Чтобы понять, что подразумевается под «девятью слияниями», нужно иметь базовые знания по концепции буддизма махаяны, которая носит название «трикайя», то есть, три кайи. Речь идёт о Трёх телах будды, которые называются дхармакайя, самбхогакайя и нирманакайя.
Доктрина трикайи, или Трёх тел будды, является основополагающей для всех систем ануттарайогатантры. На тибетском языке по этому вопросу исписаны целые тома. Идея состоит в том, что в момент Пробуждения ум практикующего преобразуется в дхармакайю, речь преобразуется в самбхогакайю, а тело проявляется как нирманакайя. Дхармакайю могут воспринимать только другие будды, самбхогакайю могут воспринимать арьи, то есть достигшие высокой реализации, а нирманакайю могут воспринимать обычные существа. Поэтому говорится, что дхармакайя выполняет только собственные желания реализовавшего её, а вот самбхогакайя и нирманакайя удовлетворяют нужды живых существ всего мира. Иногда самбхогакайю и нирманакайю объединяют под общим названием рупакая, или «тело формы»; в этом случае остаются две кайи: дхармакайя, актуальная лишь для самого реализовавшего её практика, и рупакайя, служащая для удовлетворения потребностей других живых существ.
В практике махаяны уровня Сутры упор делается на совершенствование ума, речи, или коммуникативного принципа, и тела до того момента, пока они не перерастут в эти три кайи. В тантрическом же буддизме берётся нечто из будущего пробуждённого состояния трикайи, вносится в нашу нынешнюю обычную ситуацию и сливается с ней. Вот почему сутрическую махаяну порой называют «колесницей основы, или причины», то есть путём, следуя которым йогин созерцает основания Пробуждения и постепенно врастает в него, а эзотерический тантрический путь — «колесницей плода, или результата», потому что на этом пути йогин проецирует нечто из результирующего состояния Пробуждения в свой привычный опыт. Другими словами, идея, лежащая в основе «трёх слияний», состоит в том, что в определённых случаях мы можем вычленить некий элемент из комплекса «тело-ум» и потока восприятия соответствующего уровня и использовать его в качестве действующей модели, подобия (тиб. rjes mthun) одной из трёх кай, или пробуждённых измерений, придавая искусственной силе йогического созерцания естественную мощь оригинала этой модели.
Концепция слияния с тремя кайями впервые упоминается в практике стадии зарождения, в которой йогин визуализирует себя в виде тантрического божества, пребывающего в центре мандалы. На этой стадии он созерцает процесс, известный как «принятие трикайи в качестве пути» (тиб. sku gsum lam khyer), который состоит из трёх ступеней созерцания. Сначала мир и его обитатели растворяются в теле йогина, после чего грубые энергии покидают его тело, совсем как в момент смерти, пока не возникает ум ясного света. Эта визуализация называется «принятие смерти в качестве дхармакайи»; затем йогин восстаёт из ясного света в форме чистой энергии; это практика принятия переживания бардо в качестве самбхогакайи. Наконец, йогин превращается в йидама — владыку мандалы. Такая визуализация есть процесс принятия нового рождения в качестве нирманакайи. Серьёзные практикующие выполняют эту медитацию стадии зарождения ежедневно, а в системе Шести йог так подготавливают почву для созерцания «трёх слияний» стадии завершения.
Как объясняет Цонкапа, в йогах стадии завершения применение этого принципа распространяется на три различных обстоятельства нашей жизни, давая возможность созерцать слияние с тремя кайями наяву, слияние с тремя кайями во сне и слияние с тремя кайями после смерти. Другими словами, три слияния выполняются в каждом из трёх состояний бардо. Основанием для такого применения слияний служит идея о том, что жизненный процесс уже сам по себе есть метафора Трёх тел будды, а значит, мы можем использовать это подобие, занимаясь йогой слияний во время каждого из трёх состояний бардо.
Чтобы лучше понять вышесказанное, стоит взглянуть на то, каким образом различные тибетские комментаторы преподносят Шесть йог Наропы.
В «Книге трёх воззрений» Цонкапа утверждает, что Шесть йог на самом деле можно разбить на три, то есть: 1) отправная точка пути, которой является йога внутреннего огня, 2) основные вехи пути, куда входят йоги иллюзорного тела и ясного света и 3) вспомогательные ответвления, то есть йоги переноса: йога переноса ума и метод переселения сознания. Сравнивая эту классификацию с той, которую предлагает Гьялва Энсапа, группируя Шесть йог в два раздела на основе их предназначения, можно увидеть нечто, имеющее отношение к «слияниям». Вот эти два раздела: 1) йоги, предназначенные для втягивания жизненных энергий в центральный канал и 2) йоги, применяющиеся после того, как энергии были втянуты в центральный канал. Первые категории, содержащие йогу внутреннего огня, у Цонкапы и Гьялвы Энсапы совпадают. Последние две части цонкапинской разбивки и одна — Энсапы содержат оставшиеся пять йог системы Наропы.