Весьма интересна работа «Об обозначений вещей», посвященная, в сущности, вопросу о происхождении языка. Имена вещей — футляры (Behaelter), воспроизводящие, повторяющие в своей явленной форме сущность вещи, т.е., говоря лингвистическим языком, раскрывающие их внутреннюю, этимологическую форму. Имена, таким образом, равносущи вещам, полностью замещают их. Рождаясь изнутри друг друга, вещи тут же получают свои имена, становясь именами-вещами и представляя собой процесс, зеркально отражающий сотворение мира Словом Божиим: из Божьего Слова — мир, из вещей мира — слово человеческое (по аналогии с 1-й главой Книги Бытия). Будучи в свою очередь рефлексией того, о чем Бёме писал ранее, эта работа является наиболее глубоким и цельным его сочинением; именно в ней он приближается к раскрытию «Великой тайны», формулируя ее следующим образом: «Итак, следует вдуматься во все вещи, ибо первоисток всех вещей есть единая сущность, оная же есть Тайна всех сущностей и Откровение безосновности в основе» («Also ist allen Dingen nachzusinnen, denn all Dinge urstaenden aus einem einigen Wesen; dasselbe ist ein Mysterium aller Wesen und eine Offenbarung des Ungrundes im Grund»). Это высказывание можно считать выводом из всех рассуждений Бёме, без которых не состоялась бы и немецкая классическая философия.
Последняя работа «немецкого философа» — «Христософия» — завершает его богословскую систему. «Путь ко Христу» вполне согласуется у Бёме со святоотеческой традицией, если не считать очередной рефлексии на тему символико-химического построения мира. Главные идеи христианской нравственности для Бёме суть отказ от себя (от «самости», Selbst), смирение и покаяние. Необходима христианину и Церковь: сначала в собственной душе, затем в соборности всех уверовавших во Христа и только потом уже в храме как непременном следствии и условии закрепления веры. Церковь для Бёме, таким образом, — не просто каменное здание (в которое она отчасти выродилась в современном Бёме догматическом лютеранстве), а духовный собор верующих, чем, собственно, она и является.
Будучи изложена в символико-метафорической форме, «теософия» Бёме есть система поэтическая, «сотворяющая» мир через слово. «Словотворение» состоит у Бёме не только в ономатопоэтической игре, но и в обилии символов, фантастических аллегорий и сравнений, сополагающих земное и небесное, которыми он живописует «открываемое» им мироздание. На фоне этой экстатической фантастики и внутри нее возникают настоящие откровения, на что, например, указывал Н. Бердяев в «Смысле творчества»: «Гениальные, превышающие время антропологические прозрения открываются у величайшего из мистиков-гностиков всех времен — Якова Бёме».
Пример символического (аллегорического) языка, характерного для Бёме, можно привести из пролога к «Авроре», где изображено дерево как аллегория мироздания. Сад, в котором дерево растет, — мир, поле за садом — природа, ствол дерева — звезды, ветви — элементы, фрукты — люди, а сок — Божество. Фантастичность этой аллегории очевидна. Логика в ней произвольная. Важна здесь сама идея всесвязанности — Божественного, природного, элементарного и человеческого.
Влияние Бёме на последующее развитие философии и поэзии было огромным. На русскую религиозную философию он смог повлиять только благодаря тому, что был предшественником философии немецкой. В свое время, т.е. в XVII в., лютеранская Церковь считала его схизматиком, в XVIII в. он продолжал «тайно» жить в сочинениях мистиков — Г. Г. Гамана или Э. Сведенборга. По-настоящему открыли его романтики, в частности Л. Тик; он-то и определил язык Бёме как «ономатопоэтический». «Бёмистской» была натурфилософия Ф. В. Шеллинга, входившего в Романтическую школу, многое заимствовал у Бёме Г. В. Ф. Гегель, восторженно писавший о нем. Весь немецкий романтизм (это величайшее эстетическое явление мировой культуры) представляет собой своеобразное перетолкование философии Бёме (вплоть до развоплощений Э.Т. А. Гофмана). Фантастика романа Новалиса «Генрих фон Офтердинген», связывающая природу с поэзией, «голубой цветок» со «сказкой» через систему мистических символов, в котором участвуют и люди, и цветы, и минералы, — представляет собой «бёмистский» стиль. Изучение тайн природы, которыми заняты у Новалиса «Ученики в Саисе», происходит в духе Якова Бёме, дополняясь мистикой эллинистической: вся элементарно-вещественная множественность видимого мира, все разрозненные фрагменты суть внешне разные, но единосущные явления единой тайны, которую скрывает богиня жизни-смерти Изида: раскрыть эту тайну, приподнять покрывало Изиды — значит узреть духовную суть все того же, рядом с тобой и внутри тебя расположенного мира. «Фауст» И. В. Гёте, созданный в Германии в эпоху романтизма (хотя и написан в рамках другого литературного течения — классицизма), — произведение не столько пантеистскоязыческое, как принято считать, сколько «бёмистское», что дало повод романтикам называть Гёте «веймарским Бёме». В первом монологе, где Фауст восклицает: «Мир духов рядом, дверь не на запоре,/Но сам ты слеп, и все в тебе мертво./Умойся в утренней заре, как в море,/Очнись, вот этот мир, войди в него» (пер. Б. Пастернака) — за идеями Э. Сведенборга явно проступает влияние его предшественника, Я. Бёме. В XX в. М. Хайдеггер, повторяет «ономатопоэтику» Бёме, через соположение созвучных слов пытаясь вернуться к их этимологическому истоку и тем самым — к истоку бытия.