Гром грянул 25 января 1909 года, когда заключенному предъявили обвинительный акт. Назавтра его, как особо важного государственного преступника, судил в закрытом судебном заседании выездной суд Московского военного округа. Приговор был ужасный: смертная казнь через повешение. Приговоренного тут же взяли в кандалы. Почти два с половиной месяца — с 26 января по 6 апреля 1909 года — Фрунзе провел в камере смертников, с минуты на минуту ожидая вызова на казнь.
«Мы, смертники, — вспоминал позднее Фрунзе, — обыкновенно не спали часов до пяти утра, чутко прислушиваясь к каждому шороху после полуночи, то есть в часы, когда обыкновенно брали кого-нибудь и уводили вешать. 6 апреля 1909 года один из защитников, присяжный поверенный, получил около 12 часов ночи из Москвы телеграмму, что приговор отменен и будет назначен пересмотр дела. Он немедленно отправляется в тюрьму, чтобы сообщить мне об этом. Приходит надзиратель в камеру и говорит: «Фрунзе, в контору». Это обычная шаблонная формула, с которой обращались к смертникам, приходя за ними. Конечно, у меня не было ни одной секунды сомнения, что меня ведут на казнь. До того, как позвали, было мучительнее. Теперь сама смерть была уже не так страшна. Я великолепно помню это состояние. Выхожу из камеры, кричу: «Товарищи, прощайте! Меня ведут повесить!». Помню невероятный шум тюрьмы. Приходим в тюремную канцелярию. Вдруг подходит адвокат и говорит: «Михаил Васильевич, приговор отменен». Я думаю: «Зачем человек обманывает меня, чего успокаивает? Я вовсе этого не хочу и нисколько этому не верю». Только когда стали снимать с меня кандалы, я понял, что могу еще жить».
Смертный приговор отменили под давлением общественности. Профессора Петербургского политехнического института подписали протест на имя командующего войсками Московского военного округа против казни подающего надежды способного студента. Писатель В. Г. Короленко тоже подал свой голос в защиту сумасбродного юноши. Немало сделали и оставшиеся на свободе друзья молодого революционера. В результате смертную казнь заменили четырьмя годами каторжных работ. Фрунзе перевели во Владимирскую каторжную тюрьму. Это было в феврале 1910 года. А уже через семь месяцев — новый суд, по вновь открывшимся обстоятельствам, и второй приговор: смертная казнь через повешение. И опять мучительное ожидание конца, чуткое прислушивание к шагам в коридоре перед рассветом. Так продолжалось месяц, пока смертную казнь снова не заменили на этот раз шестью годами каторжных работ. Плюс четыре года предыдущего приговора.
Срок отбывал во Владимирской и Николаевской каторжных тюрьмах. Оттуда пытался совершить побег, но неудачно. Каждый раз в наказание бросали в сырое подземелье, затачивали в каменный мешок, где можно было разве что присесть на корточки. Темнота, молчание, да поблизости шуршание голодных крыс.
Семь с половиной лет, звеня кандалами, пробыл Фрунзе на изнурительных каторжных работах, в тюрьмах. В сентябре 1914 года его загнали на вечное поселение в Сибирь. По пути он организовал голодовку политзаключенных в Иркутской каторжной тюрьме, куда его доставили перед отправкой под конвоем в село Манзурка Верхоленского уезда Иркутской губернии.
В отличие от Сталина, который, по рассказам очевидцев, вел себя в сибирской ссылке весьма пассивно, сторонился товарищей, предпочитал коротать время в одиночестве, был неопрятен в быту (после обеда не мыл посуду: зачем, дашь собаке, она оближет черпак, вот он и чистый), Фрунзе был душой ссыльных. Сталин в своих Курейках замкнулся в себе, жил почти в совершенном одиночестве, прекратил личные отношения с большинством ссыльных и избегал их. Вскоре из-за неуживчивости кавказца туруханский поселок Курейки покинул Свердлов, за ним добились перевода еще два большевика, Голощекин и Медведев. Желчный, грубый, снедаемый честолюбием Сталин был нелегким соседом.
Иное дело Фрунзе. Открытый, искренний, энергичный, он был центром притяжения всех ссыльных. Располагая большим количеством свободного времени, он стремился использовать его в нужных целях. Под видом столярной мастерской, в которой работало десять — двенадцать поселенцев, каждый обучал товарищей тому, в чем он сам был наиболее силен. Фрунзе вел в этой замаскированной «академии» три предмета: английский язык, экономическую статистику и военное дело. Пенилась стружка под рубанками и фуганками, пахло столярным клеем, свежим смолистым деревом. На гладко выструганные доски наносили формулы, уравнения, схемы военных оперативных задач. Как только поблизости появлялось подозрительное лицо, формулы и чертежи под быстрыми взмахами рубанка летели в виде стружек на пол.