В период с 1949 по 1953 г. количество управлений исправительно-трудовых лагерей на местах выросло более чем в два раза. В последние годы жизни Сталина затеваются амбициозные по своим грандиозным масштабам и требуемым капиталовложениям, но бессмысленные проекты строительств. Достаточно вспомнить начавшееся в 1949 г. за Полярным кругом строительство железной дороги от Салехарда до Игарки. Сохранившиеся кое-где участки этой недостроенной и брошенной железнодорожной колеи, сквозь полотно которой прорастают чахлые деревья и кустарник, являются сегодня ярким символом гулаговской индустриализации.
Причины расформирования централизованной лагерной системы после смерти Сталина лишь отчасти могут быть объяснены экономическими соображениями. Дело было не в отсутствии рентабельности и экономической эффективности системы исправительно-трудовых лагерей. Просто в марте 1953 г. ГУЛАГ лишился своего идейного вдохновителя и руководителя.
Вместе со Сталиным умерли народнохозяйственные проекты. Их назначение могло быть объяснено исключительно имперскими амбициями советского вождя, но уж никак не экономической необходимостью страны. Уже 25 марта 1953 г. по предложению нового министра внутренних дел Л.П. Берия было прекращено строительство 22 крупнейших объектов: Главного Туркменского канала, Волго-Балтийского водного пути, железных дорог Салехард — Игарка, Комсомольск — Победино, тоннельного перехода под Татарским проливом, автомобильных дорог на Кольском полуострове, ряда химических заводов и т. п. Общая сметная стоимость этих строительств составляла примерно 105 миллиардов рублей. По официальному валютному курсу того времени (хотя и заниженному по сравнению с реальным) эта сумма составляла около 25 миллиардов долларов. Безболезненно финансировать такие проекты советская экономика не могла.
Но наряду с этими причинами можно выделить и некий субъективный фактор. Новый руководитель МВД — член Президиума ЦК КПСС и 1-й заместитель Председателя Совета Министров Л.П. Берия, объединив в своих руках два министерства (внутренних дел и госбезопасности), хотел быть прежде всего «силовым», как теперь принято говорить, министром и уж никак не руководителем крупнейшего конгломерата строительно-хозяйственных главков. Последний статус, по всей видимости, ему изрядно надоел еще в сталинские годы, пора было заняться большой политикой. И одним из первых мероприятий нового министра стало освобождение МВД от производственно-хозяйственной деятельности и передача строительных и производственно-хозяйственных главков в соответствующие министерства. При этом сам ГУЛАГ 2 апреля 1953 г. был передан в ведение Министерства юстиции. В подчинении МВД оставались только Особые лагеря, населенные по преимуществу политическими заключенными. В подобной реорганизации была своя логика. Некоторым образом произошло разделение труда, когда проведением репрессивной политики было занято МВД содержанием заключенных и их распределением — Министерство юстиции, ну а уж за трудовое использование отвечали народнохозяйственные министерства, которые лучше понимали и знали свои нужды и потребности экономики. Хотя надо признать, что подобный технократический подход не очень-то укладывался в советскую партийно-политическую схему. И руководители Президиума ЦК КПСС это чувствовали. Не случайно спустя какое-то время после падения Л.П. Берия, система ГУЛАГа вновь была возвращена в МВД, вновь выделилось самостоятельное ведомство госбезопасности (КГБ) и, наконец, пошел процесс возвращения в МВД некоторых производственно-хозяйственных главков. Так, в феврале 1954 г. в МВД вернулось Главное управление лагерей лесной промышленности, а в марте того же года и Главное управление лагерей промышленного строительства.
Наряду с отмеченными выше реорганизациями, вслед за смертью Сталина была объявлена амнистия, давшая свободу более чем миллиону человек. Указ Президиума Верховного Совета СССР от 27 марта 1953 г. объявил об освобождении ряда категорий осужденных «не представляющих серьезной опасности для общества». Основным мотивом издания этого акта являлся, конечно же, не гуманизм властей, а стремление освободить места заключения от практически нетрудоспособных инвалидов, женщин и детей и заменить их полноценной рабочей силой. При этом Указ не затрагивал категории политических заключенных, и их по-прежнему числили как «особо опасных». Результатом подобной политики стало массовое недовольство этой части лагерного населения и, как следствие, получившие большой резонанс восстания в лагерях.