О своем плане Фрунзе доложил Троцкому, который 9 апреля 1919 года прибыл в Самару. Председатель Реввоенсовета и наркомвоенмор республики дал высказаться командующему армией, но своего мнения относительно контрудара не выразил и ночью отбыл в Симбирск, где находился штаб Восточного фронта. Фрунзе туда не пригласили. И тогда он напрямую сообщает Ленину о странном поведении Троцкого, который не утвердил, но и не отверг план контрудара.
Ленин в тот же день просит Троцкого не стеснять инициативы Фрунзе и передать в его распоряжение южную половину Восточного фронта. 10 апреля находившийся в Симбирске Троцкий подписал приказ о назначении Фрунзе командующим Южной группы войск в составе четырех армий. 28 апреля Южная группа перешла в контрнаступление. Это было началом разгрома колчаковщины. Взяты Бугуруслан, Белебей, Уфа. В бою у реки Белой Фрунзе для поднятия духа наступающих сам идет в красноармейской цепи с винтовкой в руках. И только когда осмелели, преодолели замешательство красные роты, командующий поскакал в штаб. В этот момент грохнула сброшенная с аэроплана бомба. Коня под Фрунзе убило наповал, а его самого контузило. Ему подвели другую лошадь, и он, едва придя в себя, продолжал управлять боем.
Колчак уже сдал Фрунзе территорию в 300 верст глубиной, 12 тысяч солдат, 220 офицеров. Оставив на поле боя около 25 тысяч убитыми, адмирал отходил к Уралу. Фрунзе наступал ему на пятки. И тогда, спасая «верховного» от разгрома, активизировались Деникин и Юденич. Троцкий немедленно отобрал у Фрунзе часть войск и перебросил их под Петроград, Царицын и Воронеж. И выдвинул план, который Фрунзе в сердцах назвал странным, нелепым и чудовищным: Колчака дальше не преследовать, остановиться на линии возле Opeнбурга и Уральска и этим ограничить боевые действия на Восточном фронте.
Фрунзе недоумевал: оставить Колчаку мощь уральских заводов? Да он же за зиму залижет раны, оклемается, и весной вновь ждите непрошеных гостей. Ленин поддержал Фрунзе: Урал надо освободить до зимы. Командующим Восточным фронтом был назначен Фрунзе. Это произошло после того, как Ленин и Фрунзе встретились в Кремле с глазу на глаз. Троцкий демонстративно отвернулся от военных дел на востоке.
Первого июля Колчак сдал Пермь, через две недели Екатеринбург. Затем были освобождены Уральск, Троицк, Челябинск. Колчак катился по Великому сибирскому пути навстречу своей гибели.
В анкетах на вопрос об основной профессии Фрунзе указывал: «Столярное и военное дело». За разгром Врангеля его наградили почетным революционным оружием — шашкой с орденом Красного Знамени и надписью: «Народному герою Михаилу Васильевичу Фрунзе. ВЦИК РСФСР» и одновременно причислили к Генеральному штабу. Такого еще не было: не закончив академию, он как бы приобретал высшую военную ученую степень. После окончания Гражданской войны он не мыслил себя вне армии. Был командующим всеми вооруженными силами Украины и Крыма и уполномоченным Реввоенсовета республики, заместителем председателя Реввоенсовета СССР и народного комиссара по военным и морским делам СССР, по совместительству — начальником штаба РККА и начальником Военной академии РККА. В январе 1925 года возглавил Реввоенсовет и Наркомат по военным и морским делам, в феврале этого года стал членом Совета Труда и Обороны СССР.
Как Фрунзе стал военным? Изучая его биографию, видим, что почти весь 1918 год, с марта по декабрь, он занимался преимущественно штатскими делами — возглавлял Иваново-Вознесенский губисполком, губком партии. Правда, некоторое время являлся комиссаром Ярославского военного округа. Но вот уже 26 декабря приказом Реввоенсовета республики назначен командующим 4-й армией Восточного фронта. Сразу. А ведь он даже рядовым солдатом не служил. Да и работа в комиссариате Ярославского военного округа в основном сводилась к формированию частей для фронта, привлечению на сторону революции офицеров и унтер-офицеров старой армии, комплектованию курсов для военного обучения рабочих и крестьян. Маршевые роты уходили на фронт почти ежедневно. Округ был огромный, он включал восемь губерний, от Архангельской до Тверской. Агитационную работу помогал вести Дмитрий Фурманов, помощником по штабу был бывший генерал Федор Новицкий. Федору Федоровичу пришлось сыграть некоторую роль при назначении Фрунзе на должность командарма.