Един от есесовските надзиратели в Хелмно, Курт Мьобиус, описва подробно след войната как е работила фабриката за смърт: „Евреите се събличаха [в замъка в селото] — не бяха разделени по полове — под мой надзор. Те вече бяха принудени да предадат ценностите си; които се събираха в кошници от полски работници. Имаше врата в коридора, който водеше към мазето. На нея имаше надпис: „Към банята“… От вратата в коридора тръгваше стълбище, което водеше надолу в мазето, където имаше проход, водещ право напред, а след няколко метра се пресичаше от друг проход под прав ъгъл. Там хората трябваше да завият надясно и да се качат на рампа, където бяха паркирани газовите фургони с отворени врати. Рампата бе оградена с дървена ограда чак до вратите на фургона. Обикновено евреите влизаха бързо и покорно в газовия фургон, като се доверяваха на даденото им обещание [че ще бъдат „дезинфектирани“].“
„Понякога — признава Мьобиус — евреите не влизаха бързо и покорно във фургоните.“ Тогава полските работници, принудително работещи за германците, ги бият с камшици на рампата, докато ги вкарат. Зофия Шалек по онова време е единайсетгодишна и живее в Хелмно. Тя си спомня как чува евреите, които са набутвани във фургоните. „Те пищяха ужасно, беше непоносимо за слушане. Веднъж доведоха деца и децата започнаха да викат. Майка ми ги чу. Тя каза, че децата крещели: „Мамо, спаси ме!“.
Някои от поляците, принудени да помагат на германците в процеса на убийство в Хелмно, се възползват от положението си по шокиращ начин. Според Валтер Бурмайстер, един от шофьорите на газовия фургон: „Понякога от евреите, подбрани за обгазяване, отделяха по някоя жена… вероятно самите поляци я избираха. Мисля, че поляците я питаха дали иска да има сексуални отношения с тях. В мазето [на замъка] имаше отделена стая за тази цел, където жената оставаше една нощ или понякога по няколко дни и бе на разположение на поляците. След това беше убивана в газовия фургон заедно с другите“. Друг източник предполага, че има поне един случай, в който есесовците са изнасилили жена в Хелмно, преди да я убият.
Съоръжението в Хелмно е създадено преди всичко за изтребление на евреи от гетото в Лодз. Но първите пратени там на 2 януари 1942 година от Лодз не са евреи, а тези, които германците наричат „цигани“. Тези роми са закарани в Лодз през ноември 1941 година от Австрия и са държани в ужасни условия. Изолирани са с бодлива тел в границите на гетото и на тези близо 5000 души е отказана достатъчно храна и подслон. Повече от 600 от тях се заразяват с тиф. Затова нацистите искат спешно да унищожат този цигански лагер. До 9 януари 4500 роми са пратени от Лодз в Хелмно, убити и погребани в гората.
Първите евреи от Лодз пристигат в Хелмно на 16 януари 1942 година. Те са подбрани от гетото от еврейската администрация, ръководена от Мордехай Хаим Румковски. В реч, произнесена на 20 декември 1941 година, той обявява: „Специална комисия, съставена от най-доверените ми колеги, определи списъка на кандидатите за транспортиране“. Заявява, че приоритетно ще се депортират „нежелателни елементи“, които живеят в гетото. Макар на този етап никой да не може да бъде сигурен, че изпратените от гетото ще бъдат убити, депортирането все още е съдба, от която повечето евреи в Лодз се страхуват. По-добре познатият ужас в гетото, отколкото непознатият ужас, който ги очаква в германски ръце навън.
Газовите фургони в Хелмно не предлагат бърза смърт. Може да минат минути, преди затворените вътре най-накрая да се задушат и селяните понякога чуват писъци от фургоните, когато минават наблизо. След като фургоните стигнат до гората и вратите им бъдат отворени, група евреи — принудени от германците да работят за тях или да срещнат незабавна смърт — трябва да разплетат труповете и да ги изхвърлят в масовите гробове. Един германец, който надзирава валдкомандата (горската команда), е настанен в къщата на Зофия Шалек и тя си спомня, че обувките му миришат ужасно на разлагащи се трупове.
Според различни източници в Хелмно са загинали между 150 и 300 хиляди души — огромен брой, който говори за ужасно престъпление, но само малка част от 3-те милиона евреи в Полша. Ако нацистите наистина искат да избият не само полските евреи, но и евреите от цяла Европа, те не могат да разчитат само на местни инициативи като в Хелмно — те имат нужда от мащабно координирано действие, тръгващо от най-високите етажи на държавата. И на 20 януари 1942 година, четири дни след като първите евреи от гетото в Лодз пристигат в Хелмно, е свикана среща във Ванзее в покрайнините на Берлин, за която мнозина смятат, че е организирана точно с тази цел.