Несмотря на это, никому не известный молодой человек сумел осуществить реформу Краковской академии (акт объявления реформы состоялся 29 сентября 1780 г.) и стать ректором (в июле 1782 г.). Конечно, он действовал под руководством прогрессивных членов Эдукационной комиссии, но решающее значение имел все-таки талант Коллонтая в области поиска, организации и руководства коллективом людей — энтузиастов новой школы и развития науки, способных организаторов и ученых. Это был тот самый талант, который позднее поможет созданию коллектива знаменитой «коллонтаевской кузницы» и первых форм современной политической партии в Польше. К коллективу, созданному им в Кракове, принадлежали прежде всего ровесники молодого ректора — Я. Снядецкий (род. в 1756 г.) и Я. Яскевич (род. в 1750 г.). Но рядом с ними вырастал более широкий круг отыскиваемых, обучаемых в стране и за границей, а затем вводимых в академическую иерархию молодых учителей и исследователей, которые стали первым в Польше поколением светской научной интеллигенции.
Тогда и именно в этом кругу сформировались образцы ученых и учителей постоянно живой традиции польской науки и просвещения, продолжающейся до сегодняшнего дня. Это поколение Коллонтаев, Снядецких и Сташицев создало и укрепило в польской культуре образцы научной добросовестности, верности истине и одновременно примеры того, как надо заботиться о судьбах народной культуры. Следует также обратить внимание на то, что это было первое в истории Польши поколение ученых, которое развивало науку на польском языке. Следовательно, этому поколению принадлежит заслуга создания польского научного языка.
Коллонтай с самого начала выступил как ученый, методически осуществлявший работу по выработке собственных приемов и методов научного исследования. В программных принципах его реформы нашли отражение новаторские идеи. Краковский (Ягеллонский) университет был призван стать важным звеном (в том числе и административным) структуры всей высшей школы, местом формирования преподавательских и профессиональных кадров для страны, а также центром организованной научно-исследовательской работы. Назначение университета Коллонтай рассматривал с точки зрения просветительского понимания роли науки и школы в общественной жизни. Обосновав роль науки, ее общественное призвание, Коллонтай уже в начале своей творческой деятельности выступил не только как новатор, но и как зрелый теоретик. Это достоинство Коллонтая высоко оценили его современники, в частности Я. Снядецкий, что показывается в работе М. Хамцувны (см. 43, XII–XVIII).
К сожалению, не слишком много осталось сведений об обучении самого Коллонтая в период, предшествовавший его вступлению на арену политической жизни. Мало что можно было бы добавить к тем сведениям о его образовании, которые уже изложены во введении. Хорошо известно только, что он получил основательное образование в области правовых наук, истории и философии. Во время пребывания в Италии Коллонтай имел возможность познакомиться ближе с французской и итальянской просветительской литературой; очевидно, там же он столкнулся с сочинениями физиократов, доктрина которых оказала довольно сильное влияние на его собственную философию.
Удивительным является тот факт, что, оказавшись в Кракове на поприще реформаторской деятельности, Коллонтай находит силы и время для проведения собственных научных исследований. Уже тогда он начал систематически собирать материал по истории науки и школы в Польше. В результате он основательно исследовал университетские архивы и составил акты и дневники, образовавшие полноценный материал по истории Краковской академии. Эти материалы, собранные «в четырех толстых томах, in folio», как писал он Я. Снядецкому, затерялись во время его заключения в австрийских тюрьмах, и позднейшие их поиски оказались безрезультатными. По той же причине не появилось и задуманное им сочинение об «истории наук» в Польше. Но даже то, что сделал Коллонтай в этой области, обеспечило ему имя одного из главных создателей польской историографии науки и школы, где его влияние сказывается и до сегодняшнего дня. Если добавить, что будущий автор «Физическо-морального порядка» проявлял также интерес к минералогии и геологии, то можно представить более или менее полную картину его научного творчества.