Сложившуюся ситуацию Ягода успешно использовал не только для укрепления своих позиций. Его ставленник Заковский возглавил разгромленный аппарат УНКВД Ленинградской области. Началась чистка кадрового состава органов НКВД и в других областях и республиках.
Между тем И.В. Сталин внимательно следил за деятельностью Г.Г. Ягоды после того, как на XVII съезде партии одержал окончательную победу над оппозиционерами всех мастей. Известно, что он много времени уделял изучению национального вопроса. В одной из своих записок А.И. Микояну (это было в 1934 году) он обратил внимание на высокий процент лиц еврейской национальности в партийно-правительственном аппарате и в печати. Это был в основном аппарат, который комплектовался ещё на заре советской власти, при Ленине. В 1934–1936 годах началась чистка этого аппарата. Сталинская чистка затронула «головку» партии, в основном ставленников Троцкого. Ошибки, конечно, были, и это вряд ли можно отрицать. Чистка, вполне понятно, вызывала недовольство у тех, кто лишался своего привилегированного положения, а убийство Кирова способствовало оживлению террористических настроений у оппозиционеров, что нашло своё отражение в многочисленных архивных документах.
Довелось Ягоде побывать в знаменитой Болшевской коммуне в связи с празднованием десятилетия со дня её основания. На торжество понаехали представители НКВД, партийные работники, известные писатели. Среди приглашённых был «старый друг коммуны» Анри Барбюс. Ждали и приезда Г. Г. Ягоды.
Это событие нашло отражение в печати того времени: «Приехал самый любимый гость коммуны — товарищ Ягода. Он пообещал приехать в коммуну в половине третьего, и ровно в 2 часа 30 минут нарком входил в здание управления коммуны — пример точности для большевиков».
К середине 30-х годов уже вовсю начали прославляться руководители партии и государства. Все выступавшие произносили хвалебные речи в адрес Ягоды, подчёркивали его роль в перевоспитании правонарушителей, выпячивали заслуги в руководстве органами, в борьбе с врагами социалистических преобразований. Приведём фрагмент из выступления Е.М. Ярославского:
«Товарищ Сталин указал Дзержинскому на необходимость начать работу по перевоспитанию людей. Феликс Эдмундович, пламенный рыцарь пролетарской борьбы, беспощадный и суровый к врагу, с радостью взялся за работу… Лучший соратник Феликса — товарищ Ягода осуществил практически это задание…» В конце своей речи оратор предложил присвоить Болшевской трудовой коммуне имя товарища Ягоды. Это предложение было принято с всеобщим восторгом. «Коммунары встали. Зал гудел от криков и хлопанья крепких ладоней».
Казалось, ничто не предвещало грозы, но тучи над головой Ягоды сгущались. В первой половине 1936 года под его активным руководством шла работа по подготовке процесса над «правым уклоном». Начались аресты. В сентябре Сталин уже знакомится с протоколами допроса некоторых из арестованных, где излагаются показания «О террористической деятельности контрреволюционной организации правых».
А тем временем Ягода появляется на военных манёврах и учениях рядом с Ворошиловым — словом, жизнь течёт своим чередом.
В молодые годы Сталин был очарован красотой озера Рица и как-то в одном из мимолётных разговоров высказал своё стремление со временем там побывать. Ягода, изучавший давно Сталина, его привычки, поступки, поведение, знал, что однажды высказанное пожелание непременно будет реализовано, и потому не пропустил мимо ушей высказанную вслух мысль. Узнав, что туда невозможно проехать на автомобиле, тут же дал указание руководству ГУЛАГа обеспечить строительство дороги от города Сочи до озера Рица. Её строительство началось в 1933 году силами специально созданного Охунского ИТЛ, в котором в общей сложности отбывали наказание 17749 осуждённых, из них по различным причинам умерло 88 человек. В 1935 году построенная ударными темпами дорога была сдана в эксплуатацию. Знал бы Ягода, какую роль сыграет именно это место в его судьбе! Именно отсюда отдыхавшие на юге Сталин и Жданов послали телеграмму в адрес Кагановича, Молотова и других членов Политбюро ЦК ВКП(б) от 25 сентября 1936 года:
«Считаем абсолютно необходимым и срочным делом назначение тов. Ежова на пост наркомвнудела. Ягода явным образом оказался не на высоте своей задачи в деле разоблачения троцкистско-зиновьевского центра. ОГПУ опоздал в этом деле на 4 года».