Но этот славный подвиг плодотворного законоучительства о. Иоанн должен был оставить ради еще более плодотворного и широкого подвига своего всероссийского душепопечения.
Надо только представить себе, как проходил день у о. Иоанна, чтобы понять и прочувствовать всю тяжесть и величие этого его беспримерного подвига. Вставал о. Иоанн ежедневно в 3 часа ночи и готовился к служению Божественной литургии. Около 4 часов он отправлялся в собор к утрени. Здесь его уже встречали толпы паломников, жаждавших получить от него хотя бы благословение. Тут же было и множество нищих, которым о. Иоанн раздавал милостыню. Заутреней о. Иоанн непременно сам всегда читал канон, придавая этому чтению большое значение. Перед началом литургии была исповедь. Исповедь, из-за громадного количества желавших исповедываться у о. Иоанна, была им введена, по необходимости, общая. Производила она - эта общая исповедь - на всех участников и очевидцев потрясающее впечатление: многие каялись вслух, громко выкрикивая, не стыдясь и не стесняясь, свои грехи. Андреевский собор, вмещавший до 5.000 чел., всегда бывал полон, а потому очень долго шло причащение и литургия раньше 12 час. дня не оканчивалась. По свидетельству очевидцев и сослуживших о. Иоанну, совершение о. Иоанном Божественной литургии не поддается описанию. Ласковый взор, то умилительный, то скорбный, в лице сияние благорасположенного духа, молитвенные вздохи, источники слез, источаемых внутренне, порывистые движения, огонь благодати священнической, проникающий его мощные возгласы, пламенная молитва - вот некоторые черты о. Иоанна при богослужении. Служба о. Иоанна представляла собою непрерывный горячий молитвенный порыв к Богу. Во время службы он был воистину посредником между Богом и людьми, ходатаем за грехи их, был живым звеном, соединявшим Церковь земную, за которую он предстательствовал, и Церковь небесную, среди членов которой он витал в те минуты духом. Чтение о. Иоанна на клиросе - это было не простое чтение, а живая восторженная беседа с Богом и Его святыми: читал он громко, отчетливо, проникновенно, и голос его проникал в самую душу молящихся. А за Божественной литургией все возгласы и молитвы произносились им так, как будто своими просветленными очами лицом к лицу видел он пред собою Господа и разговаривал с Ним. Слезы умиления лились из его глаз, но он не замечал их. Видно было, что о. Иоанн во время Божественной литургии переживал всю историю нашего спасения, чувствовал глубоко и сильно всю любовь к нам Господа, чувствовал Его страдания. Такое служение необычайно действовало на всех присутствующих. Не все шли к нему с твердой верой: некоторые с сомнением, другие с недоверием, а третьи из любопытства. Но здесь все перерождались и чувствовали, как лед сомнения и неверия постепенно таял и заменялся теплотою веры. Причащающихся после общей исповеди бывало всегда так много, что на святом престоле стояло иногда несколько больших чаш, из которых несколько священников приобщали верующих одновременно. И такое причащение продолжалось нередко более двух часов.
Во время службы письма и телеграммы приносились о. Иоанну прямо в алтарь, и он тут же прочитывал их и молился о тех, кого просили его помянуть...
После службы, сопровождаемый тысячами верующих, о. Иоанн выходил из собора и отправлялся в Петербург по бесчисленным вызовам к больным. И редко когда возвращался домой ранее полуночи. Надо полагать, что многие ночи он совсем не имел времени спать.
Так жить и трудиться можно было, конечно, только при наличии сверхъестественной благодатной помощи Божией!
Но и самая слава о. Иоанна была его величайшим подвигом, тяжким трудом. Подумать только, что ведь всюду, где бы он ни показался, около него мгновенно вырастала толпа жаждавших хотя бы лишь прикоснуться к чудотворцу. Почитатели его бросались даже за быстро мчавшейся каретой, хватая ее за колеса с опасностью быть изувеченными.
По желанию верующих о. Иоанну приходилось предпринимать поездки в разные города России. Эти поездки были настоящим триумфом смиренного Христова служителя. Стечение народа определялось десятками тысяч, и все бывали объяты чувствами сердечной веры и благоговения, страхом Божиим и жаждою получить целительное благословение. Во время проезда о. Иоанна на пароходе толпы народа бежали по берегу, многие при приближении парохода становились на колени. В имении "Рыжовка", около Харькова, где поместили о. Иоанна, уничтожены были многотысячной толпой трава, цветы, клумбы. Тысячи народа проводили дни и ночи лагерем около этого имения. Харьковский собор во время служения о. Иоанна 15 июля 1890 года не мог вместить молящихся. Не только весь собор, но и площадь около собора не вместила народа, который наполнял даже все прилегающие улицы. В самом соборе певчие принуждены были поместиться в алтаре. Железные решетки оказались всюду сломанными от давки. 20 июля о. Иоанн совершал молебен на Соборной площади - народу было более 60.000. Точно такие же сцены происходили в поволжских городах: в Самаре, Саратове, Казани, Нижнем Новгороде. О. Иоанн находился в царском дворце в Ливадии при последних днях жизни Императора Александра III, и самая кончина Государя последовала в его присутствии. Больной Государь встретил о. Иоанна словами: "Я не смел пригласить вас сам. Благодарю, что вы прибыли. Прошу молиться за меня. Я очень недомогаю"... Это было 12 октября 1894 года. После совместной коленопреклонной молитвы Государя наедине с о. Иоанном последовало значительное улучшение здоровья больного и явились надежды на его полное выздоровление. Так продолжалось пять дней; 17 октября началось снова ухудшение. В последние часы своей жизни Государь говорил о. Иоанну: "Вы - святой человек. Вы - праведник. Вот почему вас любит русский народ". "Да, - отвечал о. Иоанн, - Ваш народ любит меня". Умирая, по принятии Св. Таин и таинства елеосвящения, Государь просил о. Иоанна возложить свои руки на его голову, говоря ему: "Когда вы держите руки свои на моей голове, я чувствую большое облегчение, а когда отнимаете, очень страдаю - не отнимайте их". О. Иоанн так и продолжал держать свои руки на главе умирающего Царя, пока Царь не предал душу свою Богу.