При престоя си в Санкт Петербург, малко след появата на творбата му „La vie inconnue de Jesus Cristi“, бил арестуван и през 1885 г. затворен в Петропавловската крепост. Обвинението било, че е извършвал „опасна за държавата и обществото“ литературна дейност и бил изпратен на каторга в Сибир. Било му разрешено да се върне от изгнание през 1897 г. За „необикновеното си приключение“ в Сибир публикувал няколко статии, появили се анонимно в списанието La science Francaise9. В написания от него роман със заглавие „Une Francaise en Siberie“ той се обръща към мемоарите на един руски революционер.
След завръщането си от продължително пътешествие из Египет Нотович издавал излизащото на две седмици списание La Russie, което било посветено предимно на политически и икономически въпроси. В това списание публикувал и свои съчинения и репортажи.
На 2 юни 1899 г. Нотович бил приет в реномираното Общество по история на дипломацията, състоящо се от висши дипломати и историци. В него участвало и семейството Ротшилд. От 1903 до 1906 г. Нотович живял в Лондон. След това вероятно се върнал в Русия. От 1906 г. съществува обширен проект за договор между него и персийския шах за строеж на пътища и водопроводи в Иран.10 През 1910 г. се появило ново руско издание на будистката биография на Иисус „Животът на свети Иса“. През 1916 г. Николай Александрович Нотович се споменава в един руски каталог като редактор и издател на различни вестници в Санкт Петербург.11 След това следите му се губят в мрака на историята. Може би отстъпил пред многобройните нападки на противниците си. Възможно е, неудобният размирник да е бил „разчистен от пътя“.
Критика и критици
След появата на първите издания на книгата на Нотович през 1894 г. още през октомври същата година в английското списание The Nineteenth Century е публикувано мнението на прочутия немски индолог Макс Мюлер. Според него откритието на Нотович е фалшификация. В статията авторът, който никога не е бил в Индия, публикувал писмо, датирано от 29 юни 1894 г., в което според упълномощен от Мюлер британски колониален служител потвърждава, че документално в Ладах никога не е бил някой си Нотович. Движещите Мюлер причини могат да се видят в едно писмо, писано през 1876 г. до негов приятел: „Индия е много по-зряла за християнството, отколкото Рим и Гърция по времето на св. Павел.“12 Той допълва, че не би заминал за Индия като мисионер, защото това ще го направи зависим от правителството: „Бих живял там десет години в пълна тишина и бих изучавал езика, бих се опитал да завържа приятелства и след това да разбера дали бих могъл да взема участие в мисия, чиято цел е да разруши подлото индийски жречество и да се отвори врата за обикновеното християнско учение.“ Това ясно показва, каква е била мотивацията на Мюлер и какви са били причините на враговете, които постоянно нападали Нотович.
Малко по-късно, през май-юни 1895 г., за Ладах заминал преподавателят от правителствения колеж в Агра Дж. Арчибалд Дъглас, който също се опитал да „разобличи“ Нотович като измамник. Разказът му се появява през април 1896 г. в Oriental Bibliografie13 под разтърсващото заглавие: „Нотович е документално разобличен!“ Отначало Дъглас не намерил никаква следа от Нотович в Лах, но после се запознал с потвърждението на лекаря Карл Маркс. След това по негови думи посетил манастира Хемис. По-късно в разказите си Дъглас казва, че игуменът на Хемис никога не бил срещал Нотович. В списанието Nineteenth Century април 1896 г. (стр. 667–678) Дъглас разказва, че ламата, след като се запознал с текста на руснака, спонтанно изрекъл: „Сун, сун, сун, манна ми дуг!“, интерпретирано като „лъжи, лъжи, лъжи и само лъжи“. Забележително е обаче, че цитираните думи нямат никакъв смисъл нито в тибетския език, нито в някой от тибетските диалекти, нито пък в някои от другите азиатски езици.
Както и да е достигнал Дъглас до тези твърдения, във всеки случай той ги легализирал с подписи и печати. В едно допълнение към статията на Дъглас професор Мюлер помолил монасите от Хемис за извинение, тъй като отначало смятал, че Нотович е заблуден от монасите на манастира. Той говори за „унищожението (анихилацията) на господин Нотович“ от Арчибалд Дъглас.