17 марта был выписан ордер на арест Беранже. Он был взят под стражу 8 апреля в Лейте, расположенном вблизи Эдинбурга.
Кохрейн попал под подозрение в совершении преступления по двум причинам: во-первых, он встречался с Беранже 21 февраля, во-вторых, он выиграл от скачка цен на бирже. Кохрейн инвестировал свои призовые деньги в ценные бумаги за несколько недель до скандала. Он дал своему биржевому брокеру Ричарду Батту задание продать бумаги Омниум, если цена увеличится на 1%. Эти бумаги были куплены по 28,25 и проданы по 29,5. Будь они проданы на пике цены (32,5), прибыль была бы большей. Кохрейн знал Батта в течение нескольких лет и впоследствии считал его невиновным в афере 21 февраля. Батт служил клерком на верфи в Портсмуте до того, как стал биржевым брокером. Он был преуспевающим дельцом и не имел долгов, однако его большой выигрыш во время скандальных событий стал основанием для подозрений в мошенничестве.
Над Кохрейном продолжали сгущаться тучи. В момент ареста Беранже имел при себе банкноты, выпущенные на имя Кохрейна. Лодочник Джордж Оделл выловил в Темзе сверток с разрезанным на куски красным военным мундиром; там же находились звезда и серебряный герб. Портной Соломон признал, что он продал мундир человеку по имени Беранже за три дня до рокового события.
Адмиралтейство следило за ходом расследования. Когда комитет биржи заявил о подозрениях в отношении Кохрейна, секретарь Адмиралтейства Джон Уилсон Крокер написал письмо подозреваемому с требованием объяснений. 22 марта Кохрейн письменно ответил на требование и приложил показания слуг, данные под присягой. Адмиралтейство уже назначило другого офицера исполняющим обязанности капитана корабля Тоннами вместо Кохрейна, и 7 апреля судно вышло в море.
У Кохрейна были весомые причины для беспокойства. В это время серьезно заболела Кэт, которая должна была вскоре родить ребенка. Она выдержала все испытания и 18 апреля родила мальчика, которому при крещении дали имя Томас Барнс Кохрейн,
Через два дня после рождения мальчика газеты объявили, что Беранже, лорд Кохрейн, Ричард Батт, Эндрю Кохрейн-Джонстон и еще четыре человека обвиняются в организации заговора; нарушители закона распространили лживое известие о смерти Наполеона Бонапарта, что спровоцировало рост цен на бумаги правительственных фондов.
Председателем суда, которому предстояло рассмотреть необычное дело, был лорд Элленборо — маститый юрист, видный деятель партии тори, член парламента и спикер палаты лордов. Он был врагом политиков радикального толка и отправил в тюрьму Коббета и Генри Ханта. Процессы против них были политически мотивированными.
Одно обстоятельство приобретало колоссальное значение для исхода дела в отношении Томаса Кохрейна. Должен ли он стоять в одном ряду с другими подозреваемыми в совершении преступления или его дело следовало вынести в отдельное производство? Есть свидетельство, что члены суда проявляли волнение по этому поводу. Кохрейн не дистанцировался от других подозреваемых и подставил себя под удар.
Процесс начался в 9 часов утра 8 июня. Общественный интерес к событию был очень большим, и зрители заполнили зал заседания суда.
Кохрейн не присутствовал на процессе. Он проводил время на заводе, который изготовлял его лампу.
Обвинитель изложил факты, описав события 21 февраля. Свидетелями выступили владелец таверны в Дувре, лодочник, выловивший сверток в Темзе, портной и другие. Обвинитель обратил внимание суда, что Кохрейн занимал деньги у Ричарда Батта и выиграл на скачке курса ценных бумаг. Далее он говорил о такой детали, как цвет формы мундира Беранже. Кохрейн написал, что мундир был зеленым, слуги были того же мнения. Однако извозчик, доставивший Беранже к дому Кохрейна, поклялся, что мундир был ярко-красного цвета. Если свидетельство извозчика верное, то из этого вытекает следующее: Кохрейн солгал, давая свое клятвенное показание; увидев человека в ярко-красном мундире офицера штаба, Кохрейн обязан был заподозрить неладное; Кохрейн является участником заговора.
Часы показывали десять вечера. Процесс длился уже тринадцать часов. Поскольку обвинитель закончил говорить, разумно было первое заседание суда объявить закрытым. Элленборо посчитал иначе. Он заявил, что на заседании присутствуют несколько джентльменов, которым участие в процессе на следующий день доставит большое неудобство. В эту группу людей входил Мелвилл, первый лорд Адмиралтейства. Элленборо отклонил предложение о перерыве в работе суда и продолжил процесс, предоставив слово защитнику.