Кохрейн написал письмо Элизабет Кохрейн-Джонстон, восемнадцатилетней дочери своего дяди-беглеца. Он признался, что шокирован и очень расстроен, однако чувствует уверенность. Главное — он невиновен!
Враги Кохрейна торжествовали и хотели добить его окончательно. Это было сделано руками самого принца-регента Великобритании. На обеде в Портсмуте, участниками которого были старшие морские офицеры, сын безумного короля заявил о своей решимости вычеркнуть имя Кохрейна из списка служащих флота. Он также обещал лишить Кохрейна ордена Бани.
Адмиралтейство выпустило приказ, который подводил черту под карьерой Кохрейна в королевском флоте Великобритании. Следующий удар последовал 5 июля. Правительство выступило с инициативой об изгнании Кохрейна из парламента; соответствующее решение должна была принять палата общин. Сэр Фрэнсис Бардет и Сэмюэл Уайтбрэд выступали в поддержку Кохрейна. Заключенному позволили на время выйти из тюрьмы, чтобы он мог выступить в палате общин. Кохрейн обрушился с сильнейшей и страстной критикой на судей, сфабриковавших несправедливый приговор. Атака была столь яростной, что Каслри предупредил репортеров — они могут быть обвинены в клевете, если опубликуют речь целиком. В отчет о событии были включены лишь выдержки из выступления Кохрейна. Очевидно, что он еще более навредил себе несдержанным поведением. В то же время некоторые члены палаты оценили его искренность. Голосование показало, что значительная часть парламентариев считают своего коллегу невиновным: правительственную инициативу поддержали 144 депутата, против изгнания Кохрейна было подано 44 голоса.
11 августа в Вестминстерском аббатстве был совершен странный полночный ритуал. Глава ордена Бани выбросил из часовни короля Генриха VII герб и флаг Томаса Кохрейна.
Лорд Кохрейн более не был ни офицером флота, ни кавалером ордена Бани. Британская политическая элита и руководство Королевского флота торопились довершить моральное уничтожение одного из героев великой эпохи. Они не достигли своей цели.
Томас Кохрейн имел множество друзей и сторонников, и в эти тяжелейшие для него дни он не остался наедине со своей бедой. Уильям Коббет выступил с серией разгромных статей в Weekly Political Register, и было продано рекордное число копий газеты — 7000! Избиратели Кохрейна поддержали своего кумира самым решительным образом, показав достойный пример человеческой солидарности. Поскольку после изгнания члена палаты общин его место стало вакантным, должны были состояться новые выборы. Еще 11 июля прошел массовый митинг избирателей Вестминстера. Выступая перед аудиторией в пять тысяч человек, сэр Фрэнсис Бардет призвал полностью очистить ярчайшее имя от всяких подозрений и оправдать человека, оказавшего великие услуги своей стране, и вынес приговор его злобным врагам. Под несмолкаемые овации участников митинга Бардет заявил, что если лорда Кохрейна поставят к позорному столбу, согласно приговору суда, то он, Бардет, встанет за ним. Ричард Бринсли Шеридан — соперник Кохрейна на прошлых выборах — заявил, что теперь отказывается быть его оппонентом. Два других кандидата последовали примеру великого драматурга. 16 июля Кохрейн был с триумфом и без борьбы избран в парламент от Вестминстер Сити.
Тремя днями позже молодой лорд Эбрингтон при поддержке лорда Нугента выступил в парламенте с инициативой об освобождении Кохрейна от позорного средневекового наказания, поскольку он оказал своей стране выдающиеся услуги. 19 июля лорд Каслри объявил о монаршем помиловании для всех приговоренных к ужасному наказанию. Таким образом, Кохрейн теперь не должен был предстать в унизительном виде перед публикой.
Поддержка друзей помогла Кохрейну пережить ужасные удары судьбы, однако впереди были долгие месяцы в тюрьме и полная неопределенность. Он должен был наполнить свои дни полезными занятиями и продолжал работать над конструкцией ламп для кораблей и газовых ламп для освещения улиц. Он написал длинное письмо лорду Элленборо. Друзья и родственники посещали его, а Кэт хотела жить вместе с ним в тюрьме. Он отговорил любимую супругу от добровольного заточения, поскольку не хотел подвергать ее тяготам тюремной жизни. Кохрейн совершал прогулки по двору и наблюдал, как заключенные играют в игры.
Он выдержал восемь месяцев и решил бежать. Нетерпение толкнуло шотландского графа Монте-Кристо на крайне опрометчивый шаг. Кохрейна изгнали из парламента, но избиратели восстановили его в правах члена палаты общин. Он хотел добиваться справедливости и потребовать беспристрастного расследования собственных действий и поведения судей.