Появление русских на Амуре было встречено маньчжурскими феодалами крайне враждебно, хотя никогда никаких маньчжурских органов власти на Амуре не было. Маньчжуры ограничивались здесь лишь грабительскими набегами и уводом пленников из числа местных жителей.
Перед русскими властями вставала серьёзная задача, как организовать надлежащую оборону Приамурья и противостоять вторжению маньчжурских вооружённых отрядов. Эта задача осложнялась тем, что русские могли противопоставить маньчжурам гораздо меньшие силы. Хабаров, командуя русскими силами на Амуре, дважды сталкивался с нападением превосходящих сил маньчжур, которые в обоих случаях терпели поражение, понеся серьёзные потери.
При огромных просторах Сибири и при своих сравнительно малых силах русские были вынуждены возлагать серьёзные надежды на строительство острогов, крепостей, укреплённых поселений. Их возведению предшествовал тщательный выбор места, которое должно было отвечать целому ряду требований, быть стратегически выгодным, иметь по соседству плодородные земли, которые могли бы обеспечить гарнизон продуктами питания.
Главным материалом для возведения крепостных сооружений было дерево, преимущественно лиственница или ель. Характер сооружения зависел от численности гарнизона. Обычно крепость или острог представляли собой укреплённое поселение, которое окружалось стенами и глубоким рвом. Стены дополнялись башнями с бойницами. Внутри стен возводились казармы, продовольственные склады, хранилища боеприпасов. Крупные поселения имели церковь или часовни.
Для строительства привлекались не только люди из гарнизона, но и местное население, занимавшееся земледелием и охотничьим промыслом и рыболовством. Оно принимало участие в заготовке материала, его доставке к месту строительства, выполнению плотницких и земляных работ. В случае нападения противника за стенами острога или другого оборонительного сооружения укрывались не только бойцы гарнизона, но и окрестные крестьяне, промысловые и посадские люди.
Поскольку с присылкой пополнения из Европейской России возникали сложности, воевода стремился воспользоваться внутренними резервами. На воеводскую службу охотно привлекались не только русские, обосновавшиеся в этих краях, но и представители местных, сибирских народностей. Вот характерный пример. В Забайкалье на русской службе оказался принявший в 1651 году русское подданство тунгусский предводитель Гантимур, а за ним и его сын, выставивший значительный конный отряд.
Во второй половине XVII века участились нападения маньчжур на русские поселения. Циньские власти стремились всеми мерами заставить русских покинуть берега Амура.
Российские власти рассматривали военное столкновение с маньчжурами лишь как крайнюю меру, стараясь найти возможность для мирного урегулирования отношений с противоположной стороной. Для этой цели были предприняты конкретные шаги. В 1654 году из Тобольска было направлено в Китай посольство «для присматривания в торгах и товарах и в прочих тамошних поведениях». В качестве главы посольства выбрали Фёдора Исаковича Байкова. До своего дипломатического назначения он был одним из стольников митрополита Филарета. Почти два года понадобилось посольству, чтоб добраться до Пекина. По-видимому, на последнем участке пути посольство встречало всяческие препятствия и задержки со стороны маньчжурских властей. Однако дипломатическое поручение Байков исполнить оказался не в состоянии. В продолжение всего своего шестимесячного пребывания в китайской столице русское посольство сидело взаперти и занималось лишь бесплодными препирательствами с маньчжурскими властями. Пекинские чиновники досаждали посольству мелочными требованиями и придирками, воспрепятствовав личной встрече посла с богдыханом. Миссия Байкова не дала никаких практических результатов, и он покинул Пекин ни с чем. Возвратившись в Москву, Байков представил подробное описание своего путешествия, содержащее богатые и интересные сведения о Китае. Это описание при крайней недоступности этой страны в XVII веке вызвало большой интерес в Западной Европе, внеся весомый вклад в географическую науку. Близкий к Петру I пытливый амстердамский бургомистр и учёный Витсен смог приобрести копию с донесением Байкова и использовал его в своих сочинениях.
В 1675 году русским правительством была предпринята новая попытка наладить мирные отношения с маньчжурским Китаем. На этот раз главой русского посольства в Китай был назначен Николай Гаврилович Спафарий-Милеску, получивший хорошее западноевропейское образование и служивший молдавскому и валашскому государям, а затем переехавший в Россию и поступивший на русскую дипломатическую службу. В 1675—1678 годах Спафарий, возглавляя русское посольство, пытался добиться той цели, какой не удалось достичь его предшественнику Байкову, т.е. установить с Китаем торговые и дипломатические отношения. Однако Спафарию этой цели достичь не удалось.