С этой точки зрения Дарвин приписывает происхождение отличительных признаков рас человека влиянию полового отбора.
Действие естественного отбора может изменяться у общественных животных в том отношении, что им будут подбираться признаки, полезные для большинства членов общины, несмотря на то, что они индифферентны или даже вредны для индивидуальной жизни отдельной особи. Сюда относятся случаи приобретенного бесплодия и образования некоторых органов у работниц пчел, муравьев и термитов. У некоторых муравьев между работницами есть особи, тело которых наполняется сладким медообразным веществом, вследствие чего туловище их до того увеличивается, что передвижение становится невозможным. Такие особи играют роль кладовых, которые при надобности, прогрызаются и опорожняются молодым поколением.
Этот случай приводится в доказательство того, что естественный отбор в состоянии подбирать даже признаки, вредные для особи, но, конечно, только в том случае, если они приносят пользу целой общине.
С точки зрения Дарвина, могут быть случаи изменения органов, не объяснимые прямым действием естественного и полового отбора. В этом отношении на первый план должны быть поставлены явления соотношения частей, о которых упоминают при указании на изменение домашних животных. В силу закона соотношения некоторые органы могут находиться в такой зависимости друг от друга, что если один из них изменится под влиянием естественного отбора, то другой в свою очередь изменится, хотя бы это и не приносило непосредственной выгоды организму. Так, например, изменение передних конечностей может по закону соотношения влиять на задние, и наоборот. Подобным же образом находятся во взаимной зависимости различные придатки кожи, например волосы, рога, копыта, перья и пр. Было замечено, что увеличение числа рогов у баранов находиться в соотношении с грубостью шерсти, что неполное развитие волос связано с неполнозубостью.
Немаловажное значение в деле изменения организации Дарвин приписывает употреблению и неупотреблению органов. Этот фактор, составивший один из основных принципов теории Ламарка, отодвинут Дарвином на несравненно более дальний план и оставлен им для объяснения некоторых случаев, к которым не может быть приложена теория отбора. Исходным пунктом служит наблюдение, что употребление увеличивает, а неупотребление уменьшает данный орган (основной принцип всякой гимнастики), а также то, что результаты эти способны к наследственной передаче. Какой-либо орган, сделавшись ненужным для данного существа, атрофируется от неупотребления в течение ряда поколений. С этой точки зрения объясняется слепота многих подземных животных, у которых существуют глаза, недоразвитые и неспособные видеть. К этой же категории явлений относится отсутствие способности летать у некоторых птиц и насекомых, приобретших это свойство постепенно, вследствие продолжительного неупотребления.
Некоторую роль в изменении организмов и образовании видов Дарвин приписывает непосредственному влиянию внешних условий. В этом отношении он резко расходится со многими из прежних теорий трансформизма, которые ставили этот фактор изменения на первый план. В пользу своего воззрения Дарвин ссылается на случаи нахождения многих видов и даже разновидностей при различных внешних условиях, например, в различном климате.
С помощью своей теории Дарвин не только объясняет целый ряд разнородных явлений, но и устраняет возражения, которые были сделаны против попытки объяснить образование видов путем преемственного происхождения. Анализ фактов убедил его в том, что принятое школою строгое отделение понятия о виде от разновидности не соответствует действительности, что, напротив, на последнюю нужно смотреть только как на начальную ступень вида и что все отличия между обоими имеют только относительное, количественное значение. Отсутствие переходных ступеней между видами, на которое во все времена напирали противники трансформизма, объясняется, по мнению Дарвина, быстрым вымиранием их, так как они всегда оказываются более слабыми в борьбе за существование, нежели более резко отличающиеся формы. Отсутствие же переходных форм между ископаемыми остатками не может иметь силы доказательства вследствие неполноты геологических документов.
Прочность некоторых форм, например, тождество видов, изображенных на древнеегипетских памятниках, с ныне живущими, факт, которому придавал такое важное значение Кювье и вся школа противников трансформизма, теряет в глазах Дарвина всякое значение. Естественный отбор отнюдь не имеет стремления во что бы то ни стало изменять виды: он нередко влияет прямо противоположным образом, устраняя всякие изменения и сохраняя основную форму. Следовательно, нет ничего удивительного не только в том, что некоторые животные не изменились в течение нескольких немногих тысячелетий, ни даже и в том, что многие формы сохранились без всяких перемен от эпохи, представляющей появление человека и даже более древней.