Первые тренерские шаги — постоянные сомнения, раздумья. Закончится тренировка или игра — все садятся в автобус, уезжают. Когда-то и я покидал стадион вместе с ними, после напряжения наступал отдых. Теперь после работы начиналась работа. Один или со Старостиным и своим помощником до бесконечности анализировал только что прошедшую, пережитую игру».
Молодому тренеру пришлось нелегко. В чемпионате 1960 года, проходившем по экспериментальной, двухэтапной формуле, «Спартак» занял только седьмое место. И вчерашнему любимцу спартаковских болельщиков приходилось выслушивать от них нелестные слова. Такова уж специфика тренерского ремесла. Но мудрый Николай Петрович Старостин не стал спешить с выводами, продолжал доверять Симоняну. И в 1961 году «Спартак» поднялся уже на третье место, а в 1962-м одержал блестящую победу в чемпионате. Галимзян Хусаинов, Анатолий Крутиков, Юрий Севидов, Геннадий Логофет — все они появились в «Спартаке» при Симоняне и стали большими игроками.
Были ли у Никиты Павловича конфликты с игроками? Да, были. Например, однажды дали трещину отношения со старым товарищем Игорем Нетто. Тренер и капитан не сошлись во взглядах на игру, и Нетто по старой памяти высказался в резкой форме. Но одно дело, когда капитан отчитывает партнера, и совсем иной поворот, когда игрок перечит тренеру. Встал вопрос об отчислении Нетто.
И тут слово взял Николай Петрович Старостин, который сумел погасить конфликт. Убедил Нетто в том, что он был не прав, и в то же время сохранил для «Спартака» капитана. Эта ссора никак не отразилась на дальнейших отношениях между капитаном и тренером. Симонян всегда поддерживал Нетто, особенно в последние годы жизни Игоря Александровича, когда тот был болен и одинок.
Никита Симонян покинул пост главного тренера «Спартака» в 1965 году. «Красно-белые» не лучшим образом выступили в чемпионатах-64 и -65 — оба раза занимали восьмое место, хотя в 1965-м взяли Кубок. Однако главной причиной ухода Никиты Павловича стала история, приключившаяся с Юрием Севидовым. Молодой и очень талантливый нападающий сбил на машине человека. Тот оказался видным ученым. Дело становилось резонансным, к тому же Юрий в момент аварии был нетрезв. Молодой футболист отправился на несколько лет за решетку, а Симоняна сняли. Дескать, недосмотрел старший тренер. Пришлось покинуть должность начальника команды и Николаю Петровичу.
Но ни у Николая Гуляева, возвращенного на пост наставника «Спартака» в 1966 году, ни у любимца Старостина Сергея Сальникова, заступившего на вахту в 1967-м, толком не получилось. Игра команды заметно поблекла. И летом на свои посты вернулись и Старостин, и Симонян.
Никита Павлович довольно быстро отстроил новый «Спартак». В 1968 году москвичи вернулись на второе место, уступив только киевскому «Динамо». А в 1969-м стали чемпионами страны, прервав трехлетнюю гегемонию киевлян. Тот «Спартак»-69 болельщики «красно-белых» со стажем называют едва ли не командой мечты.
«Неплохо складывалась моя тренерская судьба. В 1969 году „Спартак“ снова выиграл звание чемпиона. Сезон не был для нас столь драматичным, как в 1962 году. Команда выступала намного ровнее. Мы на очко отставали от киевского „Динамо“, и всё должен был решить поединок с киевлянами.
День в Киеве выдался хуже не представить. Дождь со снегом, раскисшее поле. А игроки выступали против нас отменные — Рудаков, Сабо, Мунтян… Запомнился тот матч сольным проходом Осянина, который обыграл трех защитников и великолепно послал мяч в нижний угол ворот. Иосиф Сабо гневно кричал своим партнерам: „Какие же вы защитники! Он одного за другим вас обыгрывал, а вы до штрафной площадки врезать ему не могли, остановить!“ Это мне потом мои ребята рассказывали.
Во второй половине началась страшная двадцатиминутная осада наших ворот. То, что творилось на поле, трудно передать. Наш Анзор Кавазашвили творил чудеса, все мячи брал намертво.
Назначен штрафной. Подошел к мячу Виктор Серебряников, мастер штрафных ударов, и закрутил его в нижний угол ворот. Анзор накрыл мяч в самый последний момент. Мы вздохнули, но не тут-то было. Судья заставил перебить. Какое он усмотрел нарушение, я так и не знаю. Серебряников снова подошел к мячу и закрутил его по дуге уже в противоположный угол ворот, Анзор снова спас команду от гола…»
В 1971 году «Спартак» под руководством Никиты Симоняна выиграл Кубок СССР в тяжелейшем, двухматчевом противостоянии с ростовским СКА.