Однако ничто не вечно не только на земле, но и в мире бессмертных богов. Гелиополисская девятка богов, возглавляемая Ра-Атумом, господствовала до тех пор, пока новые политические изменения, произошедшие около 2200 лет до н. э., не привели к перенесению столицы государств в Фивы. Местным богом этого города был Амон, древний бог урожая. Разумеется, главный бог новой столицы не пожелал уступить первенства Ра. Конфликт между богами был в то же время политическим конфликтом. Он был разрешен так, чтобы и волки были сыты и овцы целы. Обоих богов соединили в одного. Ра стал Амоном, а Амон приобрел добавление «Ра». С тех пор во главе богов, как божеское воплощение фараона, властителя обоих Египтов, становится Амон-Ра.
Из старых культов в это время развивается и получает важное значение культ Озириса, главного бога загробного мира. Культ Амона, однако, считается самым важнейшим, государственным культом. Его жрецы захватывают себе львиную долю доходов, получаемых от умело раздуваемой набожности верующих. О накопленных ими богатствах может свидетельствовать факт, что только один из фараонов (Рамзес III) обогатил жрецов Амона на миллион единиц обработанной земли и около полумиллиона голов скота, не считая рабов, приношений в золоте и т. д. Но и бог платил фараонам взаимностью. Об этом свидетельствует хвалебная надпись в честь Тутмоса III, в которой Амон славит победы этого властителя. Владычество Амона как «короля богов» совпадает с периодом наибольшего расцвета египетского государства. Войска фараонов доходили до Вавилона и Сирии на севере и до четвертого порога Нила на юге. Многолетние доходы так увеличили мощь жрецов Амона, что примерно за 1000 лет до н. э. они решили взять на себя и власть фараонов. Именно в эти времена борьбы за власть разыгрывается действие романа Б. Пруса «Фараон».
Однако правление жреческой касты и старой родовой аристократии вызывает все большее недовольство среди многочисленных средних классов, для которых были недоступны высшие посты и источники обогащения. Нарастал общественный конфликт и внутри господствующих классов. В результате всего этого фараон Аменхотеп IV провел государственную реформу, опираясь на мелких рабовладельцев. Реформа была, кстати, обращена и против всевластия жрецов Амона, ибо фараон взял на себя попытку введения нового государственного культа.
Своеобразие этой попытки было в том, что Аменхотеп IV создал нового бога, который, хоть и увязывался со старыми традициями культа солнца, был единым богом. Этот бог получил имя Атон, что означает буквально «солнечный диск». Новому богу были приписаны свойства всех других богов; он решал все вопросы на небе, а его сын, фараон, — на земле. В найденном в развалинах Тель-эль-Амарна (древняя столица фараона-реформатора) гимне в честь Атона автор (возможно, сам фараон) так описывает мощь нового бога:
Эхнатон значило «угодный Атону».
Сын бога Эхнатон — это сам фараон, который после реформы отказался от своего старого имени Аменхотеп. Реформа Эхнатона была проведена с большим размахом. Имя старого бога, Амона, преследовалось, храмы разрушали; разумеется, не щадили и жрецов. Поддерживавшие фараона представители средних классов, занявшие место старой аристократии, стали приверженцами нового бога. Народу было все равно. Но жрецы, и не только жрецы Амона, решительно противились новому богу, грозившему уничтожить их прежних богов, а с ними и влияние этих жрецов на общество. Поэтому после смерти фараона и его жены Нефертити наступила реакция. Жрецы снова восторжествовали.
Сын фараона Тутенхатон (что означает «живое изображение Атона») во славу Амона назвал себя Тутанхамоном. При царствовании его преемника реакция зашла еще дальше. Столица фараона-реформатора Ахетатон (современный Тель-эль-Амарна) была разрушена, а он сам был признан преступником. Новый фараон Горемхеб изменил только одно: наряду с культом Амона-Ра он ввел культ главного бога своей столицы Мемфиса-Пта, в остальном же все вернулось к старому.