Однако с этой стратегией были связаны определенные проблемы. Во-первых, в ходе ведения войн уже давно стерлись различия между комбатантами и некомбатантами. Во Второй мировой войне погибло не меньше гражданских лиц, чем военнослужащих, а в ядерной войне ситуация была бы гораздо хуже. По оценкам специалистов по планированию Макнамары, в таком конфликте погибнет 10 млн. американцев, даже если объектами нападения будут только военные силы и объекты, а не гражданское население. Во-вторых, не было никакой уверенности в том, что такое точное прицеливание будет возможным. Большинство бомб, сброшенных во время Второй мировой войны, не достигли цели, а системы наведения ракет, особенно советских, были еще примитивны. Кроме того, большинство военных объектов в США, а также в Советском Союзе и Европе располагались в городах и рядом с ними, а не в стороне от них. Наконец, доктрина Макнамары "без городов" сработает только в том случае, если русские будут следовать "правилам" и сами не будут наносить удары по городам. Но для этого необходимо, чтобы Хрущев думал так же, как Макнамара, а это крайне маловероятно.
Кубинский ракетный кризис подтвердил, насколько сложной будет эта задача: один из уроков, который он преподнес, заключался в том, что русские и американцы не мыслили одинаково при его подготовке. То, что казалось "рациональным" поведением в Москве, оказалось опасно "иррациональным" поведением в Вашингтоне, и наоборот. Если общая рациональность может быть столь труднодостижимой в мирное время, то каковы перспективы ее достижения в хаосе ядерной войны? Сам Макнамара вспоминает, что, наблюдая за заходом солнца в самый критический день кризиса, он задавался вопросом, выживет ли он, чтобы увидеть это снова.Он выжил, но его убежденность в том, что ядерная война может быть ограниченной, контролируемой и рациональной, не угасла.
От развязывания войны осенью 1962 г. обе стороны удерживала иррациональность, а именно - абсолютный террор. Именно это предвидел Черчилль, когда увидел надежду в "равенстве уничтожения". Именно это понимал Эйзенхауэр, когда исключил ведение ограниченных ядерных войн: его стратегия не оставляла иного выбора, кроме гарантии полного уничтожения, исходя из того, что именно это, а не попытки организовать уровни уничтожения в ходе войны, позволит предотвратить возникновение любой войны вообще.
Макнамара, что характерно, трансформировал эту опору на иррациональность в новый вид рациональности после Кубинского ракетного кризиса. Теперь он отказался от своей прежней идеи нанесения ударов только по военным объектам: вместо этого каждая сторона должна нанести удары по городам другой стороны с целью нанесения максимального количества жертв. Новая стратегия стала известна под названием "Взаимное гарантированное уничтожение" - ее аббревиатура, с нечестивой уместностью, стала MAD. Предполагалось, что если никто не может быть уверен в том, что выживет в ядерной войне, то ее и не будет. Однако это было всего лишь повторением того, к чему Эйзенхауэр пришел уже давно: появление термоядерного оружия означало, что война больше не может быть инструментом государственного управления, а для выживания государств необходимо, чтобы войны не было вообще.
После 1962 г. участились случаи ядерной тревоги и даже предупреждений, но больше не было ядерных кризисов, которые доминировали в отношениях сверхдержав с конца 1940-х гг. Вместо этого стал появляться ряд советско-американских соглашений, сначала негласных, а затем и явных, признающих опасность, которую представляет ядерное оружие как для капиталистического, так и для коммунистического мира. Они включали в себя неписаное соглашение о том, что обе стороны будут терпимо относиться к спутниковой разведке, что подтвердило еще одну мысль Эйзенхауэра: научившись жить в условиях прозрачности - "открытого неба" - США и Советский Союз смогут свести к минимуму возможность внезапного нападения.
Кроме того, пришло осознание того, что настало время если не международного контроля над ядерным оружием, то, по крайней мере, соглашений о том, как им управлять. Первое такое соглашение было заключено в 1963 году в рамках Договора об ограниченном запрещении ядерных испытаний, отменившего ядерные испытания в атмосфере. Затем, в 1968 г., был подписан Договор о нераспространении ядерного оружия, обязывающий страны, обладающие ядерным оружием, не помогать другим государствам в его приобретении. А в 1972 году Временное соглашение об ограничении стратегических вооружений ограничило количество баллистических ракет наземного и морского базирования, разрешенных каждой из сторон, причем проверка соблюдения этого требования должна была осуществляться с помощью разведывательных спутников.