Кроме того, в то время происходило много конфликтов между членами Басидж и клерикалами, а также другими силами революционного комитета, в результате чего КСИР стал испытывать недовольство Басидж. В конце 1982 г. Салек вышел из состава Басидж, поскольку был избран членом парламента от города Исфахан. Весной 1983 г. командующим Басидж был назначен левый священнослужитель Ходжат аль-Ислам Мохаммад Рахмани. (Однако после раскола в Ассоциации воинствующего духовенства [Jame’e-e Rohaniat-e Mobarez] Рахмани присоединился к левой партии, известной как Ассамблея воинствующих священнослужителей, или Majma’-e Rohaniun-e Mobarez).
С началом ирано-иракской войны в сентябре 1980 г. Басидж стал играть важную роль в наборе и организации добровольцев, а также в отправке их на фронт. Однако из-за слабой военной подготовки и недостаточного опыта члены Басидж не могли участвовать в войне в течение первого года. Поэтому КСИР и Басидж разработали программы интенсивного обучения, длительностью не более пятнадцати дней, для обучения Басидж и подготовки их к войне. По данным одного из исследований, за первый год было подготовлено более 1 млн. басиджей. В этот период в обязанности сухопутных войск КСИР входило использование добровольцев в различных военных операциях.
Для вербовки новых «басиджи» в Басидж были созданы специальные отделения, охватывающие различные слои общества, такие как кочевые племена, учащиеся средних школ, государственные служащие и студенты университетов. В последующее десятилетие численность этих отделений, помогавших вербовать членов Басидж, составляла около десяти тысяч человек.
По данным одного из исследований, за восемь лет войны Басидж отправил на фронт более 2 млн. человек. Иными словами, более 75 % иранских бойцов, участвовавших в войне, были членами Басидж. Эти люди имели высокую мотивацию и были идеологически неотъемлемой частью наступательной стратегии «живой волны», использовавшейся во время войны против Ирака и стоившей Ирану больших человеческих жертв. Для подготовки басиджей к военным действиям их «учили преимуществам мученичества». Благодаря этой индоктринации басиджийцы были готовы пожертвовать собой ради режима, их использовали для разминирования и преодоления других препятствий. Как пишет один из исследователей:
Басидж должны были массово атаковать оборонительные посты противника и служить вооруженным силам, находящимся непосредственно за ними, в качестве разрушителей пушек, или бросаться на минные поля, чтобы «очистить их» и обеспечить безопасный проход вооруженных сил. Многие из этих добровольцев носили на себе саван или вешали на шею ключ, открывающий врата Рая.
Из всех басиджи студенты были наиболее важной группой для отправки на фронт. В 1984 г. парламент возложил на Басидж основную ответственность за военную подготовку учащихся в школах. В результате более 550 тыс. студентов-басиджей служили на фронте во время восьмилетней войны с Ираком. При этом Басидж также продолжала сотрудничать с полицией по выявлению и аресту противников исламской революции. Именно поэтому даже после прекращения огня между Ираном и Ираком в августе 1988 г. аятолла Хомейни поддерживал расширение присутствия Басидж в обществе, и особенно в университетах. В 1988 году он заявил, что сегодня одной из важнейших организаций является Басидж для студентов и исламских ученых. Студенты семинарий и университетов обязаны делать все возможное для защиты ислама и исламской революции в [соответствующих] центрах знаний. Мои дети-басиджи должны охранять неизменный принцип независимости от Востока и Запада в этих двух центрах… Дети Революции обязаны не допустить проникновения американских и советских наемников в эти чувствительные места.
Окончание ирано-иракской войны в августе 1988 г. и смерть аятоллы Хомейни 3 июня 1989 г. стали знаковыми событиями в истории ИРИ. Возвращение большого количества солдат с фронта войны стало большой проблемой для нового правительства Хашеми Рафсанджани, которое должно было удовлетворить материальные потребности не менее 500 тыс. басиджи. Как отмечают Дэниел Байман и его коллеги: