На заседании ПКК ЗП в Москве в июне 1990 года венгерский премьер-министр Йожеф Анталл предложил радикальную реструктуризацию организации; он утверждал, что, поскольку военная организация ЗП больше не нужна в новой международной ситуации, она должна быть расформирована к концу 1991 года.Инициатором преобразования ЗП выступил сам Горбачев в своей вступительной речи, а представители Чехословакии выдвинули на этой сессии конкретные письменные предложения по радикальному демократическому преобразованию военной структуры, включая упразднение штаба объединенных вооруженных сил.
Парадоксально, но сама идея полной ликвидации ЗП была высказана самим советским лидером, хотя и в качестве риторического вопроса: "В какой мере структуры и формы нашего союза соответствуют современным вызовам и в каком смысле они должны быть перестроены? Возможно, настало время в одностороннем порядке объявить о роспуске Варшавского договора или, по крайней мере, его военной организации. Это вопросы, на которые мы должны найти ответы или по которым мы должны хотя бы обменяться мнениями". Горбачев сразу же решительно ответил на свой собственный риторический вопрос, подчеркнув, что в переговорах с Западом в переходный период сохранение ЗП будет играть ключевую роль. А чтобы убедить тех, кто может иметь другое мнение, ссылаясь на свои личные переговоры, он добавил, что все лидеры западных держав сами придерживаются точно такого же мнения. В этом контексте, однако, было очень важно, что премьер-министр одной из стран-членов выступил с предложением о ликвидации военной организации ЗП с указанием конкретных сроков в недалеком будущем. Чтобы продемонстрировать серьезность позиции Венгрии, в конце июня 1990 года парламент принял резолюцию, призывающую правительство начать переговоры о выходе страны из ЗП.
Планы по преобразованию организации должны были разрабатываться временным Комитетом представителей правительств, созданным по предложению Венгрии на заседании ПКК в Москве. Если на первом заседании комитета, состоявшемся в Праге в июле 1990 года, планы преобразований выглядели довольно умеренно, то на втором заседании, состоявшемся в Софии в сентябре, произошел настоящий прорыв. Это произошло благодаря венгерской инициативе: в августе в Будапеште состоялись секретные венгерско-чехословацко-польские переговоры на уровне послов, на которых стороны согласовали радикальный план преобразований. Это был небольшой переворот, поскольку советская делегация в Софии оказалась совершенно не готова к скоординированным действиям "тройки" и еще больше была удивлена их направленностью. Они были готовы обсуждать довольно умеренные планы, намеченные в Праге, но столкнулись с тем, что чехословацкие представители теперь отказались от всех своих предыдущих предложений.
Более того, выяснилось, что в Москве нет единой позиции по поводу будущего ЗП, поэтому Советы оказались в сложном положении на переговорах. В конце концов, они были вынуждены пойти на уступки, и было принято решение о том, что военная организация ЗП должна быть ликвидирована к 1 июля 1991 года. По предложению венгров было решено сохранить это решение в тайне. Как выяснилось, секретность удалось сохранить настолько хорошо, что до сих пор распространено мнение, что решение о роспуске военной структуры было принято на встрече министров иностранных дел и обороны ЗП в Будапеште в феврале 1991 года. В Софии в сентябре 1990 года венгерский представитель подчеркнул важность ликвидации Варшавского договора в целом, однако в то время эта позиция никем не была поддержана. Неофициально польские и чехословацкие эксперты сказали своему венгерскому коллеге, что они по-прежнему считают важным выживание модифицированного, "слабого" Варшавского договора.
В последующие месяцы главной целью "тройки" было кодифицировать решение в Софии, что первоначально должно было произойти на заседании ПКК WP, запланированном в Будапеште в ноябре. Однако Советы пытались саботировать выполнение решения, и поэтому заседание ПКК было отложено. Тем временем венгерское правительство предприняло дополнительные усилия, чтобы убедить двух своих партнеров в необходимости расформирования военной структуры ЗП, и так на встрече СБСЕ в Париже в ноябре 1990 года родилась инициатива о Вишеградском сотрудничестве. (Аналогичная неудачная попытка была предпринята 8 апреля 1990 года, когда по инициативе Чехословакии в Братиславе состоялась встреча президента Польши Войцеха Ярузельского, президента Чехословакии Вацлава Гавела и временного президента Венгрии Матьяша Шерёша).