Константин, запретивший изуверские культы и жертвоприношения, гладиаторские бои, казнь рабов через распятие, закрывший немало храмов и конфисковавший их имущество, значительную часть его передал церкви. Из государственной казны выделялись немалые средства на благотворительную деятельность церкви. Эта практика государственной помощи, участия императорской власти в церковной благотворительности стала традицией. Государство осуществляло ее «руками церкви».
Так последняя из «одинокой» и «странствующей» превратилась в признанную государством, привилегированную и «воинствующую». Она отблагодарила императора, осуждая христиан, уклонявшихся от государственной, военной службы, выполнения своих гражданских обязанностей и повинностей. В новых условиях еще более интенсивно пошел процесс ее территориальной организации, формирования вселенской церкви, упрочения власти епископов, их контроля над духовенством. Церковь в немалой степени использовала поддержку и помощь государства, чтобы ослабить влияние паствы на выборы духовенства.
Территориальная организация церкви, по существу, копировала государственную. Главной общественно-государственной ячейкой был полис-город с подвластной ему сельской округой. Практически сложилось так, — что каждый город стал и центром епархии, подвластная ему церковная округа совпадала с сельской округой города. Образовалось много сотен епархий, группы провинций объединялись в более крупные единицы — диоцезы, епархии — в митрополии. Епископская власть во многом копировала гражданское управление. Росла власть епископа над подчиненным ему церковным диоцезом.
Начиная с IV века епископы все чаще выдвигались и избирались из городской знати, муниципальной аристократии, а духовенство преимущественно росло за счет зажиточных горожан. Городское духовенство было многочисленным и более образованным, господствовало в епархии. Долгое время горожане составляли большинство христиан. Авторитет христианско-церковного центра продолжал поддерживать и освящать характерное для античности господство города над округой, идею города как центра духовной власти и влияния.
С признанием церкви государством стало неуклонно расти число народных религиозных течений, отходивших от нее, становившихся все более враждебными ей и, соответственно, все более энергично преследуемых ею. К их числу на Востоке империи могут быть отнесены мессалианство, монтанизм, манихейство. Нередко стоявшие на грани разрыва с христианством, они выступали против идей, «примиряющих добро со злом», пытались в рамках своих религиозных общин осуществлять раннехристианские идеалы равенства и братства. Аскетический монтанизм на Востоке империи представлял собой отчетливо выраженную форму крестьянско-общинного протеста против существующих условий и защищавшей их церкви. В западной половине империи, прежде всего в Северной Африке, получил широкое распространение донатизм, выливавшийся в религиозную форму социального протеста. Донатисты выступали не только против союза церкви с государством, но и против богатства духовенства, требуя, чтобы оно было образцом «евангельской чистоты» для верующих. Постепенно складывался круг «низких», народных ересей, наиболее решительно отвергаемых и гонимых церковью.
Но и внутри ее самой уже вскоре после принятия Миланского эдикта разворачивается борьба течений. IV век открыл эпоху так называемых «триадологических» споров — о христианском понимании троичности божества (бог-отец, бог-сын — Христос и бог — дух святой), взаимосвязи и соотношении элементов Троицы. Александрийским священником Арием было выдвинуто положение, что Христос не обладает полной божественностью, то есть как творение бога-отца он не «единосущен», а только «подобносущен» ему. Учение Ария, низводившее Христа до положения полубожества, связанное еще с античным способом мышления, получило широкое распространение и популярность среди населения восточных провинций, особенно горожан.
Против Ария яростно выступили сторонники «единосущия», которые не могли допустить принижения степени божественности Христа. Развернулась ожесточенная борьба, которая привела к созыву в 325 году I Вселенского Никейского собора. На нем был выработан и утвержден в качестве символа веры догмат о том, что сын божий является единосущным богу-отцу. Другие суждения, в том числе и арианство, воспринимались как отклонения от истинного христианского учения, ересь. Однако соборное осуждение не снизило популярности арианства. Наоборот, оно получило еще более широкое распространение в восточных провинциях.