В предвоенный период и в особенности в ходе массовых репрессий 1937–1938 гг. наблюдается взрывной рост количества Управлений ИТЛ на местах. Все большее число новых строительств поручается теперь системе НКВД В результате из аппарата ГУЛАГа уже в 1940 г. наряду с уже существовавшим Главным управлением строительства на Дальнем Севере (ГУСДС, с 1938 в структуре НКВД) были выделены самостоятельные производственные главки, использовавшие труд заключенных: Главное управление гидротехнического строительства (Главгидрострой) и Главное управление лагерей железнодорожного строительства (ГУЛЖДС). Оба главка пополнили структуру центрального аппарата НКВД СССР. В феврале 1941 г., после выделения из НКВД, органов государственной безопасности в самостоятельный наркомат, число производственных главков снова возросло. Этот статус получили подразделения, ведавшие аэродромным строительством (ГУАС), промышленным строительством (Главпромстрой), строительством горно-металлургических предприятий (ГУЛГМП).
Начало войны внесло существенные коррективы в производственные планы НКВД. Ряд строительств был остановлен, а обеспечивающие их рабочей силой управления исправительно-трудовых лагерей расформированы. Рост системы исправительно-трудовых лагерей вновь начался лишь после окончания войны.
Вместе с тем во время войны появились и новые виды мест заключения. Так, в конце 1941 г. была организована сеть спецлагерей, получивших в 1944 г. название проверочно-фильтрационных лагерей (ПФЛ), — лиц, проходящих проверку после пребывания на оккупированной немцами территории.
Значительно выросла, особенно после Сталинградской битвы, сеть лагерей для военнопленных. Еще в сентябре 1939 г. были организованы такие лагеря для военнопленных поляков, а в структуре центрального аппарата НКВД появилось новое Управление по делам военнопленных и интернированных (УПВИ). С января 1945 г. это управление получило статус главка (ГУПВИ), и количество военнопленных в его ведении (около 3 миллионов человек) значительно превышало общее количество заключенных системы ГУЛАГа.
Военнопленные и интернированные, как и узники проверочно-фильтрационных лагерей, составляли незаменимый ресурс рабочей силы для производственных программ НКВД. Большая часть ПФЛ и лагерей для военнопленных и интернированных обустраивалась в привязке к конкретным предприятиям или объектам, занятым разработкой недр.
Война внесла и некоторые новации в содержание заключенных определенных категорий. Так, в 1943 г. для осужденных за сотрудничество с немецкими оккупационными властями и карательную деятельность при немцах была введена каторга как мера наказания и организованы каторжные отделения при Воркутинском, Норильском, Северо-Восточном лагерях и при Карагандинском лагере (для больных и нетрудоспособных). Каторжные условия подразумевали использование заключенных на тяжелых работах, увеличение времени работы на один час по сравнению с другими лагерями, общее ужесточение режима и обязательное ношение личного номера, нашитого на верхнюю одежду заключенного. Последнее явно было позаимствовано из практики нацистских концлагерей.
В 1948 г. были организованы Особые лагеря для содержания «особо опасных заключенных. К этой категории относились осужденные за шпионаж, диверсии, террор, участие в оппозиционных политических партиях и группах (меньшевики, эсеры, троцкисты, правые и т. п.), а также лица, осужденные по подобным обвинениям в период 1937–1938 гг. и успевшие выйти на свободу (согласно принятым в 1948 г. новым сталинским установкам их следовало направлять вновь в заключение). Всего в 1948–1952 гг. было организовано 12 Особых лагерей. И каторжные отделения, и Особые лагеря были ликвидированы лишь после смерти Сталина.
Послевоенные строительные программы были столь обширны, что одних обитателей исправительно-трудовых лагерей для их реализации не хватало. На возводимых под руководством МВД объектах будущей атомной промышленности, строительстве различных комбинатов и заводов, шоссейных и железных дорог, добыче ископаемых трудились наряду с заключенными и мобилизованные и интернированные немцы, военнопленные, спецпереселенцы, бойцы военно-строительных батальонов, да и просто вольнонаемные рабочие.
При этом не был забыт и детский труд, который также широко использовался. Воспитанники детских трудовых колоний, в основном изготовлявшие на подсобных производствах предметы ширпотреба, в возрасте от 12 до 16 лет обязаны были трудиться по 4 часа в день, и 4 часа для них отводились на учебу. Для подростков в возрасте от 16 до 18 лет предусматривался труд в течение 8 часов в день и лишь 2 часа отводилось для учебы.