Мы уже говорили, что первое крупное выдвижение Фрунзе на пост заместителя председателя Реввоенсовета и наркомвоенмора республики состоялось в марте 1924 года — вместо выбывшего Склянского, приверженца Троцкого. Казалось бы, это кресло как раз для сподвижника Сталина по Царицынскому и другим фронтам: Ворошилов оставался одним из рядовых членов Реввоенсовета. Сталин, очевидно, еще не знает цену военного кругозора Ворошилова, который проявит полную несостоятельность во время зимней войны с Финляндией и будет смещен с поста наркома обороны, а в годы Великой Отечественной войны окажется полностью неспособным к ведению боевых действий в новых условиях и будет занимать незначительные должности в резервных войсках. Однако «подбросить» Троцкому своего человека Сталину пока еще не под силу — его влияние не столь велико. Он вынужден делить его с Каменевым и Зиновьевым. Март 1924 года — это время обострения вражды между Сталиным и Троцким, и Сталин поддерживает предложение Зиновьева о направлении в заместители Троцкому пользовавшегося колоссальным авторитетом в армии и партии Фрунзе.
По свидетельству И. К. Гамбурга, близкого друга Фрунзе, с которым вместе отбывали сибирскую ссылку, это назначение Михаил Васильевич встретил без энтузиазма. Его тревожила совместная работа с Троцким. У них были большие разногласия по партийным и военным вопросам. Михаил Васильевич чувствовал к себе неприязнь со стороны Троцкого. К этому прибавлялось и чувство личной обиды. Еще в 1920 году, когда специальный поезд Фрунзе прибыл из Ташкента в Москву, его сразу же оцепили войска ВЧК. Во всех вагонах, где находились сотрудники командующего фронтом и его охрана, начался обыск. Фрунзе крайне возмутил этот произвол. От заместителя председателя ВЧК Петерса он узнал, что обыск произведен по заявлению Троцкого, который утверждал, будто команда поезда везет с собой золото и ценности, награбленные в Бухаре. При обыске никаких ценностей не нашли. Возмущенный Фрунзе заявил резкий протест против обыска, «после которого его сотрудники чувствуют себя морально оскорбленными». Вопрос рассматривался Оргбюро ЦК ВКП(б). О результатах докладывали Дзержинский и Менжинский. Закончилось тем, что Оргбюро уполномочило Фрунзе выразить его сотрудникам доверие от имени ЦК.
Кто знает, может, эту давнишнюю историю и вспомнил ничего не забывающий генсек, когда обсуждался вопрос, кого предложить заместителем к Троцкому. «Звездный» час Ворошилова еще не пробил. Во всяком случае, дальновидные люди начали догадываться, что военной карьере Троцкого пришел конец: не могли ужиться под одной крышей в особняке на Знаменке два независимо мыслящих человека.
Они были антиподами в отношении к военному делу. Для Троцкого оно было не более чем ремесло, и он утверждал, что к нему нелепо применять марксистский диалектический метод, что нет, и не может быть военной науки и военного искусства. Фрунзе убеждал, что Красная Армия — это армия нового типа, она не какая-то вооруженная каста захватчиков или колонизаторов, не оружие генералитета и не просто отрасль хозяйства. Красная Армия — детище революционного народа, она его опора, она его надежда. Вся народная энергия должна подпирать армию. И для создания и оснащения такой армии надо иметь четкую военную политику и строить армию, как и всю жизнь в стране, по определенному государственному плану. «Все военное дело, — говорил Фрунзе, — вплоть до его учения, на основе которого строятся вооруженные силы, является отражением его жизни и, в конечном счете, его экономического опыта, как первоисточника всех сил и ресурсов». Военно-теоретические труды Фрунзе «Фронт и тыл в войне будущего», «Ленин и Красная Армия», «Кадровая армия и милиция» не потеряли своего значения и в наши дни.
После смерти Ленина Сталин усилил работу по ограничению влияния Троцкого. Кроме публичных выступлений, направленных против Льва Давидовича, Сталин приложил руку и к тому, чтобы имя Троцкого реже встречалось в апологическом духе в печати, устной политической агитации. Сталину однажды доложили, что в программах политучебы для красноармейцев Троцкий по-прежнему именуется «вождем РККА». 10 декабря 1924 года последовала записка Фрунзе с предложением как можно быстрее пересмотреть эти программы. В ответной записке Фрунзе с приложенным рапортом начальника агитпропа политуправления РВС говорится, что «Троцкий в политучебе больше не фигурирует как вождь Красной Армии». Став председателем Реввоенсовета в январе 1925 года, Фрунзе приступил к военной реформе, первым шагом которой была реорганизация центрального военного аппарата, неимоверно разбухшего в годы Гражданской войны в основном за счет сторонников Троцкого. Армия, насчитывавшая под ружьем более пяти миллионов человек, сократилась в восемь раз. Соответственно уменьшилась и численность Главного штаба РККА, засоренного троцкистами.