Такие утверждения были направлены совсем не на возвышение места Петра среди двенадцати апостолов I века, а на утверждение места Римского епископа среди епископов VI века. Петр — первый епископ Рима, а папа — его преемник. Конечно, Петр бывал также в Александрии и Антиохии, и Григорий иногда выдвигал идею, что патриархи этих городов разделяли с ним первенство, данное Петру: Рим был престолом, где Петр умер; Александрия — престолом, на который он послал Марка, а Антиохия — престолом, который он сам занимал в течение семи лет. Существовал один престол Петра в трех местах. Но эти прихотливые рассуждения об апостоле не имели далеко идущих последствий собственно для учения Григория о первенстве в Церкви. Все знали, что престолом Петра был Рим. Когда папские легаты в Халкидоне в 451 году отвечали на чтение «Томоса» папы Льва возгласом «Устами Льва говорит Петр!», они просто выражали это общее представление. В ранней Церкви первенство в определенном смысле принадлежало Иерусалиму — как городу-матери всех верующих. Но оно перешло от столицы древнего Израиля к столице мира, которая стала столицей нового Израиля. Рассказ в Книге Деяний начинается с возвращения апостолов, среди которых первым назван Петр, в Иерусалим; но заканчивается он простым и немаловажным предложением: «А потом [мы] пошли в Рим». «Мы» в этом предложении — это предположительно Павел и Лука, о Петре же не упоминается. Но именно в Риме и Петр, и Павел претерпели мученичество и были погребены, что придавало Римской церкви особое значение уже во времена Тертуллиана. Говоря о событиях 451 года, Григорий заявлял: «Предстоятели этого апостольского престола, которому промыслом Божиим я служу, удостоены священным Халкидонским собором чести именоваться "вселенскими"». Поэтому Константинополь не мог претендовать на титул «вселенского [οικουμενικός]», даже если он и был новым Римом. На латинском Западе Римская церковь — мать других церквей, которые ей подчинены.
Церкви греческого Востока также были обязаны проявлять особую верность Риму. Что касается Константинополя, «кто будет сомневаться, что он был подчинен апостольскому престолу», то есть, конечно, Риму? Признавая авторитет Льва, отцы Халкидонского собора свидетельствовали о православии Рима. Различные престолы один за другим капитулировали в том или ином споре с ересью. Именно в Константинополе в IV и V веках появились еретики, а именно Несторий в Македонии, и о других престолах было известно, что они время от времени отклонялись от истинной веры. Но Рим находился в особом положении. Епископ Римский имел право своей собственной властью отменять деяния собора. Фактически, когда речь заходила о созыве собора для разрешения спора, Григорий выдвигал принцип, согласно которому «без власти и согласия апостольского престола ни одно дело, решенное [собором], не имеет обязательной силы». Хотя он охотно проводил параллель между четырьмя Евангелиями и четырьмя Вселенскими соборами, он уже начал формулировать учение о догматической власти Рима, основанное на первенстве Петра и подкрепленное рассказом о верности Рима вероучительной ортодоксии. Но лишь много веков спустя этому учению суждено было обрести завершенную форму в качестве догмата. Хотя Римский престол крепко держался авторитета предания и учения отцов, перед ним стояла особая задача в отстаивании этого предания. Как писал Григорию другой епископ, «я знаю, какое это тяжелое дело — переступать пределы, положенные нам отцами… Поэтому я нахожу прибежище на груди и коленях вашей святейшей Римской церкви».
В данном случае речь шла о епископских амбициях, а не о догматах, но даже вопросы церковного управления должны были решаться на oniow доктрины, а именно учения о папском примате.
И в отношении некоторых других доктрин «Григорий является предшественником для Средних веков», Как верный августинианин, он повторял многие идеи своего учителя, а также то, что он воспринял из общего снято-отеческого наследия. Например, он перенял у предшествующего богословия образ диавола как Левиафана из Иов 41:1, которого Христос заставил проглотить Себя: диавол попался на «крючок» Его божественности и поглотил также Его человечество; когда крючок божественности Христа оказался внутри, диавол не смог удержать его и изверг Христа-человека вместе с человеческим родом, и так совершилось искупление. Но были элементы святоотеческого наследия, которые Григорий переработал: это учения о чистилище и о литургической жертве. Ни одно из этих учений нельзя назвать чисто западным, ибо оба имеют эквиваленты у греческих богословов, но латинское богословие — в том виде, в каком оно было систематизировано Григорием, — придало им окончательный вид. Идея чистилища восходит к широко распространенной и выраженной еще Оригеном надежде, что сила спасительной воли Божией выходит за пределы этой земной жизни и даже после смерти дарует человеку еще одну возможность очищения и окончательного спасения. Августин хотя и противостоял умозрительным построениям Оригена относительно всеобщего спасения — всех людей и диавола, тем не менее считал, что существуют «временные наказания после смерти» и что правильно молиться о том, чтобы некоторым из умерших было даровано прощение грехов. Эти предположения относительно очистительного огня, высказываемые неуверенно и мимоходом, стали у Григория «тем, во что должно верить [credendus]». И в другом месте: «следует верить [credendum est]», что молитвы верующих полезны для освобождения от очистительного огня тех, кто грешил «не по злобе, а по заблуждению неведения». Такие люди имеют «некоторый недостаток совершенной праведности», но им можно помочь ходатайством усопших святых и верующих здесь, на земле.