Есесовците вече знаят от опит, че ключът за създаването на успешен лагер на смъртта, е секретността. Затова Треблинка е маскиран като транзитен лагер и пристигащите са прекарвани възможно най-бързо през процеса на изтребление, който минава през „душовете“ на блока за „дезинфекция“. Очевидната предпоставка тази измама да стане възможна е, че наличието на трупове е скрито от новопристигналите. Това е постигнато не само с възможно най-бързото им погребване, но и с поставянето на откършени клони по оградите от бодлива тел, които разделят двете зони в лагера, за да се скрие какво се случва.
В началото есесовците смятат, че убийствата се извършват ефективно, всеки ден отнемат живота на между 5000 и 7000 евреи. Но около средата на август системата във фабриката за смърт в Треблинка започва да се разпада. Една от причините е нарастването на броя евреи, пращани в лагера — новопристигащите се удвояват и стават по 10 хиляди на ден. Това означава, че есесовците и помагачите им не могат адекватно да почистят между пратките, за да запазят илюзията, че това е просто транзитен лагер. След като тази задача не е изпълнена в срок, има незабавни последствия за процеса на убийствата. Есесовците нареждат на пристигащите влакове да чакат на гарата в Треблинка, преди да се отклонят по линията, водеща в лагера. Това само ускорява разкриването на измамата, защото голям брой евреи умират в товарните вагони. Почистването на труповете им отнема много повече време, отколкото отвеждането на евреите до газовите камери, и това допълнително забавя работата в лагера.
Нацистите откриват и друг проблем — миризмата. Въздухът около лагера е изпълнен с отровна воня. Еугения Самуел, която по това време е ученичка и живее наблизо, си спомня, че „миризмата на разлагащи се трупове беше ужасна. Не можехме да си отворим прозорците или да излезем заради тази воня. Не можете да си представите подобна воня“.
Оскар Бергер е един от евреите, които пристигат в Треблинка точно когато фабриката за смърт започва да се разпада. Когато слиза от влака на 22 август 1942 година, той вижда „хиляди трупове по земята“. Есесовците и украинските им помагачи се опитват да овладеят новодошлите, като стрелят по тях от покривите на сградите. Това само увеличава паниката, тъй като „въздухът се изпълни с писъци и плач“.
Друг новодошъл, Абрахам Кржепицки, е посрещнат в лагера от „разтърсваща гледка: огромен брой трупове лежаха един до друг. По моя преценка бяха около 20 хиляди… повечето се бяха задушили в товарните вагони. Устите им бяха отворени, сякаш се опитваха да си поемат дъх“. Той е избран от СС да разчисти кошмарната сцена. Но въпреки ужасното положение в лагера влаковете продължават да пристигат по график. „През нощта пристигна друг влак. Затичахме се към вагоните. Бях шокиран. Всички бяха пълни само с мъртъвци — бяха се задушили. Лежаха един върху друг на слоеве чак до тавана на товарния вагон. Гледката бе толкова ужасна, че ми е трудно да я опиша.“
Огромната самоувереност на Ирмфрид Еберл и увеличаването на броя на пристигащите композиции през август стоят зад този ужас. „Амбицията на д-р Еберл — казва Аугуст Хингст, есесовец от Треблинка, — е да постигне най-високите възможни бройки и да надмине другите лагери. Пристигаха толкова много композиции, че свалянето на хората и обгазяването им вече не подлежеше на управление.“ Тръгват и слухове, че дисциплината в Треблинка е разрушена и някои от откраднатите от евреите ценности не са пратени в Райха, а са присвоени от надзирателите на лагера, дори че д-р Еберл, когато е пиян, заповядва на някоя еврейка да му танцува гола.
Когато новината за разпада в Треблинка стигат до началниците на д-р Еберл, те решават да го посетят. Към края на август Одило Глобочник заминава за лагера заедно с група висши офицери, сред които и Кристиан Вирт, първият комендант на Белжец и наскоро назначен за инспектор на лагерите на смъртта от Операция „Райнхард“. „В Треблинка цареше хаос — казва есесовецът Йозеф Оберхаузер, който работи с Вирт и вижда какво се случва, когато делегацията пристига в лагера. — Д-р Еберл ще бъде незабавно уволнен… В този разговор Глобочник каза, че ако д-р Еберл не бил негов сънародник, щял да го арестува и да го прати на СС и военен съд.“