«Динамо» Бориса Аркадьева отлично начало и чемпионат 1941 года. Но планам команды помешала война. Первенство страны, в котором динамовцы шли на первом месте, не было доиграно. На фронт Якушин не попал: как и большинство динамовских футболистов, он проходил службу в тылу. Но с карьерой игрока пришлось закончить в 30 лет.
«Меня, капитана команды, вызвали к руководству Центрального и Московского городского советов общества „Динамо“ и предложили стать старшим тренером. Аркадьев ушел от нас в ЦДКА, а попытки найти ему подходящую замену кончились неудачей. В чемпионатах Москвы мы выступали не лучшим образом, а в розыгрыше Кубка СССР 1944 года потерпели поражение уже на начальной стадии от „Зенита“ в Ленинграде — 1:3. Порой просто сил не хватало играть по-настоящему — недоедали ведь постоянно! Если мой вес был обычно 80 килограммов, то в ту пору я весил всего 68.
Я долго отнекивался от тренерского поста, говорил, что хочу еще поиграть сезон, тем более что после долгих и тяжелых лет войны в 1945 году возобновлялся чемпионат СССР. Мне, однако, было сказано, что именно поэтому и надо взяться за серьезную подготовку команды: футболисты своей интересной игрой должны доставлять радость людям. Словом, нужно думать уже о возвращении к мирной жизни.
Прямо скажу, это назначение ничуть меня не смутило. С 1937 года, после того как Квашнин ушел от нас в „Спартак“, я заменил его на посту играющего тренера первой хоккейной команды московского „Динамо“».
9 мая 1945 года, в День Победы, начался после четырехлетнего перерыва новый чемпионат СССР. 34-летний Якушин — главный тренер «Динамо». Его бывший наставник и сосед по дому Борис Аркадьев — во главе ЦДКА.
Якушин не боялся экспериментировать с составом, и почти все его новшества оказывались удачными. Крайнего нападающего Константина Бескова он перевел на позицию центрфорварда. В другом фланговом игроке, бомбардире довоенного «Динамо» Михаиле Семичастном, увидел центрального защитника. Доверил место в основе неказистому на вид пареньку Василию Карцеву и был вознагражден за риск — Карцев на долгие годы стал одним из лидеров и бомбардиров столичного клуба. В ворота «Динамо» Михаил Иосифович отрядил самородка Алексея Хомича. Невысокий, склонный к игре на публику, Хомич стал одним из главных героев поездки в Британию. Ключевым игроком середины поля — опять же неожиданно для всех, кроме Якушина, — стал Александр Малявкин.
Кадры в футболе решают многое, но далеко не всё. Якушин применил в «Динамо» новую тактическую схему, остроумно прозванную «организованным беспорядком». Тем самым Михаил Иосифович первым в мировом футболе открыл и использовал на протяжении всего чемпионата 1945 года построение 1+4+2+4. Почти на десять лет раньше бразильцев…
Кадровая политика и тактическая оснащенность динамовской команды подкреплялись серьезной учебно-тренировочной работой. При этом Якушин наряду с коллективными занятиями широко ввел в практику метод специализации. Так, с вратарями работал Евгений Фокин, вратарь первого чемпионского состава «Динамо»; с защитниками — приглашенный на сборы Лев Корчебоков, игрок обороны довоенной команды; с полузащитниками и форвардами — сам Михаил Иосифович. Огромное внимание обращалось на совершенствование индивидуальной техники и групповых действий с мячом и без мяча. Значительное место в учебном плане отводилось атлетической подготовке. В качестве руководителя занятий по легкой атлетике был приглашен заслуженный мастер спорта Александр Пугачевский. Это сейчас никого не удивишь наличием в тренерском штабе специалиста по физподготовке, а в 45-м подобное было невиданным новаторством.
Якушин считал себя тренером-самоучкой. Занимаясь под руководством таких специалистов, как Михаил Козлов, Константин Квашнин, Михаил Товаровский, Борис Аркадьев, он по своему разумению определял, что в их работе будет полезно для его будущей тренерской деятельности, к которой он заранее себя готовил. Делал поначалу заметки, а потом, когда уже вник в дело, просто запоминал всё, что считал необходимым. Анализировал их уроки, упражнения, наблюдал, какой эффект дают, после чего и делал выводы.
Первый послевоенный чемпионат завершился победой «Динамо», опередившего ЦДКА на одно очко. Учитель Аркадьев взял реванш у своего ученика Якушина в финале Кубка страны.