Пирогов не получил специального философского образования и философом себя не считал. Но он обладал сильным незаемным, то есть самостоятельным, умом, что привело его к формированию цельного, продуманного и очень интересного философского мировоззрения.
В молодости Пирогов был последовательным материалистом. Материализм того времени состоял в убежденности в том, что все движения человеческого духа сводимы к «брожению соков» в человеческом организме. Можно сказать, что медик вполне «естественно» был материалистом, поскольку медицинская наука предпринимала систематические усилия, направленные на обоснование именно материальных преобразований в человеческом организме. И очень многие умные и достойные люди того времени попадали под влияние этой в высшей степени необоснованной гипотезы, многие, но далеко не все. К числу выдающихся ученых, которые, подвергнув материалистическую гипотезу беспристрастному логическому анализу, в конце концов отказывались от материалистического объяснения жизни нашей души, относится и Николай Иванович. Пирогов пришел к выводу о неосновательности материализма, который безраздельно царил в науке его времени, и перешел на позицию, которую сам назвал «рациональным эмпиризмом».
Суть этой позиции можно выразить так. С эмпирическими, то есть опытными, наблюдаемыми, фактами, несомненно, нужно считаться. Но в то же время факты нужно стремиться понять, что они выражают, какая реальность стоит за ними! В этом стремлении не нужно бояться выдвигать и логически разрабатывать различные смелые, но хорошо обдуманные, умозрительные (философские) гипотезы, то есть предположения. И Пирогов стал выдвигать такие гипотезы. Прежде всего он осознал невозможность чисто материалистического объяснения жизни и пришел к выводу, что жизнь непроизводна от материи (от вещества). Такое мировоззрение можно назвать биоцентрическим, в центре которого стоит понятие жизни. Исходный пункт этого мировоззрения — учение о мировом мышлении-жизни. Беспрерывно текущий Океан жизни (Вселенская жизнь) вмещает в себя всю Вселенную, проницает собою все материальные элементы Вселенной — атомы, их конфигурации и т. д. Вселенская жизнь группирует и перегруппирует эти элементы в более сложные образования (структуры), которые приспособлены к ее различным целям. Океан жизни в то же время представляет собой Высший вселенский разум. Наш же, человеческий, разум — это не продукт взаимодействия материальных элементов, как считают материалисты, а частица мирового разума. Наш мозг — это «аппарат, искусно сработанный для определенной цели самой жизнью. Эта цель — обособление мирового ума», — писал Пирогов. Более того, он пришел к убеждению, что вечно изменяющийся мировой ум в качестве своего источника должен иметь нечто Неизменное и Абсолютное, которым может быть только Бог, только Творец мира. Николай Иванович писал, что надо признать «верховный разум и верховную волю Творца, проявляемые целесообразно посредством мирового ума и мировой жизни в веществе».
Пирогов не разделял характерное для науки его времени представление о том, что в мире «царствует случайность» — якобы «случайно» появился человек, у которого не менее «случайно» образовался разум и т. д., и т. п. (Случайность в то время понималась как «беспричинность».) Ученый был убежден, что Творец целесообразно организует Вселенную через посредство мирового ума. Именно это убеждение является основанием для критики «случая», ибо случайного, то есть беспричинного, не существует, поскольку Творец целесообразно организует Вселенную через посредство мирового ума. Отсюда Пирогов делал вывод о существовании предопределения, согласно которому будущее однозначно определяется прошлым — полностью содержится в прошлом. Не могу не заметить, что, с моей точки зрения, вывод Пирогова о существовании предопределения представляется далеко не бесспорным. Впрочем, где философия — там и спор.
Сам Николай Иванович пришел к Богу сначала чисто умозрительным, философским путем: наблюдаемые опытные данные легли в основу идеи о существовании непосредственно не наблюдаемого, то есть мирового ума-жизни, от которого решительно шагнул к идее Бога-Творца.