Прибыв в Рио-де-Жанейро, Кохрейн был представлен главе государства и его главному министру. На следующий день знаменитый британский моряк и молодой император осмотрели суда бразильского флота. Кохрейн увидел линейный корабль Педру Примьеро, три фрегата, два корвета, три брига и несколько шхун.
Проведя инспекцию флота, Кохрейн вступил в переговоры с морским министром по условиям своего договора найма. Для него был специально учрежден пост первого адмирала, а согласованный размер жалованья Кохрейна составил 17 960 долларов в год. Это было значительно больше оклада британского адмирала.
Кохрейн не стал дожидаться момента полной готовности всех кораблей к выходу в океан. 1 апреля 1823 года он отправился в путь с эскадрой из четырех кораблей, которую провожала восторженная толпа зрителей. Пятое судно присоединилось к флоту позднее.
Адмирал без колебаний вступил в первый бой с португальским флотом у берегов Бахии. Узнав о приближении эскадры Кохрейна, португальские корабли покинули Сальвадор и устремились навстречу бразильцам. Кохрейн имел пять судов, противник — не менее одиннадцати, включая пять фрегатов и линейный корабль.
Кохрейн атаковал центр неприятельской линии. Флагманский корабль Педру Примьеро не причинил врагу ощутимого вреда, однако сумел отрезать четыре португальских судна от основной массы кораблей. Кохрейн приказал своим капитанам атаковать отрезанного неприятеля, однако они игнорировали его сигналы. Заметно уступая врагу числом, Кохрейн вынужден был вывести корабли из боя. В ходе дела он ясно видел, как португальские члены его команды саботируют действия экипажа.
В докладе морскому министру Кохрейн написал о проблемах с людьми и указал на явные дефекты кораблей. В то же время он сохранял оптимизм и считал, что недостатки начального этапа создания флота можно исправить.
Адмирал провел перегруппировку сил и значительно повысил боеспособность своей эскадры, собрав всех лучших офицеров и матросов на три корабля. Новый план Томаса Кохрейна был основан на его прошлом опыте и учитывал реальности сложившейся ситуации. Адмирал решил блокировать Сальвадор, а затем атаковать гавань и стоявшие на рейде корабли с помощью зажигательных судов.
Уже в течение года город Сальвадор был блокирован сухопутными силами патриотов. Огромное значение имели поставки по морю. Когда Кохрейн начал захватывать направлявшиеся в гавань суда, положение горожан стало критическим и возникла угроза голода.
Кохрейн осуществлял блокаду Сальвадора в течение трех недель, а затем направился на разведку. Ночью 12 июня, когда португальские командиры были на балу в городе, Педру Примьеро и еще два корабля эскадры вошли в бухту и направились к стоявшим на якоре судам. Вдруг ветер ослаб, и наступил штиль. Кохрейн всегда учитывал возможные неожиданности и в данном случае использовал отлив. Бразильские суда покинули бухту, однако они не остались незамеченными. Сообщения о визите флагманского корабля бразильского флота и готовящейся атаке с помощью зажигательных судов привели португальцев в состояние сильного волнения. Недостаток продовольствия и угроза военного поражения вынудили их покинуть Сальвадор.
2 июля семнадцать военных кораблей и семьдесят пять транспортных и торговых судов вышли в открытое море, взяв курс на Европу. На борту находились граждане Португалии, солдаты и военные припасы. Следом в город вошли воины патриотической армии и подняли флаг независимой Бразилии.
Кохрейн добился своей цели, и теперь он приступил ко второму этапу операции. Португальские суда держались далеко друг от друга, и Кохрейн атаковал их имевшимися у него силами. Флагманский корабль бразильского флота наносил удары по военным судам, а другие четыре корабля эскадры охотились за транспортными судами. В течение недели было захвачено шестнадцать кораблей и взяты в плен более двух тысяч солдат.
Кохрейн атаковал военные суда ночью. В ходе одного из ближних боев его корабль получил повреждение, и адмирал решил прекратить охоту. Он поручил Тейлору, капитану фрегата, продолжать погоню за неприятелем. Фрегат преследовал корабли противника до самой Португалии, захватив и разрушив более десятка торговых судов.
Отремонтировав свой корабль Педру Примьеро, Кохрейн продолжал действовать силой и хитростью. Он направил судно к Сао Луи — столице провинции Мараньяо. 26 июля он увидел город и приблизился к якорной стоянке. На мачте флагманского корабля развевался британский флаг — португальцы должны были подумать, что союзники пришли к ним на помощь. Местные власти дали себя обмануть и направили бриг с депешами навстречу гостям. Капитан брига ступил на борт Педру Примьеро и оказался в окружении британских и американских моряков, служивших мятежному императору. Кохрейн заменил цвета британской короны бразильским флагом и отправил капитана обратно с сообщением о том, что провинция Бахия освобождена, а Педру Примьеро — авангард могучего военного флота.