Так в Сибири на ханском престоле вновь воцарились представители воинственного клана шейбанидов. Но Кучуму пришлось несколько лет утверждать свою власть, преодолевая сопротивление местных народов, мурз, беков и тарханов, которые не сразу признали его ханом. Но с местной знатью Кучуму удалось в конце концов найти общий язык, так как положение ее при нем нисколько не пострадало. Жизнь же простого народа заметно ухудшилась, так как теперь ясак новому правителю должны были платить не только подчиненные тюркам местные племена вогулов и остяков, но и сами тюркоязычные кочевники. Провозгласив себя ханом всей Сибири, Кучум обложил грабительской данью все местные народы, завоевал угорские племена, жившие в нижнем течении Иртыша и по его притоку Конда, а также тюркоязычное население барабинской степи.
Осложнились отношения Кучума с Русским государством. На первых порах Кучум лавировал, дело не доходило до открытых столкновений — шел обмен посланиями между Иваном IV и Кучумом. Занятый борьбой за упрочение своей власти, Кучум пытался выиграть время и собирал вооруженные силы, не порывая отношений с Москвой. В 1571 году даже отправил в Москву посольство и уплатил подать в прежнем объеме — 1000 соболей. Он подтвердил договор, заключенный ранее Жадигером, принял в Искере царского посла Третьяка Чубукова, обязался платить дань и подписал присяжную грамоту. Но это были обычные хитрости, которым Кучум научился еще в Ногайской Орде, у мангытов, общаясь с местными политиками и усвоив методы степной дипломатии и восточного двора: терпение, коварство, хитрость, жестокость и т. п. Таковы были тогдашние нравы, а хан Кучум был человеком своего времени, и нельзя осуждать его за это. Под стать ему были и его противники: в частности, царь Иван IV потому и стал «Грозным», что в полной мере воплощал в себе аналогичные качества и искусно применял в жизни весь этот набор средств достижения цели.
Некоторые исследователи утверждают, что ханом после свержения тайбугинцев стал отец Кучума престарелый Муртаза. Он еще в молодости был однажды правителем в Чимги-Тура, затем оставил престол и совершил хадж в Мекку, поселившись впоследствии в Бухаре и Самарканде. Однако Муртаза-хан недолго правил Сибирью, примерно в том же 1563 или 1564 году он умер[82]. Потом ханом избрали Кучума. На центральной площади Искера у главной мечети столицы собрались мурзы, беки, огланы. Духовное лицо, сеид, прочитал торжественную хутбу в честь нового хана, Кучума подняли на золотой кошме и осыпали золотыми и серебряными монетами. Он провозгласил себя ханом тюменским и сибирским, чтобы подчеркнуть законность своей власти[83].
К 1572 году позиции Кучума в ханстве значительно упрочились, сопротивление местной кочевой и оседлой знати было сломлено. В это же время Московское государство подверглось нападениям крымского хана Даулет-Керея, который неоднократно поджигал Москву[84]. Неудачно шла и Ливонская война. Все это позволило Кучуму в удобный момент разорвать вассальные отношения с Москвой и стать независимым, самостоятельным ханом всей Сибири.