С той поры отрок Иоанн стал отлично учиться: одним из первых окончил училище, первым окончил Архангельскую духовную семинарию и был принят на казенный счет в С.-Петербургскую Духовную Академию.
Еще учась в семинарии, он лишился нежно любимого им отца. Как любящий и заботливый сын, Иоанн хотел было прямо из семинарии искать себе место диакона или псаломщика, чтобы содержать оставшуюся без средств к существованию старушку-мать. Но она не пожелала, чтобы сын из-за нее лишился высшего духовного образования, и настояла на его поступлении в академию.
Поступив в академию, молодой студент не оставил свою мать без попечения: он выхлопотал себе в академическом правлении канцелярскую работу и весь получавшийся им скудный заработок полностью отсылал матери.
Учась в академии, Иоанн первоначально склонялся посвятить себя миссионерской работе среди дикарей Сибири и Северной Америки. Но Промыслу Божию угодно было призвать его к иного рода пастырской деятельности. Размышляя однажды о предстоящем ему служении Церкви Христовой во время уединенной прогулки по академическому саду, он, вернувшись домой, заснул и во сне увидел себя священником, служащим в Кронштадтском Андреевском соборе, в котором в действительности он никогда еще не был. Он принял это за указание свыше. Скоро сон сбылся с буквальной точностью. В 1855 году, когда Иоанн Сергиев окончил курс академии со степенью кандидата богословия, ему предложено было вступить в брак с дочерью протоиерея Кронштадтского Андреевского собора К. Несвитского Елисаветою и принять сан священника для служения в том же соборе. Вспомнив свой сон, он принял это предложение.
12 декабря 1855 года совершилось его посвящение в священника. Когда он впервые вошел в Кронштадтский Андреевский собор, он остановился почти в ужасе на его пороге: это был именно тот храм, который задолго до того представлялся ему в его детских видениях. Вся остальная жизнь о. Иоанна и его пастырская деятельность протекала в Кронштадте, почему многие забывали даже его фамилию "Сергиев" и называли его "Кронштадтский", да и сам он нередко так подписывался.
Брак о. Иоанна, который требовался обычаями нашей Церкви для иерея, проходящего свое служение в миру, был только фиктивный, нужный ему для прикрытия его самоотверженных пастырских подвигов: в действительности он жил с женой, как брат с сестрой. "Счастливых семей, Лиза, и без нас много. А мы с тобою давай посвятим себя на служение Богу", - так сказал он своей жене в первый же день своей брачной жизни, до конца дней своих оставаясь чистым девственником.
Хотя однажды о. Иоанн и говорил, что он не ведет аскетической жизни, но это, конечно, сказано было им лишь по глубокому смирению. В действительности, тщательно скрывая от людей свое подвижничество, о. Иоанн быль величайшим аскетом. В основе его аскетического подвига лежала непрестанная молитва и пост. Его замечательный дневник "Моя Жизнь во Христе" ярко свидетельствует об этой его аскетической борьбе с греховными помыслами, этой "невидимой брани", которую заповедуют всем истинным христианам древние великие отцы-подвижники. Строгого поста, как душевного, так и телесного, требовало естественно от него и ежедневное совершение Божественной литургии, которое он поставил себе за правило.При первом же знакомстве с своей паствой о. Иоанн увидел, что здесь ему предстоит не меньшее поле для самоотверженной и плодотворной пастырской деятельности, нежели в далеких языческих странах. Безверие, иноверие и сектантство, не говоря уже о полном религиозном индифферентизме, процветали тут. Кронштадт был местом административной высылки из столицы разных порочных людей. Кроме того, там много было чернорабочих, работавших главным образом в порту. Все они ютились, по большей части, в жалких лачугах и землянках, попрошайничали и пьянствовали. Городские жители немало терпели от этих морально опустившихся людей, получивших название "посадских". Ночью не всегда безопасно было пройти по улицам, ибо был риск подвергнуться нападению грабителей.