Нетто отыграл еще четыре сезона за «Спартак» и в 1966 году завершил карьеру. Вот как описывала этот момент вдова футболиста актриса Ольга Яковлева: «Вечером, когда Игорь приехал со стадиона после прощального матча, он молча лег на диван и отвернулся к стене. Я пыталась его растормошить, говорила, что жизнь еще не кончилась, но он не реагировал. Почти целый месяц, приходя домой, я заставала его лежащим на диване — тихим, безучастным, сонным. Через много-много лет приятели Игоря рассказали, что он не хотел тогда уходить, надеялся поиграть еще. Но его вынудили».
Очень сложно было Игорю Александровичу привыкнуть к новой жизни. Никакой должности в «Спартаке» ему не предложили, а быть навязчивым капитан не любил. Не хотят — не надо. Зато пригласили на Кипр тренировать местный клуб «Омония». Так Нетто стал первым советским тренером в небольшой средиземноморской стране. И первым нашим специалистом, которого пригласили работать в профессиональную лигу. Правда, уровень футбола в этой лиге был еще тот.
Роман с «Омонией» оказался недолгим — всего четыре месяца. Клуб неважно выступил в чемпионате Кипра, и руководители стали искать нового тренера. Да и сам Игорь Александрович не горел желанием оставаться в Никосии. Хотелось поработать в «Спартаке». А позвали в ярославский «Шинник», причем вторым тренером. Там Игорь Александрович понял, чем класс «А» отличается от класса «Б». И уровень футбола иной, и мастерство футболистов, и отношение к делу. Нетто, привыкший побеждать со «Спартаком», вдруг окунулся в болото, где всех всё устраивало. Мириться с этим человек, «строивший» Симоняна, Паршина, Ильина, Сальникова, возражавший Гуляеву и даже Старостину, не мог. Иначе бы он перестал быть Нетто.
Потом была административная должность в хоккейном «Спартаке». Хотя это был «Спартак», да и хоккей — не чужой для Нетто вид спорта, всё равно это не то, что хотелось бы. Нетто предложили поработать со сборной Ирана. Отчего же не поработать? Там-то Игорь Александрович столкнулся с неожиданными для себя проблемами. Во-первых, переводчик слабо владел русским языком, а в футболе и вовсе ничего не смыслил. Поэтому Нетто не мог донести до игроков свои установки, не было должного контакта с футболистами. Во-вторых, в дела сборной вмешивались все, кому не лень. Мог приехать представитель шахской семьи — просто так погонять мячик. Тренер об этом узнавал последним. Для Игоря Александровича было полной неожиданностью появление на тренировках солидного господина, который лез всюду и требовал исполнения всех своих капризов. Переполнил же чашу терпения советского тренера такой случай. Сборная Ирана прибыла в Гонконг, с которым у СССР не было дипломатических отношений. О визе никто не позаботился. И Нетто просидел несколько часов в аэропорту, пока дипломаты не добились разрешения на его въезд в британскую колонию.
Отработав в Иране год с небольшим, Нетто вернулся в Москву. Наконец-то в «Спартаке» вспомнили о своей легенде, предложили должность тренера в спортивной школе. А в 1974 году Николай Гуляев позвал Игоря Нетто на должность второго тренера «красно-белых». Этот год стал самым успешным в тренерской карьере Игоря Александровича. «Спартак» занял второе место, пропустив вперед только киевское «Динамо». Но в следующем сезоне в силу разных причин спартаковцы отступили со второго места на десятое. Оргвыводы последовали незамедлительно. Тренеры Гуляев и Нетто были отправлены в отставку, а начальник команды Николай Старостин — на пенсию. Для «Спартака» это волевое и непродуманное решение московских профсоюзных боссов обернулось падением в первую лигу. Нетто же вновь оказался не у дел.
Работа с греческим «Панионисом» не принесла Игорю Александровичу ни лавров, ни удовлетворения. Примерно те же проблемы, что и в «Шиннике», — игроки клуба-середняка были довольны своим статусом и не желали перетруждаться. К тому же умерла Юлия Вильгельмовна. Игорь Александрович тяжело переживал потерю матери.
После возвращения из Греции Нетто уже не работал на высшем уровне. Тренировал мальчишек в спартаковской школе — это он нашел Игоря Шалимова. И конечно же ветеранский футбол. Тут Игорь Александрович был в своей стихии — и на поле выходил, пока позволяло здоровье, и тренировал. Правда, жена Нетто, Ольга Михайловна, мягко говоря, не одобряла участие мужа в ветеранских матчах. Не секрет, что такие игры не всегда идут на пользу здоровью, иногда даже опасны для немолодых людей. Так, во время одного из матчей не выдержало сердце олимпийского чемпиона Николая Тищенко, а через несколько лет в раздевалке умер другой герой Мельбурна, Сергей Сальников.