Этих сформулированных выше принципов Коллонтай придерживается в собственной исследовательской практике, программно независимой от слепого послушания любым авторитетам. Рассмотрим это на примере его рассуждений о потопах (см. «Критический разбор»). Проблема так называемого потопа привлекала в XVIII в. всеобщий и особый интерес, что было связано с уже упоминавшейся «модой» на геологию. Увеличивающиеся описания вновь открываемых морей и материков, накопление все большего числа геологических наблюдений успешно подрывали достоверность известной библейской легенды о потопе, которую со всей серьезностью защищали университеты и церковь. В этом споре деление на противников и сторонников библейской версии потопа было, конечно, мировоззренчески однозначным. Однако отнюдь не было однозначным деление на тех, кто принимал определенную версию потопа, провозглашавшую изменяемость положения воды и суши на земном шаре, и тех, кто не признавал этой изменяемости и поэтому отрицал историю Земли. Так, например, такой авторитет просветительской критики, как Вольтер, выступал против библейской легенды о потопе, но наряду с этим отбрасывал тезис об истории Земли, об изменениях и перемещениях морей и суши в ходе ее естественной истории. Коллонтай полемизировал с Вольтером, считая его точку зрения противоречащей физическим и историческим наблюдениям и продиктованной не столько беспристрастным поиском истины, сколько стремлением любой ценой скомпрометировать апологетических «комментаторов первой книги Моисея». Ближе всего Коллонтай стоял ко взглядам Бюффона. Однако известно, что выдающийся французский естествоиспытатель, подвергнутый репрессиям за взгляды по вопросу об истории Земли, отказался от своих наиболее радикальных формулировок, осуждавшихся церковно-университетскими властями в Париже. В связи с этим Коллонтай с нескрываемым порицанием писал о Бюффоне: «Очевидно, не желая вступать в какие бы то ни было споры с Сорбонной, он утверждал, что хотя, согласно любым физическим законам, всеобщий потоп совершенно невозможен, однако на самом деле он был предопределен чудесным образом бесспорной волей бога» (33, 275).
Вырабатывая собственную точку зрения, Коллонтай освободился от давления церковной апологетики, а также от влияния противоположного последней философского авторитета Вольтера. Коллонтай не сомневался в том, что библейская повесть о затоплении всей Земли и пресловутых похождениях Ноя не приемлема в свете науки уже хотя бы потому, что было бы невозможным равномерное покрытие всего земного шара водой. Однако одновременно он считал, что соответствующие фрагменты книги Бытия являются искаженным свидетельством катастрофы, вызвавшей потоп и происшедшей в южном полушарии Земли. Геологические, гидрологические и физические наблюдения склонили Коллонтая к истолкованию свидетельства, содержащегося в книге Бытия как историческом источнике, который может быть подвергнут любым способом обычным правилам светской исторической критики. Он считал, что библейская повесть о потопе является дополнительным подтверждением события, неопровержимо установленного естественными науками. Но истолкование потопа как кары, ниспосланной на человечество божьей волей, является, конечно, теократическим добавлением к свидетельству о действительном событии.
Истолковывая потоп как природное явление, Коллонтай не побоялся пойти на конфликт с официальным учением церкви по этому вопросу. По его понятиям, эта катастрофа была только естественным результатом непрестанного и закономерного движения первоэлементов в природе, результатом спонтанной активности огня, воды и воздуха. Поэтому он доказывал также, что разные «космогонисты» бесполезно ищут на небе «чуждых и невероятнейших причин этого явления», когда его можно объяснить естественными и необходимыми причинами. «Зачем вымышлять ненадежные и ненужные причины, — писал он, — если имеем видимые? Зачем представлять себе потоп таким, каким его воображали себе комментаторы плохо понимаемой традиции? Если его причины и следствия будут найдены в природе, то это поможет быстрее исправить человеческие предания и сделать их более понятными» (33, 166).
Существенным элементом этой своего рода натурализации идеи потопа в учении Коллонтая было убеждение в том, что его причины действуют постоянно, а следовательно, и в настоящее время. Из положения о постоянном и неизменном действии этих необходимых физических причин вытекал сформулированный Коллонтаем тезис о неизбежности периодического повторения потопов также и в будущем, что снова отчетливо противоречило «истине» откровения: «Даю примирение мое с вами, и ни в какой мере больше не будет поглощено любое тело водами потопа, и не будет больше потопа, опустошающего землю» (Быт., 9, 11).