Обе делегации руководствовались определёнными инструкциями правительств, которые существенно расходились.
Ф.А. Головин должен был отстаивать государственную границу между обоими государствами по Амуру. Предписание, данное в Москве Головину, гласило, что «кроме оной реки (т.е. Амура) никакая граница не будет крепка, также чтобы подданные обоих государств с одной стороны к другу за реку Амур не переходили, с ясачных людей ясака не собирали и никаких обид им не чинили». Далее предлагалось пограничные ссоры урегулировать, разрушенные острожки восстановить и людьми заселить, как это имело место прежде.
Головин получил указание добиваться этой цели только мирными средствами. Известно, что ещё со времён Пояркова и Хабарова русские поселения и опорные пункты располагались по обоим берегам Амура; чтобы облегчить урегулирование спора, русская делегация предложила противоположной стороне установить границу по Амуру, не претендуя на его правый берег, хотя там никогда не было постоянного маньчжурского населения.
Предписание пекинских властей маньчжурской делегации включало требование передать циньскому Китаю Забайкалье и Приамурье. Претензии распространялись не только на правый, но и на левый берег реки, освоенный русскими людьми. Причём понятие «левый берег» истолковывалось неопределённо, включало земли и по левым амурским притокам, рекам Зее, Бурее и другим. Маньчжуры претендовали на обширные земли от Амура до Станового хребта. Северная граница этой территории была обозначена весьма неопределённо, поскольку, по существу, она была маньчжурам абсолютно неведомой.
Состоялись всего три встречи делегаций. Стороны изложили свои требования.
Причём требования маньчжурской стороны носили самый нелепый и абсурдный характер, поскольку маньчжурская делегация ссылалась на вымышленные источники. Одним из них было заявление, будто бы Амур протекает по территории, принадлежащей маньчжурам со времён Александра Македонского, основателя династии Цинь. Несомненно, такой аргумент не убедил русскую делегацию. Выдвигались маньчжурской стороной и другие территориальные требования, свидетельствовавшие о её полной географической неосведомлённости. Так, в сфере притязаний маньчжур оказались вся Чукотка, северо-восток Якутии. Вероятно, такое нелепое требование было подсказано маньчжурам иезуитами, более осведомлёнными в области географии.
Выдвигая свои нелепые требования, маньчжуры пытались воздействовать на русских, демонстрируя свою силу: крупное маньчжурское войско, развернув знамёна, окружило Нерчинск.
После долгих препирательств между делегациями Головин всё же добился заключения договора с Циньской империей. Договор был подписан 27 августа 1689 года, получив название Нерчинского трактата, или договора. Это был первый договор между Китаем и европейским государством о границе, торговле и другим проблемам международных отношений.
Нерчинский договор дал чёткое определение границы только на её западном, сравнительно небольшом участке в бассейне реки Шилки — по рекам Горбице и Аргуни. Восточная же огромная территория осталась неразграниченной. В старой географической и исторической литературе, в частности в энциклопедии Брокгауза и Эфрона, мы находим упоминание, что восточный участок границы между Россией и Китаем проходил по Становому хребту. Следовательно, вся огромная территория к северу от Амура переходила к маньчжурскому Китаю. Нелепость и неопределённость формулировок договора дали основание сомневаться в их действенности. Как пишет Советская историческая энциклопедия «Граничная линия по Нерчинскому договору была крайне неопределённой (кроме участка по р. Аргунь), так как названия рек и гор, служивших географическими ориентирами к северу от Амура, не были точны и идентичны в русском, латинском и маньчжурском экземплярах договоров, размежевание земель близ Охотского побережья вообще откладывалось до более благоприятного времени...»
Восстановление исторической границы между Россией и Китаем на Дальнем Востоке было сложным историческим процессом, затянувшимся почти на два столетия. Эта проблема была решена в результате мирных дипломатических усилий Российского государства, восстановившего своё право на территории, составлявшие часть России ещё в первой половине XVII века.
Дальнейшую историческую судьбу Приамурского края решил Айгунский договор 16 (28) мая 1858 года, заключённый благодаря усилиям и инициативе талантливого государственного деятеля Николая Николаевича Муравьёва, вошедшего в историю как граф Муравьёв-Амурский. Совместно с маньчжурским главнокомандующим на Амуре И. Шамем граф подписал в городе Айгуни договор. В преамбуле к нему подчёркивалось, что он заключён «по общему согласию, ради большой, вечной взаимной дружбы двух государств для пользы их подданных и для охранения от иностранцев».