Вкусив иной градус жизни, в Лебедяни Замятин, конечно же, усидеть уже не мог и летом того же года нелегально вернулся в столицу, в центр бурлящих событий. В конце концов, начатое образование надо было заканчивать. Вот как сам Евгений Иванович описывает тот период:
Повестка: явиться в участок. В участке – зелёный листок: о розыске «студента университета Евгения Ивановича Замятина», на предмет высылки из Петербурга. Честно заявляю, что в университете никогда не был и что в листке, очевидно, ошибка. Помню нос у пристава – крючком, знаком вопроса: «Гм… Придётся навести справки». Тем временем я переселяюсь в другой район: там через полгода – снова повестка, зелёный листок, «студент университета», знак вопроса и справки. Так – пять лет, до 1911 года, когда наконец ошибка в зелёном листке была исправлена и меня выдворили из Петербурга.
Словом, пока полиция искала «студента университета Евгения Ивановича Замятина», дабы выдворить его из столицы, студент Политехнического института Евгений Иванович Замятин продолжал прилежно учиться, в 1908-м окончил кораблестроительный факультет, получил специальность морского инженера и был оставлен стипендиатом при кафедре корабельной архитектуры, где три года, не расставаясь с логарифмической линейкой, чертил чертежи, совершал рабочие поездки по России (Царицын, Астрахань, Каспийское море, Архангельск, Кавказ, Крым) и писал статьи в журналы «Теплоход», «Русское судоходство» и «Известия Политехнического института».
К тому времени относятся и его первые литературные опыты (если не считать стихов, написанных им в одиночной камере, о чём Замятин вскользь упоминает). Здесь, как метафору, можно вспомнить детский эксперимент Замятина с бешеной собакой: «сбешусь или нет?» Гоголь в четыре года стал для него чем-то вроде такой бешеной собаки – только латентный период болезни был дольше, и в итоге Замятин «сбесился». Осенью 1908 года в журнале «Образование» вышел рассказ Евгения Замятина «Один». О нём автор через двадцать лет отозвался следующим образом: «Когда я встречаюсь сейчас с людьми, которые читали этот рассказ, мне так же неловко, как при встречах с одной моей тетушкой, у которой я, двухлетний, однажды публично промочил платье». Гоголь, как мы помним, уязвленный отзывами о своем «Гансе Кюхельгартене», скупил и уничтожил все остатки тиража этой весьма своеобразной поэмы.
После высылки в 1911 году из Петербурга Замятин, обосновавшийся сначала в Сестрорецке, потом в Лахте, так описывал своё состояние той поры: «…высылка, тяжёлая болезнь, нервы перетерлись, оборвались». Болезнь эта – стенокардия, называвшаяся в те времена «грудной жабой». Кроме того, впоследствии в числе своих недугов Замятин упоминает хронический колит – тоже крайне неприятная для нервов штука.
В Лахте Замятин пишет «Уездное» – богатую по краскам и мрачную по духу повесть о той самой родной, дремотной, закоснелой провинции, которую он познал в Лебедяни своего детства. «Уездное» опубликовал журнал «Заветы», редактором которого был Иванов-Разумник, а в числе авторов – Ремизов и Пришвин. Эта повесть принесла Замятину литературный успех и внимание критики, лестно сравнивавшей «Уездное» с «Мелким бесом» Фёдора Сологуба и узревшей там орнаменталистскую манеру Ремизова (Сологуб, прочитав «Уездное», спросил у Ремизова, зачем тот взял себе псевдоним Замятин). Повесть заметил и Горький, который семь лет спустя, когда у Замятина в багаже уже были и «На куличках», и «Алатырь», отозвался об авторе: «Он хочет писать как европеец, изящно, остро, со скептической усмешкой, но, пока, не написал ничего лучше „Уездного“».
В 1913 году по случаю 300-летия дома Романовых Замятин был амнистирован, получил право проживать в Петербурге, но в связи с болезнью по рекомендации врачей уехал в Николаев: по его словам, он «построил там несколько землечерпалок, несколько рассказов и сатирическую повесть „На куличках“». Шутливая параллель между художественным текстом и механической конструкцией в действительности, пожалуй, вовсе и не шутка, тот же Ремизов говорил об особенностях замятинского текста следующее: «Только Андрей Белый так сознательно строил свою прозу, а положил „начал“ Гоголь…» Повесть «На куличках», живописующая будни дальневосточного гарнизона и полная человекоподобных зоологических персонажей, была расценена цензурой как политический памфлет – номер журнала «Заветы» с повестью был конфискован, а редакция и автор привлечены к суду, который из-за грянувшей Первой мировой тянулся долго, но в итоге их оправдал. Однако для публики нет ничего слаще запрещённого чтения, поэтому всероссийская слава Замятину после ареста тиража «Заветов» была теперь гарантирована.