Странное совпадение — именно шесть лет дали тем самым ингушам, которых поймали в машине его сына. И кстати, эти бандиты постоянно проживали в Иркутске и свое наказание отбывали в лагерях на территории Иркутской области.
…В декабре 2002-го гендиректора Верхнеленского речного пароходства Николая Паленного нашли повешенным в своем гараже. В самоубийство Паленного до сих пор никто не верит. Каким-то чудесным образом его смерть совпала с решающим этапом борьбы за пароходство, которое атаковали «черные рейдеры». За год до этой трагедии Артем Чайка заключил соглашение с Верхнеленским речным пароходством (ЗАО «ВЛРП») о том, что пароходство примет указанного им человека на должность финансового директора.
Верхнеленское пароходство обеспечивает функционирование одного из главных транспортных путей Сибири. По нему, в частности, идет северный завоз топлива и продовольствия. Затем фирма Чайки-сына (учредителем числился он и депутат Госдумы Башир Кодзоев) взяла в аренду около 10 судов для передачи их во фрахт по цене в два раза выше, чем арендная плата. Взамен пароходству на льготных условиях был предложен кредит на 2 млн долларов.
После конфликта, связанного с досрочным требованием вернуть деньги, было возбуждено уголовное дело. А руководитель пароходства, с которым Артем Чайка подписывал соглашение о финансовом директоре, был найден повесившимся в гараже. Официальная версия — самоубийство.
За два дня до смерти Паленный дал интервью телепрограмме «Совершенно секретно», в котором среди прочего сказал: «Хотят нас обанкротить необоснованно. Этот конфликт создается группой не совсем порядочных лиц, и в том числе за этим стоит сын министра юстиции Артем Юрьевич Чайка, он создает очень негативный фон для работы наших предприятий».
Анализируя этап работы Юрия Чайка в Генпрокуратуре (в 1995-м стал замгенпрокурора, а в 1998-м непродолжительное время исполнял обязанности генпрокурора), а затем и в Министерстве юстиции РФ (летом 1999-го Чайка — министр юстиции), эксперты рекомендуют обратить особое внимание на роль Назира Хапсирокова — бывшего завхоза Генпрокуратуры, который впоследствии стал помощником главы президентской администрации.
О Назире Хапсирокове, его роли в «правильном» разрешении многих уголовных разбирательств и в так называемом «деле нехорошей квартиры и Юрия Скуратова», которое инициировали для отставки прокурора, стало известно еще в 1998–1999 годах, как в принципе и о специальном фонде Генеральной прокуратуры, на средства которого покупалась недвижимость для высокопоставленных чиновников этого ведомства.
На взгляд экспертов, Юрий Чайка, которого Скуратов, будучи генпрокурором, пригласил на работу в Москву, со временем оказался в другой команде. «Когда Скуратов приступил к громким разоблачениям, касавшимся ельцинского окружения, его вынудили уйти, а Чайка выбрал «правильную» сторону, и на его поведение обратили внимание, — полагает один из бывших сотрудников госбезопасности. — Впоследствии, будучи министром юстиции, Чайка доказал свою исполнительность и деле «ЮКОСа». Обеспечение конфискации имущества компании, его четкой реализации, прохождения денег и вообще оперативная работа судебных приставов тоже не осталась без одобрительного взгляда из Кремля».