Таким образом, на протяжении II века свершилась важная метаморфоза в организационной жизни первоначальных христиан: их общины обрели правильное административное устройство, и одновременно стала нарастать тенденция к вселенскому объединению этих общин в одну церковь, которая властно взяла в свои руки распоряжение дальнейшими судьбами христианского движения, и в первую очередь урегулирование отношений как внутри самих христианских общин между различными слоями и идейными направлениями, так и между христианством и античным государством. Первое оказалось связанным с борьбой церкви против разнообразных еретических отклонении от ортодоксального христианства, второе настоятельно диктовалось необходимостью преодоления конфликта христианства с государственной властью.
Возникновение ересей в христианстве («ересь» по-гречески — направление, секта) было связано с теми переменами в национальной, социальной, организационной и идеологической сферах, которые переживало это религиозное движение в первые века своего существования. Особенно бурной была реакция на эти перемены со стороны демократически настроенных низов, искавших в христианстве спасения и освобождения, сколь бы они ни были иллюзорны, от мук этого мира. Эти слои не желали мириться с проповедью смирения и долготерпения, с которой к ним обращались новые руководители христианских общин — епископы и пресвитеры. Они с неодобрением смотрели на растущий процесс обмирщения христианского движения — укрепление административного начала, обогащение клира, отступничество в период гонений и тенденцию примирения с властями со стороны богатых и влиятельных в христианских общинах лиц. Именно эти протестантские настроения породили ряд опасных для церкви ересей, с которыми ей пришлось вести длительную и упорную борьбу.
Отношения христиан с римской государственной властью представляют собой другую сложную проблему в истории раннего христианства. Позиция античного государства в отношении христианства долгое время была негативной: римские власти видели в христианах опасных сектантов, их общины рассматривали как разновидность подпольных, не дозволенных законом сообществ, а им самим ставили в вину отказ от участия в официальном культе (непосредственным образом — в жертвоприношениях традиционным богам и императорскому гению). На этой почве возникали недоразумения, которые нередко, по инициативе отдельных должностных лиц или по подстрекательству черни, приводили к открытым гонениям на христиан. Если отвлечься от легендарных примеров гонений, о которых рассказывается в новозаветной традиции (осуждение Христа, преследования апостолов и пр.), то первым несомненно историческим фактом будет расправа Нерона над христианами в 64 году. Волна преследований шла по нарастающей: в правление императора Траяна Плиний Младший вел процессы против христиан в Малой Азии в 112 году, в правление Марка Аврелия массовые расправы с христианами имели место в галльских городах Лугдуне (Лион) и Вьенне (Вьен) в 177 году, но самые широкие и свирепые репрессии против христиан падают на время общего кризиса, охватившего Римскую империю в III веке. В это время инициатива гонений непосредственно исходила от центральной власти. Императоры, пытаясь всеми способами остановить внутреннюю смуту и распад государства, видя в христианстве такое революционное движение, каким оно, собственно, никогда не было, предпринимали одну попытку за другой уничтожить его. Известное значение имели и возросшие богатства церкви, вызывавшие аппетит у римских правителей.
Так или иначе, III столетие отмечено наиболее свирепыми гонениями на христиан (особенно в 250–251 годах, при императоре Деции, и в 257–260 годах, при императоре Валериане). Последнее массированное наступление на христиан было предпринято Римским государством на рубеже III–IV веков. Оно было связано с именем создателя жесткой системы домината императора Диоклетиана. Стремясь остановить разложение империи, Диоклетиан прибегал к самым крутым мерам открытого и прямого подавления. В религиозной политике он требовал неукоснительного соблюдения обрядов традиционной религии, почитания традиционных государственных богов, и среди них — его самого под именем Iovius’а (сына Юпитера). В 303–304 годах Диоклетиан и его соправитель Галерий в специальных эдиктах потребовали от христиан ясного выражения лояльности по отношению к римской государственной религии. За отказом последовали всевозможные репрессии: расправа над людьми, разрушение церквей, конфискация церковного имущества и т. п. Однако это была последняя схватка античного государства с христианством. Преемник Диоклетиана император Константин более правильно оценил сущность христианского движения, во всяком случае позицию и возможности христианской церкви, которая давно уже искала способы примирения с существующей властью. Иметь эту мощную организацию, державшую под своим контролем огромные массы народа, в качестве доверенного и привилегированного союзника представлялось расчетливому Константину гораздо более выгодным, чем продолжение бесцельного соперничества и бесцельных репрессий, неспособных искоренить новую веру.