Однако всего через год реформист Сейед Мохаммад Хатами одержал неожиданную и шокирующую победу на президентских выборах 1997 года. Его победа была воспринята как сигнал недовольства иранского народа господствующей политической системой и верховным лидером. Это событие свидетельствовало не только о переходе власти от правого крыла к левому, но и об ослаблении верховного лидера, который явно позиционировал себя как близкий к кон-ституции. Интересно, что 73 % членов басиджей и КСИР проголосовали на тех президентских выборах за Хатами, что свидетельствует об отсутствии у них политической приверженности Хаменеи и консерваторам.
В ответ на победу Хатами и в целях защиты собственных позиций аятолла Хаменеи заменил командующих КСИР более молодыми и лояльными людьми. Через месяц после выборов он назначил генерала Яхью Рахима Сафави командующим КСИР, сменив на этом посту Мох-сена Резаи. Вскоре после этого генерал Афшар был заменен генералом Мохаммадом Хеджази на посту командующего Басидж. Представителем Верховного лидера в Басидж стал Ходжат аль-Ислам Хейдар Мослехи, который впоследствии стал министром разведки во время второго срока Махмуда Ахмадинежада. Целью этих изменений было усиление КСИР и Басидж, чтобы они могли противостоять реформистам, оказывать на них давление и создавать препятствия для реализации президентских планов Хатами. Через несколько месяцев после выборов аятолла Хаменеи прямо попросил Басидж играть более активную роль в обществе, особенно в университетах.
При поддержке Верховного лидера Басидж и КСИР стали проводить более активную идейно-политическую подготовку своих членов, чтобы оградить их от реформистских идей. С этой целью в Басидж был реализован план по набору новых людей и улучшению оснащения базы сопротивления. Основными целями этих программ были подготовка новой группы преданных басиджистов, особенно в университетах, а также контроль, подавление и противостояние тем студентам, которые поддерживали реформаторов. Впоследствии эти силы были использованы для подавления студенческого восстания летом 1999 г. в Тегеране.
В июле 1999 г. ИРИ сотрясалась более недели, когда студенты выступили против консервативного крыла ИРИ за закрытие реформаторской газеты «Салам». Тогда командование КСИР обратилось с письмом к президенту Хатами, в котором говорилось, что «они не могут сидеть и смотреть, как уничтожаются плоды революции» и «у них не может быть другого выхода, кроме как вмешаться в дела всего исламского режима». После этой угрозы группа басиджи, являющихся членами воинствующей консервативной группировки «Ансар-е Хезболла», напала на общежития Тегеранского университета и подавила студентов, протестовавших против закрытия «Салаама». Однако реформистские группировки продолжали пользоваться поддержкой населения, что позволило им получить большинство мест на шестых парламентских выборах в феврале и мае 2000 года. Улучшение парламентских позиций усилило власть реформистов, но в то же время побудило Верховного лидера и консерваторов усилить свою власть, используя Басидж для препятствования деятельности реформистов и подавления их социальных групп. Их тактика давления включала в себя нападения на студенческие собрания и атаки на реформаторов, таких как министр внутренних дел и министр культуры и исламского образования Хатами. Хотя Хатами смог победить на восьмых президентских выборах в июне 2001 г., в течение второго срока он потерял многих своих сторонников.
Аятолла Хаменеи продолжал укреплять власть и поддержку Басидж, чтобы создать дополнительные препятствия для реформистского движения. Во время визита в провинцию Ардебиль 28 июля 2000 г. Верховный лидер сказал группе басиджей:
Когда речь идет о ценностях, когда речь идет о фундаментальных вопросах революции, когда речь идет о верховенстве религии Бога, когда враг хочет использовать возможности для [действий] против этой великой и славной революции, Басидж будет там. Именно в этом проявляется философия Басидж. Путь басиджей – это защита достижений Революции и ее истинной сути.
В 2000 г. аятолла Хаменеи потребовал от КСИР усилить поддержку Басидж, указав, что 50 % работы КСИР должно заключаться в расширении возможностей Басидж. Для этого КСИР подготовил план «Амир аль-Моминеен», предусматривающий расширение Басидж и использование ее в качестве рычага консервативной политики. В соответствии с этим планом была проведена структурная ревизия, в частности, базы сопротивления (payegah), и издана новая организационная схема для всех ее членов. План был утвержден в 2000 году. Согласно этому плану, набор людей в Басидж должен был увеличиться на 300–500 %. Кроме того, в соответствии с планом была проведена реструктуризация баз Басидж путем формирования ряда новых групп сопротивления. Кроме того, были созданы новые организации Басидж, например, в 2000 г. – для преподавателей университетов, а в 2001 г. – для ученых (см. главу 12). С началом третьей пятилетки Басидж в 2000 г. стал получать все большую поддержку со стороны аятоллы Хаменеи. Бюджет Басидж увеличился на 50 %, а сама организация расширилась. Например, в 2001–2002 гг. в Тегеране были созданы четыре новых региональных отделения сопротивления (nahieh-e moqavemat-e basij) с независимыми командирами.