Философия Марти глубоко оптимистична по своему содержанию. «Такие чудеса творят люди, — восклицает Марти, — что Прометей сможет разорвать свои цепи и задушить орла, а замечательная лестница Иакова перестанет быть мечтой!» (17, стр. 1048). Прославляя разум и науку, Марти заявляет: «Мыслить — значит служить человечеству», «Созидать — вот лозунг нового поколения» (11, стр. 171, 173). Мыслить и созидать — таков его вывод.
Большинство естествоиспытателей, с именем которых были связаны самые выдающиеся научные достижения прошлого века и открытиями которых живо интересуется Марти (Дарвин, Гекели, Геккель и др.), стояло на позициях стихийного естественнонаучного материализма. Понятно, что взгляды этих естествоиспытателей оказали положительное влияние и на Марти.
Марти был в курсе всех крупных событий в научном мире. В статье «Новые книги» он солидаризируется с передовыми научными учениями того времени о происхождении Земли, человека и жизни. В этой статье, опираясь на учения Лайеля и Дарвина, Марти писал: «Мир не является серией этапов, разделенных катастрофами, а представляет собой грандиозный продукт непрерывной единой деятельности. Он стареет, улучшаясь, но естественно и закономерно… Человек есть не надменное центральное существо, находящееся в центре мира, не индивидуум исключительного типа, вокруг которого вращаются небо и Земля, животные и звезды, а известная вершина великого зоологического ряда… Умерли теория катастроф — пустая концепция Кювье — и антропоцентрическая теория, претенциозная концепция систематической спиритуалистской школы» (16, стр. 924–925).
«Два важных вопроса привлекают ныне к себе внимание философов, — писал Марти, — познание Земли и познание жизни» (16, стр. 924).
Вместе с естествоиспытателями Марти рассматривал происхождение Земли и появление на ней человека как естественный процесс. «Как только на Земле создались условия, в которых мог бы появиться человек, человек появился, и в любом месте, где Земля могла обеспечить ему существование» (16, стр. 1045).
Марти прекрасно сознавал всю сложность и другой проблемы — происхождения жизни, сознания, которая имела не только естественнонаучное, но и философское значение. Он отмечал, что «нынешняя протоплазма представляет такую же тайну, как и примитивная первоначальная материальная частица в эпоху Демокрита и Эпикура» (60, стр. 221). Однако, глубоко веря в силу человеческого разума, Марти убежден, что проблема происхождения жизни будет решена, что истина, несмотря ни на что, будет открыта.
Стремясь найти правильный методологический подход к решению этой проблемы, Марти подверг резкой критике, с одной стороны, вульгарный материализм, с другой — спиритуализм. Он критикует вульгарных материалистов, которые полагают, будто «такие прекрасные вещи, как чувства, и такие возвышенные, как мысли, рождаются подобно плесени на мясе…» (16, стр. 943). Марти с удовлетворением отмечал: «Уже проходит детский период современной науки, каким был бюхнеризм…» (16, стр. 1899). Отвергая взгляды вульгарных материалистов, Марти вместе с тем выражал свои симпатии подлинно материалистической концепции происхождения жизни. Он солидаризуется с мнением большинства биологов, что «жизнь возникла из примитивной клетки», считая его равносильным утверждению о том, что «мир не был сотворен, а является таковым в результате непрерывного развития» (17, стр. 1169). Нет никакой опасности в том, что «многие биологи рассматривают дух как порождение материи» (16, стр. 943).
Одновременно Марти отвергает и попытки спиритуалистов положить в основу всего сущего духовную субстанцию. «Влиянием культуры на человеческий ум объясняется стремление последнего рассматривать действительное как явление, а не как субстанцию, как случайное и следствие, а дух как абсолютное бытие» (17, стр. 1684).
В статье «Новая и любопытная книга» (1884) Марти с позиций естественнонаучного материализма подверг резкой критике спиритуалистские рассуждения Фрэнсиса Солтена, призванные доказать абсолютную наследственную предопределенность психики человека. Последний заявлял: «Дайте мне три поколения родственников, и я вам предскажу все духовные качества их потомков» (16, стр. 958). По мнению Марти, такой «теорией» наследственности Солтен преследует цель заставить «материалистическую философию согласиться с тем, что дух появляется на земле с заранее намеченным и сформировавшимся характером» и «даже признать в той или иной форме истинность предсуществования, что в свою очередь ведет к утверждению необходимости и разумности послесуществования» (16, стр. 959).