Докато италианците защитават евреите в териториите, които контролират, холандските евреи пътуват към Аушвиц — до края на 1942 година около 40 хиляди евреи от Холандия са пратени на изток. Всичко това става възможно не само заради продължаващото сътрудничество на холандските власти, но и заради сложната система за регистрация, която германците въвеждат. През януари 1941 година всички холандски евреи са задължен да се регистрират и те до един го правят — регистрирани са общо 160 хиляди души.
За разлика от Франция там германците не успяват да се справят с евреите чрез една-единствена марионетна организация — Еврейският съвет. Лидерите на Еврейския съвет — д-р Давид Коен и Абрахам Ашер — по-късно са охулени. Мнозина смятат тяхното сътрудничество с германците в процеса по депортиране за предателство. Това донякъде се дължи на факта, че Еврейският съвет получава от германците 17 500 сертификата за помилване през 1942 година, което означава, че членовете на Съюза и техните семейства са спасени от депортиране, макар и временно. Когато Коен и Ашер също са депортирани, те не са изпратени в лагери на смъртта на изток, а в концентрационни лагери в рамките на Стария Райх и Протектората и двамата оцеляват през войната.
На срещата в Берлин от 11 юни 1942 година Айхман първоначално планира да депортира 15 хиляди евреи от Холандия, но до края на месеца вдига заявката на 40 хиляди. Възможно е да взима това решение, защото нацистите смятат, че холандските евреи се депортират по-лесно, отколкото са очаквали. Това е в ярък контраст с Франция, където Данекер изразява тревога, че няма да може да изпълни квотата, тъй като влиза в конфликт с властите във Виши дали да депортира френски или чуждестранни евреи.
На 4 юли 1942 година са изпратени първите писма, с които е наредено холандските евреи да се представят за масово депортиране. Един от преподавателите в Еврейския лицей в Амстердам д-р Хемелрийк си спомня атмосферата: „Сянката на смъртта надвисна тежко над първата церемония по завършване (тя се оказа и последна) в моето училище. Всички момичета над петнайсет години бяха получили заповеди да се явят за транспортиране към Централна гара в един през нощта. Към неизвестна дестинация. Единственото, което родителите знаеха, е, че трябва да пратят дъщерите си в нощта като беззащитни жертви и че никога повече няма да ги видят. На никого не бе позволено да придружи тези деца. Момичетата отиваха, често след сърцераздирателни сцени у дома, с надеждата, че така ще спасят родителите си. Не че това се случи.“
Никой в Еврейския съвет и дори в еврейската общност като цяло не знае със сигурност какво ще се случи с тези момичета или с хилядите други евреи, които трябва да бъдат отведени на „неизвестно място“. Но само дни след депортирането тръгват слухове. Нелегалният вестник ,J)e Waarheid“ („Истината“) на 3 август отпечатва молба към холандските полицаи: „Мислете за човешкия и професионалния си дълг — не арестувайте никакви евреи, а само се престорете, че изпълнявате заповедите срещу тях. Оставете ги да избягат и да се скрият. Помнете, че всеки мъж, всяка жена и всяко дете, които арестувате, ще бъдат убити и че вие ще сте техните убийци“. На 29 юли радио „Ориндж“, което излъчва от Лондон, съобщава: „Как точно германските военни усилия са подпомогнати от събирането на хиляди беззащитни полски евреи и убийството им газовите камери? Как военните усилия са подпомогнати, когато холандските евреи са извлечени от страната си?“.
Споменаването на „газовите камери“ показва, че дори на този ранен етап от процеса по депортиране е публично известно какво се случва с евреите. На 9 юли в Лондон, на пресконференция, организирана от полското правителство в изгнание и посетена от Брендан Бракен, британският министър на информацията, журналистите са осведомени, че германците „изпълняват чудовищен план за изтреблението на евреите“ в Полша. Но съюзниците още не са сигурни за „по-широките намерения“ на германците. Дали например искат да избият само полските евреи? Дали холандските и другите европейски евреи няма наистина да бъдат използвани за робски труд?
Първото твърдо предупреждение, че Хитлер има цялостен план за изтребление, идва през август 1942 година от Герхард Ригнер от Световния еврейски конгрес в Женева. Той има достъп до разузнавателна информация от германски източници в Централна Европа и заключава: „Обсъждан е план, който в момента се обмисля и според който всички евреи в страните, окупирани или контролирани от Германия, които на брой са между 3,5 и 4 милиона, след депортиране и концентрация на изток, трябва да бъдат изтребени с един удар, за да се реши веднъж завинаги еврейският въпрос в Европа. Има информация, че действието е планирано за тази есен. Начините на изпълнение предстои да бъдат обсъдени, сред които е и използването на циановодород. Предаваме тази информация с всички необходими резерви, тъй като точността й не може да бъде потвърдена от нас“.