Реакция всех категорий заключённых на нововведение была однозначна. Усилились побеги, отмечались многочисленные факты саботажа на производстве, увеличилось число эксцессов с администрацией из-за неподчинения её требованиям и т. д. Возникла угроза срыва возложенных на лагеря хозяйственных задач по плану третьей пятилетки. За это пришлось бы отвечать головой перед руководством партии и страны. Поэтому уже через девять месяцев, хотя и в крайне ограниченной форме, восстанавливались досрочное освобождение и практика сокращения срока за высокие производственные показатели. Носили эти меры чисто символический характер, так как льгот удостаивались ежемесячно полтора-два десятка осуждённых, главным образом впервые судимые.
Вопрос об укреплении аппаратов учётно-распределительных отделов являлся настолько серьёзным, что был поставлен Берией перед ЦК ВКП(б) и рассмотрен в 1939 году. На Украине решением Политбюро ЦК ВКП(б) для укрепления лагерей работниками учётно-распределительных и культурно-воспитательных отделов, областными комитетами партии были выделены 1000 членов партии и комсомольцы. После четырёхмесячного обучения на специальных курсах они направлялись на работу по специальности.
В 1940 и 1941 годах в лагерях и колониях проводилась работа по замене заключённых в культурно-воспитательных аппаратах, военизированной охране, административно-хозяйственном аппарате вольно наёмными. До начала войны эта задача в основном была решена.
Необходимость срочного укомплектования в 1939 году специальных конструкторских бюро, подведомственных НКВД, показала, что пришлось потратить огромные усилия для розыска того или иного осуждённого в лагерях. Это заставило Берию издать специальный приказ. Впредь в тюрьмы ГУГБ заключённые могли направляться только по персональному указанию Берии или его заместителя. Это позволяло ему знать место нахождения того или иного заключённого. В лагеря впредь могли направляться только по персональным нарядам судимые по ст. 58.
При Берии произошла более чёткая дифференциация контингента в ИТЛ. Осуждённые подразделялись на две группы. К первой относились судимые по составу контрреволюционных преступлений, особо опасные уголовные преступники и неоднократно судимые. В свою очередь, они подразделялись на три подгруппы, и каждая из них направлялась отбывать наказание в специализированную группу лагерей. Во вторую группу входили все остальные заключённые. Анализ этого документа, связанного с дифференциацией контингента, и архивные документы показывают, что в ГУЛАГе не было «вавилонского столпотворения». Все заключённые были рассортированы по статейным признакам и числу судимостей с закреплённой за ними точкой обитания на материке.
Особенности контингента заключённых, вытекающие из этого условия отбывания наказания в ИТЛ и ИТК, предопределили издание двух инструкций, в которых наряду с общими требованиями для всех выделялись специфические особенности. Этим объясняется то обстоятельство, что в предвоенные годы распорядок и условия в них регламентировались Временной инструкцией о режиме содержания заключённых в ИТЛ НКВД СССР (1939) и Временной инструкцией о режиме содержания заключённых в исправительно-трудовых колониях НКВД СССР (1940).
Поскольку в лагерях содержались осуждённые как за уголовные, так и за политические преступления и последние признавались наиболее опасными, то инструкция предусматривала два вида режима. Общий предназначался для осуждённых за уголовные преступления независимо от числа судимостей. На усиленном содержались осуждённые за государственные преступления.
В аппаратах лагерных подразделений разрешалось использовать судимых за антисоветскую агитацию, недоносительство, вредительство, саботаж и уголовных преступников, за исключением судимых за бандитизм и разбой. Врачи независимо от состава преступления привлекались к работе в больницах, амбулаториях, расположенных внутри охраняемых зон.