Тем временем весной 1647 года, пользуясь отсутствием Богдана в «родных Пенатах», чигиринский подстароста Даниэль Чаплинский, у которого с соседом была давняя личная неприязнь, напал на его хутор, разграбил его, увёз его новую «гражданскую» жену по имени Гелена, с которой тот стал жить после смерти первой жены, обвенчался с ней по католическому обряду и высек, по ряду свидетельств, чуть ли не до смерти его младшего сына Остапа, которому едва исполнилось десять лет.
Поначалу Хмельницкий стал искать правды и защиты в коронном суде, однако, не найдя их, получив в качестве возмещения ущерба всего 100 злотых, он обратился к королю Владиславу IV, который якобы заявил ему, что казаки, «владея саблею за поясом», сами вправе защищать свои законные права с оружием в руках. Возвратившись из Варшавы, он решил прибегнуть к «мудрому» совету польского короля и, опираясь на его же Привилей, начал готовить новое восстание запорожских казаков. Правда, вскоре некто Роман Пешта донёс о замыслах Богдана Хмельницкого чигиринскому старосте Александру Конецпольскому, который приказал арестовать его. Однако при поддержке своих сослуживцев по Чигиринскому полку, в том числе полковника Станислава Кричевского и есаула Кондрата Бурляя, которые сами были вовлечены в подготовку нового казачьего бунта, Б.Хмельницкий бежал из заточения и в начале февраля 1648 года во главе небольшого отряда казаков прибыл на остров Токмаковку [11]. Собрав вокруг себя местных запорожцев, он двинулся на остров Хортицу, в центр Запорожской Сечи, расположенную на Никитском Рогу. Здесь отряд Б.Хмельницкого разбил польский гарнизон и принудил к бегству черкасского полковника Станислава Юрского, казаки которого сразу влились в мятежный отряд реестровых и запорожских казаков, заявив, что «воювати козаками проти козаків — це все одно, що вовком орати».
В начале апреля 1648 года, вступив в тайные переговоры с крымским ханом Исламом III Гиреем (1644–1654), Б.Хмельницкий усилиями своего кума К.Бурляя, которому, по словам Григория Грабянки, Б.Хмельницкий «доверял более всех» [12], добился от него отправки в помощь запорожцам крупного отряда перекопского мурзы Тугай-бея, убедив того, что Варшава готовит войну с Бахчисараем [13]. Этот очень неожиданный внешнеполитический успех сыграл на руку Б.Хмельницкому, которого по возвращении в Сечь сразу избрали новым войсковым гетманом Запорожского войска. А уже в конце апреля 1648 года 12-тысячное крымско-казацкое войско, обойдя крепость Кодак, вышло из Сечи и направилось на встречу кварцярному отряду Стефана Потоцкого, который выступил с Крылова навстречу казакам. Причём оба польных гетмана — коронный Николай Потоцкий и полевой Мартин Калиновский — остались в своём лагере, расположенном между Черкассами и Корсунем, поджидая подкрепления.
Тем временем Богдан Хмельницкий направился к устью реки Тясмина и встал лагерем на её притоке — Жёлтых Водах. Именно здесь 5-тысячный отряд под начальством Стефана Потоцкого был полностью разбит, а его юный предводитель — сын Николая Потоцкого — получил смертельное ранение и скончался. Затем крымско-казацкая армия двинулась к Корсуню, где в середине мая 1648 года на Богуславском шляхе произошла новая битва, которая окончилась гибелью почти всей 20-тысячной Кварцяной армии и пленением Николая Потоцкого и Мартина Калиновского, которых в виде дара «преподнесли» Тугай-бею.
Поражение у Жёлтых Вод удивительно совпало с неожиданной кончиной Владислава IV, вызвавшей ропот среди польской шляхты и магнатов. Причём, что интересно, по данным ряда историков, в частности Г.А.Санина, уже в июне 1648 года Б.Хмельницкий послал в Москву совсем ещё юному царю Алексею Михайловичу личное послание с необычным предложением выставить свою кандидатуру на выборы нового польского короля. И, хотя оно, разумеется, осталось без ответа, был важен сам факт установления прямых контактов запорожского гетмана с Москвой [14].
К концу лета на Волыни было собрано 40-тысячное посполитое рушение в составе польской шляхты и жолнеров, которое ввиду пленения обоих гетманов возглавили три коронных комиссара — Владислав Заславский, Александр Конецпольский и Николай Остророг, которых сам Богдан Хмельницкий в шутку называл «перина, дитина и латына». В середине сентября 1648 года обе армии встретились у села Пилявцы возле Староконстантинова, где на берегу речушки Иква крымско-казацкое войско вновь одержало блестящую победу и повергло неприятеля в паническое бегство, оставившего на поле брани 90 пушек, тонны пороха и огромные трофеи, стоимость которых составляла не менее 7 млн золотых.