Первые инквизиционные суды были организованы в конце XII века епископами Южной Франции для борьбы с распространившейся там еретической сектой катаров (от греческого слова «катарос» — чистый), или альбигойцев (от названия французского города Альби, который сделался одним из главных центров указанной «ереси»). Сектанты упрекали духовенство — в равной мере православное и католическое — в его корыстолюбии, лицемерии и жестоком отношении к угнетенному народу и проповедовали самоотвержение и строгую моральную чистоту. Папа Иннокентий III (1198–1216), воздействуя на темный фанатизм населения, организовал против альбигойцев в 1209 году специальный «крестовый поход». При осаде «крестоносцами» города Безье произошел следующий характерный эпизод. Готовясь к приступу, рыцари, которых прежде всего интересовала военная добыча, потребовали от папского уполномоченного, чтобы он разрешил им грабить и убивать подряд всех, кто им попадется под руку независимо от того, еретик это или нет. Иначе «крестоносцы» не соглашались идти на приступ. Папский посол недолго раздумывал: «Убивайте всех! — объявил он. — Бог уж сам своих разберет».
При папе Григории IX (1227–1241) инквизиция получила распространение во всем католическом мире и была отдана в ведение специального монашеского ордена доминиканцев, основанного непримиримым врагом альбигойцев «святым» Домиником. Доминиканцы с таким остервенением преследовали и истребляли еретиков, что впоследствии их стали называть по выразительному созвучию двумя латинскими словами — domini canes, означающими псы господни.
Деятельность инквизиции вызывала у многих ужас и отвращение. В 1236 году в Северной Германии восставшие крестьяне убили широко известного своими жестокостями инквизитора Конрада Марбургского — «грозу еретиков». В 1243 году погибло от рук населения несколько инквизиторов города Авиньона, беспощадно расправлявшихся с альбигойцами.
Чтобы способствовать популярности инквизиции, руководители католической церкви всячески пробуждали в народе чувства самого грубого, слепого фанатизма. Еретиков объявляли слугами дьявола, приписывали им всевозможные, часто заведомо невероятные злодеяния. Сожжение несчастных, приговоренных к казни церковными судами, происходило в торжественной обстановке, в присутствии многочисленных зрителей. Собиравшимся на казнь еретика изуверам внушалось, что они принимают участие в святом, богоугодном деле. Предание рассказывает, что во время сожжения знаменитого чешского патриота Яна Гуса, обвиненного в пропаганде «ереси», одна бедная старушка принесла на его костер вязанку дров, надеясь таким образом спасти свою душу. «Святая простота!» — будто бы сказал по этому поводу умирающий чешский мыслитель.
Публичное сожжение еретиков особенно широко распространялось вследствие различных исторических причин в Испании и Португалии XVI–XVII веков, где оно получило даже громкое название «актов веры» — «аутодафе». По свидетельству бывшего деятеля испанской инквизиции, ставшего впоследствии ее историком, Хуана-Антонио Льоренте (1756–1823), инквизиторы в течение трех столетий репрессировали в Испании до 350 тысяч человек, из которых около 32 тысяч было подвергнуто высшей мере наказания — сожжению.
Среди жертв инквизиции можно насчитать немало имен лучших представителей передового человечества — ученых, философов, писателей. Инквизиция сожгла на костре в 1600 году Джордано Бруно, который доказывал бесконечность вселенной. В 1619 году его участь разделил Лючилио Ванини, писавший о естественных закономерностях природы. В 1633 году инквизиторы заставили семидесятилетнего старика Галилея отречься от учения о вращении Земли. В 1564 году погиб в ссылке Андрей Везалий — видный ученый, исследователь строения человеческого тела. Многие в страхе перед инквизицией сами отдавались в ее руки, обвиняя себя в сношениях с дьяволом. До такого религиозного помешательства был доведен талантливый итальянский поэт Торквато Тассо (1544–1595).