С началом войны места лишения свободы, дислоцированные в западных районах страны, оказались в сложном положении. Спасало то обстоятельство, что на этой территории не имелось исправительно-трудовых лагерей. В колониях же контингент содержался за малозначительные преступления, и практически все заключённые были освобождены. Так, на Украине всего содержалось на 1 июля 1941 года 128874 человека, и сразу были освобождены 81970 человек. Часть пропала без вести, другие погибли, госпитализированы в больницах, распущены по домам. За пределы республики вывезено из колоний и тюрем 38 586 человек.
На НКВД СССР, его органы и учреждения выпала сложная и ответственная задача по устройству, организации труда и быта значительного числа лиц: заключённых, интернированных, сосланных, поселённых в определённой местности, а впоследствии и военнопленных.
По требованию военного командования на оборонительные работы широко привлекались заключённые, следовавшие в пешем порядке вглубь страны. Для этих нужд ГУЛАГ передал 200 тысяч человек. За счёт ресурсов Вычегорского строительства и лагеря НКВД обеспечивались рабочей силой, продовольствием и материальными ресурсами полевые работы строительства 2-го армейского Управления оборонительных работ Государственного комитета обороны, за счёт Беломоро Балтийского лагеря НКВД — полевые строительства Управления оборонительных работ Карельского и Северного фронтов.
Война предоставила возможность лицам, осуждённым за прогулы, бытовые и незначительные должностные преступления, искупить вину перед обществом в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками. В соответствии с указами ПВС СССР от 12 июля и 24 ноября 1941 года из мест лишения свободы были досрочно освобождены указанные категории заключённых с направлением лиц призывного возраста в Красную армию. По этим указам были освобождены 420 тысяч человек, что составило около 25 % от общего числа лишённых свободы. По специальным по становлениям Государственного комитета обороны в течение 1942–1943 годов были досрочно освобождены по целевым разнарядкам с направлением в ряды Красной армии 157 тысяч человек, что составило свыше 10 % от общего числа лишённых свободы. Всего за первые три года войны было передано на укомплектование Красной армии 975 тысяч человек.
Призыв осуждённых в действующую армию имел и ещё одно значение: эта мера не позволяла отдельным гражданам, а таких было не мало, уклоняться от воинской службы посредством совершения не значительных преступлений с расчётом отсидеться в местах лишения свободы. За первые три года войны было задержано дезертиров и уклоняющихся от воинской службы 93 895 человек и дезертиров с предприятий промышленности и транспорта — 27 551 человек. Наибольшее число этих проявлений падало на самое трудное для страны время — 1942 год, а с улучшением обстановки началось их снижение. С целью уклонения от призыва в армию по всем лагерям отмечались факты членовредительства: заключённые отрубали пальцы, кисти рук и др.
Особыми условиями войны диктовалась необходимость приостановления освобождения из мест лишения свободы до окончания войны лиц, судимых за измену Родине, шпионаж, террористические акты, диверсии, активное участие в троцкистских и иных антипартийных группировках и бандитизм.
С самого начала военных действий в местах лишения свободы стали распространяться пораженческие настроения, активизировалась антисоветская агитация, проявлялись акты саботажа, оживилась деятельность отдельных групп осуждённых, направленная на подготовку вооружённых восстаний в лагерях. В 1941 году были выявлены подпольные организации в Ныробском, Нижне-Амурском, Сибирском, Унженском, Мурманском, Усть-Вымском, Онежском, Красноярском и других ИТЛ. В сентябре 1941 года в Усольском ИТЛ была выявлена и ликвидирована разветвлённая преступная организация, возглавляемая подданным Германии, заключённым Зигертом фон Коолем. Участники организации создали во всех лагерных пунктах преступные группы, разработали план разоружения охраны и совершения группового вооружённого побега. Их действия были пресечены в момент разоружения участниками организации одного из стрелков военизированной охраны.
Попытки создания повстанческих организаций не прекращались в 1941 и 1942 годах. Одна из них сформировалась на лагерном пункте «Лесорейд» Воркутинского ИТЛ НКВД. Её руководители ставили следующие задачи: осуществить вооружённое восстание и распространить его на всю территорию Коми АССР, освободить всех заключённых, привлечь на сторону повстанцев спецпереселенцев и местное население, недовольное властью, создать регулярную армию на добровольных началах, установить связь с немцами и получить от них помощь вооружением, установить общественный строй, подобный германскому, и присоединиться к Германии.