Это проявилось также и в сакраментальном богословии Дионисия. Таинства, особенно Евхаристия, давно толковались как средства, с помощью которых человеческая природа преображается и человек приобретает способность участвовать в бесстрастной и нетленной природе Бога; это толкование являлось важным элементом в богословии ипостасного союза. Опасность уклонения в докетизм и даже пантеизм, которую сторонники богословия обитающего Логоса видели в учении об ипостасном союзе, послужила, по-видимому, причиной их неучастия в разработке евхаристического богословия. У Дионисия же не было такого рода сдерживающих моментов, и он свободно приспосабливал традиционное богословие таинств, на которое он ссылается как на авторитет, к своей мистической версии учения об обожении.
По Дионисию, церковная иерархия имеет своей целью достижение трех степеней мистического восхождения, и ради этого она совершает крещение, Евхаристию и миропомазание. Крещение давно было определено как таинство очищения, и любимый святоотеческий термин для него — просвещение. Дионисий называл его «преданием священного и божественного возрождения нашего». Посредством него даже малые дети, неспособные постичь божественное, становятся причастниками божественного рождения, участвуя в сакраментальных знаках общения с Богом. Тройное погружение при крещении знаменует три дня и три ночи пребывания Христа во гробе и воскресение, посредством которого Он совершил это божественное рождение. Но первостепенное внимание Дионисий уделил именно Евхаристии как таинству обожения. Евхаристия является божественным причастием и мирным разделением хлеба и вина, воспоминанием божественной трапезы приобщения Богу. Краткое определение: «сопричастность Иисусу, соучастие в божественнейшей Евхаристии». Посредством этого соучастия человеку открывается доступ к «совершеннейшим образам обожения», что позволяет ему пренебрегать всеми потребностями тела, кроме самых главных, и возрастать, посредством этого возвышенного обожения, в состояние храма Святого Духа. Это совершенство, то есть дар крещения и Евхаристии, достигает высшей точки здесь, на земле, в миропомазании, которое можно назвать просто «совершением» — технический термин для различных обрядов в мистериальных религиях и в христианстве. Использование этого термина говорит о том, что Дионисий считал христианские таинства, особенно Евхаристию, «главным символом» мистической истины; ибо «Иисус богословствует в притчах и преподаст Божественные тайны под видом трапезования».
В такой системе мистического учения Сам Иисус мог стать не более чем «главным символом» трансцендентной реальности человеческого союза с Богом, достигаемого путем мистического восхождения. В сочинениях Дионисия об Иисусе говорится многообразно, в стремлении установить Его связь с процессами очищения, просвещения и единения. Содержание наставления, полученного от «божественного знания», состоит в том, чтобы знать, что «в нас зачалась уже богообразнейшая жизнь во Христе», И снова Дионисий говорит о цели обеих иерархий как об обожении и добавляет, что Иисус есть «начальник и совершитель всякого священноначалия». Тем не менее ни повторение этих формул, ни повторение имени Иисуса Христа — даже в непрестанной «Иисусовой молитве», практиковавшейся некоторыми предшественниками и преемниками Дионисия в восточно-христианском мистицизме, — не являются указанием на доктринальную значимость Христа для этого богословия. Ибо регулировались все эти практики и идеи таким образом Бога, в котором учение о воплощении, равно как и лежащее в его основе понимание имманентности и трансцендентности, оказывались под угрозой быть поглощенными Единым и Всем. Позитивные утверждения о Боге и аналогии со светом, с помощью которых Его описывали, «более торжественны» и передают откровение о божественной реальности. Но трансцендентность Бога означает, что этих утверждений совсем недостаточно для описания Бога и что негативные утверждения «более уместны». Поэтому лучше говорить «не о том, чем Он является, а о том, чем Он не является».